src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class BLCFile extends AlignFile\r
  35 {\r
  36     Vector titles;\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Creates a new BLCFile object.\r
  40      */\r
  41     public BLCFile()\r
  42     {\r
  43     }\r
  44 \r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Creates a new BLCFile object.\r
  48      *\r
  49      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  50      * @param type DOCUMENT ME!\r
  51      *\r
  52      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  55     {\r
  56         super(inFile, type);\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public void initData()\r
  63     {\r
  64         super.initData();\r
  65         titles = new Vector();\r
  66     }\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * DOCUMENT ME!\r
  70      */\r
  71     public void parse() throws IOException\r
  72     {\r
  73         boolean idsFound = false;\r
  74         StringBuffer[] seqstrings;\r
  75 \r
  76         String line = null;\r
  77 \r
  78             do\r
  79             {\r
  80                 line = nextLine();\r
  81 \r
  82                 // seek end of ids\r
  83                 if (line.indexOf("*") > -1)\r
  84                 {\r
  85                     idsFound = true;\r
  86 \r
  87                     break;\r
  88                 }\r
  89 \r
  90                 int abracket = line.indexOf(">");\r
  91 \r
  92                 if (abracket > -1)\r
  93                 {\r
  94                   line = line.substring(abracket+1);\r
  95 \r
  96                   Sequence seq = parseId(line);\r
  97                   seqs.addElement(seq);\r
  98                 }\r
  99             }\r
 100             while (!idsFound);\r
 101 \r
 102             int starCol = line.indexOf("*");\r
 103             seqstrings = new StringBuffer[seqs.size()];\r
 104 \r
 105             for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 106             {\r
 107                 if (seqstrings[i] == null)\r
 108                 {\r
 109                     seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 110                 }\r
 111             }\r
 112 \r
 113             while ((line = nextLine()).indexOf("*") == -1)\r
 114             {\r
 115                 for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 116                 {\r
 117                     if (line.length() > (i + starCol))\r
 118                     {\r
 119                         seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 120                     }\r
 121                 }\r
 122             }\r
 123 \r
 124             for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 125             {\r
 126               Sequence newSeq = (Sequence) seqs.elementAt(i);\r
 127 \r
 128               if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 129               {\r
 130                 throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
 131                                +" : "+ newSeq.getName()\r
 132                                +" : "+invalidCharacter);\r
 133               }\r
 134 \r
 135               newSeq.setSequence(seqstrings[i].toString());\r
 136             }\r
 137 \r
 138     }\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * DOCUMENT ME!\r
 142      *\r
 143      * @return DOCUMENT ME!\r
 144      */\r
 145     public String print()\r
 146     {\r
 147         return print(getSeqsAsArray());\r
 148     }\r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * DOCUMENT ME!\r
 152      *\r
 153      * @param s DOCUMENT ME!\r
 154      *\r
 155      * @return DOCUMENT ME!\r
 156      */\r
 157     public String print(SequenceI[] s)\r
 158     {\r
 159         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 160         /**\r
 161          * A general parser for ids. Will look for dbrefs in\r
 162          * Uniprot format source|id\r
 163          * And also Jalview /start-end\r
 164          *\r
 165          * @String id Id to be parsed\r
 166      */\r
 167         int i = 0;\r
 168         int max = -1;\r
 169 \r
 170         while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 171         {\r
 172             out.append(">" + printId(s[i]));\r
 173             if(s[i].getDescription()!=null)\r
 174               out.append(" "+s[i].getDescription());\r
 175 \r
 176             out.append("\n");\r
 177 \r
 178             if (s[i].getSequence().length > max)\r
 179             {\r
 180                 max = s[i].getSequence().length;\r
 181             }\r
 182 \r
 183             i++;\r
 184         }\r
 185 \r
 186         out.append("* iteration 1\n");\r
 187 \r
 188         for (int j = 0; j < max; j++)\r
 189         {\r
 190             i = 0;\r
 191 \r
 192             while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 193             {\r
 194                 if (s[i].getSequence().length > j)\r
 195                 {\r
 196                     out.append(s[i].getSequenceAsString(j, j + 1));\r
 197                 }\r
 198                 else\r
 199                 {\r
 200                     out.append("-");\r
 201                 }\r
 202 \r
 203                 i++;\r
 204             }\r
 205 \r
 206             out.append("\n");\r
 207         }\r
 208 \r
 209         out.append("*\n");\r
 210 \r
 211         return out.toString();\r
 212     }\r
 213 }\r