src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1     /*\r
   2     * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3     * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4     *\r
   5     * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6     * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7     * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8     * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9     *\r
  10     * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11     * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12     * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13     * GNU General Public License for more details.\r
  14     *\r
  15     * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16     * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17     * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18     */\r
  19     package jalview.io;\r
  20 \r
  21     import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23     import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26     /**\r
  27      * DOCUMENT ME!\r
  28      *\r
  29      * @author $author$\r
  30      * @version $Revision$\r
  31      */\r
  32     public class AppletFormatAdapter\r
  33     {\r
  34         /** DOCUMENT ME!! */\r
  35         public static final String [] READABLE_FORMATS = new String[]\r
  36         {\r
  37             "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH", "PDB"\r
  38         };\r
  39 \r
  40         public static final String [] WRITEABLE_FORMATS = new String[]\r
  41             {\r
  42             "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM"  //, "AMSA"\r
  43         };\r
  44 \r
  45 \r
  46         public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";\r
  47 \r
  48         public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n" +\r
  49                                                  "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM";\r
  50 \r
  51 \r
  52         public static String FILE = "File";\r
  53         public static String URL = "URL";\r
  54         public static String PASTE = "Paste";\r
  55         public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";\r
  56 \r
  57 \r
  58         AlignFile afile = null;\r
  59         String inFile;\r
  60 \r
  61         public static final boolean isValidFormat(String format)\r
  62         {\r
  63           boolean valid = false;\r
  64           for(int i=0; i<READABLE_FORMATS.length; i++)\r
  65             if(READABLE_FORMATS[i].equalsIgnoreCase(format))\r
  66               return true;\r
  67 \r
  68           return valid;\r
  69         }\r
  70 \r
  71         /**\r
  72          * DOCUMENT ME!\r
  73          *\r
  74          * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  75          * @param type DOCUMENT ME!\r
  76          * @param format DOCUMENT ME!\r
  77          *\r
  78          * @return DOCUMENT ME!\r
  79          */\r
  80         public Alignment readFile(String inFile, String type, String format)\r
  81             throws java.io.IOException\r
  82         {\r
  83             this.inFile = inFile;\r
  84             try\r
  85             {\r
  86               if (format.equals("FASTA"))\r
  87               {\r
  88                 afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  89               }\r
  90               else if (format.equals("MSF"))\r
  91               {\r
  92                 afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  93               }\r
  94               else if (format.equals("PileUp"))\r
  95               {\r
  96                 afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  97               }\r
  98               else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  99               {\r
 100                 afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
 101               }\r
 102               else if (format.equals("BLC"))\r
 103               {\r
 104                 afile = new BLCFile(inFile, type);\r
 105               }\r
 106               else if (format.equals("PIR"))\r
 107               {\r
 108                 afile = new PIRFile(inFile, type);\r
 109               }\r
 110               else if (format.equals("PFAM"))\r
 111               {\r
 112                 afile = new PfamFile(inFile, type);\r
 113               }\r
 114               else if (format.equals("JnetFile"))\r
 115               {\r
 116                 afile = new JPredFile(inFile, type);\r
 117                 ( (JPredFile) afile).removeNonSequences();\r
 118               }\r
 119               else if (format.equals("PDB"))\r
 120               {\r
 121                 afile = new MCview.PDBfile(inFile, type);\r
 122               }\r
 123               else if (format.equals("STH"))\r
 124               {\r
 125                 afile = new StockholmFile(inFile, type);\r
 126               }\r
 127 \r
 128               Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());\r
 129 \r
 130               afile.addAnnotations(al);\r
 131 \r
 132               return al;\r
 133             }\r
 134             catch (Exception e)\r
 135             {\r
 136               e.printStackTrace();\r
 137               System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format +\r
 138                                  "' reader.\n"+e);\r
 139 \r
 140               if(e.getMessage()!=null && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))\r
 141                 throw new java.io.IOException(e.getMessage());\r
 142 \r
 143               // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id\r
 144               if(type.equalsIgnoreCase("Paste"))\r
 145               {\r
 146                 try{\r
 147                   // Possible sequence is just residues with no label\r
 148                   afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");\r
 149                   Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());\r
 150                   afile.addAnnotations(al);\r
 151                   return al;\r
 152 \r
 153                 }\r
 154                 catch(Exception ex)\r
 155                 {\r
 156                   if(ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))\r
 157                     throw new java.io.IOException(e.getMessage());\r
 158 \r
 159                   ex.printStackTrace();\r
 160                 }\r
 161               }\r
 162 \r
 163               // If we get to this stage, the format was not supported\r
 164               throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);\r
 165             }\r
 166         }\r
 167 \r
 168 \r
 169         /**\r
 170          * DOCUMENT ME!\r
 171          *\r
 172          * @param format DOCUMENT ME!\r
 173          * @param seqs DOCUMENT ME!\r
 174          *\r
 175          * @return DOCUMENT ME!\r
 176          */\r
 177         public String formatSequences(String format,\r
 178                                       AlignmentI alignment,\r
 179                                       boolean jvsuffix)\r
 180         {\r
 181             try\r
 182             {\r
 183                 AlignFile afile = null;\r
 184 \r
 185                 if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
 186                 {\r
 187                     afile = new FastaFile();\r
 188                 }\r
 189                 else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
 190                 {\r
 191                     afile = new MSFfile();\r
 192                 }\r
 193                 else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
 194                 {\r
 195                     afile = new PileUpfile();\r
 196                 }\r
 197                 else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
 198                 {\r
 199                     afile = new ClustalFile();\r
 200                 }\r
 201                 else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
 202                 {\r
 203                     afile = new BLCFile();\r
 204                 }\r
 205                 else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 206                 {\r
 207                     afile = new PIRFile();\r
 208                 }\r
 209                 else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 210                 {\r
 211                     afile = new PfamFile();\r
 212                 }\r
 213                 else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))\r
 214                 {\r
 215                   afile = new StockholmFile();\r
 216                 }\r
 217                 else if (format.equals("AMSA"))\r
 218                 {\r
 219                   afile = new AMSAFile(alignment);\r
 220                 }\r
 221 \r
 222                 afile.addJVSuffix(jvsuffix);\r
 223 \r
 224                 afile.setSeqs( alignment.getSequencesArray() );\r
 225 \r
 226                 return afile.print();\r
 227             }\r
 228             catch (Exception e)\r
 229             {\r
 230                 System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 231                     "' file\n");\r
 232                 e.printStackTrace();\r
 233             }\r
 234 \r
 235             return null;\r
 236         }\r
 237     }\r