src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1     /*\r
   2     * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3     * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4     *\r
   5     * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6     * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7     * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8     * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9     *\r
  10     * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11     * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12     * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13     * GNU General Public License for more details.\r
  14     *\r
  15     * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16     * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17     * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18     */\r
  19     package jalview.io;\r
  20 \r
  21     import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23     import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26     /**\r
  27      * DOCUMENT ME!\r
  28      *\r
  29      * @author $author$\r
  30      * @version $Revision$\r
  31      */\r
  32     public class AppletFormatAdapter\r
  33     {\r
  34         /** DOCUMENT ME!! */\r
  35         public static final Vector formats = new Vector();\r
  36 \r
  37         public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";\r
  38 \r
  39         public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n" +\r
  40                                                  "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM";\r
  41 \r
  42         static\r
  43         {\r
  44             formats.addElement("BLC");\r
  45             formats.addElement("CLUSTAL");\r
  46             formats.addElement("FASTA");\r
  47             formats.addElement("MSF");\r
  48             formats.addElement("PileUp");\r
  49             formats.addElement("PIR");\r
  50             formats.addElement("PFAM");\r
  51         }\r
  52 \r
  53         AlignFile afile = null;\r
  54 \r
  55         /**\r
  56          * DOCUMENT ME!\r
  57          *\r
  58          * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  59          * @param type DOCUMENT ME!\r
  60          * @param format DOCUMENT ME!\r
  61          *\r
  62          * @return DOCUMENT ME!\r
  63          */\r
  64         public SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  65             throws java.io.IOException\r
  66         {\r
  67             try\r
  68             {\r
  69                 if (format.equals("FASTA"))\r
  70                 {\r
  71                     afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  72                 }\r
  73                 else if (format.equals("MSF"))\r
  74                 {\r
  75                     afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  76                 }\r
  77                 else if (format.equals("PileUp"))\r
  78                 {\r
  79                     afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  80                 }\r
  81                 else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  82                 {\r
  83                     afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  84                 }\r
  85                 else if (format.equals("BLC"))\r
  86                 {\r
  87                     afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  88                 }\r
  89                 else if (format.equals("PIR"))\r
  90                 {\r
  91                     afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  92                 }\r
  93                 else if (format.equals("PFAM"))\r
  94                 {\r
  95                     afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  96                 }\r
  97 \r
  98                 return afile.getSeqsAsArray();\r
  99             }\r
 100             catch (Exception e)\r
 101             {\r
 102               System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format +\r
 103                                  "' reader.\n"+e);\r
 104 \r
 105               if(e.getMessage()!=null && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))\r
 106                 throw new java.io.IOException(e.getMessage());\r
 107 \r
 108               // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id\r
 109               if(type.equalsIgnoreCase("Paste"))\r
 110               {\r
 111                 try{\r
 112                   // Possible sequence is just residues with no label\r
 113                   afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");\r
 114                   return afile.getSeqsAsArray();\r
 115                 }\r
 116                 catch(Exception ex)\r
 117                 {\r
 118                   if(ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))\r
 119                     throw new java.io.IOException(e.getMessage());\r
 120 \r
 121                   ex.printStackTrace();\r
 122                 }\r
 123               }\r
 124 \r
 125               // If we get to this stage, the format was not supported\r
 126               throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);\r
 127             }\r
 128         }\r
 129 \r
 130 \r
 131         /**\r
 132          * DOCUMENT ME!\r
 133          *\r
 134          * @param format DOCUMENT ME!\r
 135          * @param seqs DOCUMENT ME!\r
 136          *\r
 137          * @return DOCUMENT ME!\r
 138          */\r
 139         public String formatSequences(String format,\r
 140                                       Vector seqs,\r
 141                                       boolean jvsuffix)\r
 142         {\r
 143             SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
 144 \r
 145             for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 146                 s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 147 \r
 148             try\r
 149             {\r
 150                 AlignFile afile = null;\r
 151 \r
 152                 if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
 153                 {\r
 154                     afile = new FastaFile();\r
 155                 }\r
 156                 else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
 157                 {\r
 158                     afile = new MSFfile();\r
 159                 }\r
 160                 else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
 161                 {\r
 162                     afile = new PileUpfile();\r
 163                 }\r
 164                 else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
 165                 {\r
 166                     afile = new ClustalFile();\r
 167                 }\r
 168                 else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
 169                 {\r
 170                     afile = new BLCFile();\r
 171                 }\r
 172                 else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 173                 {\r
 174                     afile = new PIRFile();\r
 175                 }\r
 176                 else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 177                 {\r
 178                     afile = new PfamFile();\r
 179                 }\r
 180 \r
 181                 afile.addJVSuffix(jvsuffix);\r
 182 \r
 183                 afile.setSeqs(s);\r
 184 \r
 185                 return afile.print();\r
 186             }\r
 187             catch (Exception e)\r
 188             {\r
 189                 System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 190                     "' file\n");\r
 191                 e.printStackTrace();\r
 192             }\r
 193 \r
 194             return null;\r
 195         }\r
 196     }\r