src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class BLCFile extends AlignFile\r
  35 {\r
  36     Vector titles;\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Creates a new BLCFile object.\r
  40      */\r
  41     public BLCFile()\r
  42     {\r
  43     }\r
  44 \r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Creates a new BLCFile object.\r
  48      *\r
  49      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  50      * @param type DOCUMENT ME!\r
  51      *\r
  52      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  55     {\r
  56         super(inFile, type);\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public void initData()\r
  63     {\r
  64         super.initData();\r
  65         titles = new Vector();\r
  66     }\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * DOCUMENT ME!\r
  70      */\r
  71     public void parse() throws IOException\r
  72     {\r
  73         boolean idsFound = false;\r
  74         Vector ids = new Vector();\r
  75         StringBuffer[] seqstrings;\r
  76         Vector starts = new Vector();\r
  77         Vector ends = new Vector();\r
  78 \r
  79         String line = null;\r
  80 \r
  81             do\r
  82             {\r
  83                 line = nextLine();\r
  84 \r
  85                 // seek end of ids\r
  86                 if (line.indexOf("*") > -1)\r
  87                 {\r
  88                     idsFound = true;\r
  89 \r
  90                     break;\r
  91                 }\r
  92 \r
  93                 int abracket = line.indexOf(">");\r
  94 \r
  95                 if (abracket > -1)\r
  96                 {\r
  97                   if (line.indexOf(" ") > -1) //\r
  98                   {\r
  99                     line = line.substring(abracket + 1,\r
 100                                           line.indexOf(" ", abracket + 1));\r
 101                   }\r
 102                   else\r
 103                     line = line.substring(abracket+1);\r
 104 \r
 105 \r
 106                   Sequence seq = parseId(line);\r
 107                   ids.addElement(seq.getName());\r
 108                   starts.addElement(seq.getStart() + "");\r
 109                   ends.addElement(seq.getEnd() + "");\r
 110                 }\r
 111             }\r
 112             while (!idsFound);\r
 113 \r
 114             int starCol = line.indexOf("*");\r
 115             seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];\r
 116 \r
 117             for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 118             {\r
 119                 if (seqstrings[i] == null)\r
 120                 {\r
 121                     seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 122                 }\r
 123             }\r
 124 \r
 125             while ((line = nextLine()).indexOf("*") == -1)\r
 126             {\r
 127                 for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 128                 {\r
 129                     if (line.length() > (i + starCol))\r
 130                     {\r
 131                         seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 132                     }\r
 133                 }\r
 134             }\r
 135 \r
 136             for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 137             {\r
 138               Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 139                                              seqstrings[i].toString(),\r
 140                                              Integer.parseInt(starts.elementAt(i).\r
 141                                                               toString()),\r
 142                                              Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));\r
 143 \r
 144               if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 145               {\r
 146                 throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
 147                                +" : "+ newSeq.getName()\r
 148                                +" : "+invalidCharacter);\r
 149 \r
 150               }\r
 151 \r
 152                 seqs.addElement(newSeq);\r
 153             }\r
 154 \r
 155     }\r
 156 \r
 157     /**\r
 158      * DOCUMENT ME!\r
 159      *\r
 160      * @return DOCUMENT ME!\r
 161      */\r
 162     public String print()\r
 163     {\r
 164         return print(getSeqsAsArray());\r
 165     }\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * DOCUMENT ME!\r
 169      *\r
 170      * @param s DOCUMENT ME!\r
 171      *\r
 172      * @return DOCUMENT ME!\r
 173      */\r
 174     public String print(SequenceI[] s)\r
 175     {\r
 176         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 177         /**\r
 178          * A general parser for ids. Will look for dbrefs in\r
 179          * Uniprot format source|id\r
 180          * And also Jalview /start-end\r
 181          *\r
 182          * @String id Id to be parsed\r
 183      */\r
 184         int i = 0;\r
 185         int max = -1;\r
 186 \r
 187         while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 188         {\r
 189             out.append(">" + printId(s[i]) +"\n");\r
 190 \r
 191             if (s[i].getSequence().length() > max)\r
 192             {\r
 193                 max = s[i].getSequence().length();\r
 194             }\r
 195 \r
 196             i++;\r
 197         }\r
 198 \r
 199         out.append("* iteration 1\n");\r
 200 \r
 201         for (int j = 0; j < max; j++)\r
 202         {\r
 203             i = 0;\r
 204 \r
 205             while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 206             {\r
 207                 if (s[i].getSequence().length() > j)\r
 208                 {\r
 209                     out.append(s[i].getSequence().substring(j, j + 1));\r
 210                 }\r
 211                 else\r
 212                 {\r
 213                     out.append("-");\r
 214                 }\r
 215 \r
 216                 i++;\r
 217             }\r
 218 \r
 219             out.append("\n");\r
 220         }\r
 221 \r
 222         out.append("*\n");\r
 223 \r
 224         return out.toString();\r
 225     }\r
 226 }\r