src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import java.io.*;
  24
  25 import java.util.*;
  26
  27
  28 /**
  29  * DOCUMENT ME!
  30  *
  31  * @author $author$
  32  * @version $Revision$
  33  */
  34 public class BLCFile extends AlignFile
  35 {
  36     Vector titles;
  37
  38     /**
  39      * Creates a new BLCFile object.
  40      */
  41     public BLCFile()
  42     {
  43     }
  44
  45
  46     /**
  47      * Creates a new BLCFile object.
  48      *
  49      * @param inFile DOCUMENT ME!
  50      * @param type DOCUMENT ME!
  51      *
  52      * @throws IOException DOCUMENT ME!
  53      */
  54     public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException
  55     {
  56         super(inFile, type);
  57     }
  58
  59     /**
  60      * DOCUMENT ME!
  61      */
  62     public void initData()
  63     {
  64         super.initData();
  65         titles = new Vector();
  66     }
  67
  68     /**
  69      * DOCUMENT ME!
  70      */
  71     public void parse() throws IOException
  72     {
  73         boolean idsFound = false;
  74         Vector ids = new Vector();
  75         StringBuffer[] seqstrings;
  76         Vector starts = new Vector();
  77         Vector ends = new Vector();
  78
  79         String line = null;
  80
  81             do
  82             {
  83                 line = nextLine();
  84
  85                 // seek end of ids
  86                 if (line.indexOf("*") > -1)
  87                 {
  88                     idsFound = true;
  89
  90                     break;
  91                 }
  92
  93                 int abracket = line.indexOf(">");
  94
  95                 if (abracket > -1)
  96                 {
  97                   if (line.indexOf(" ") > -1) //
  98                   {
  99                     line = line.substring(abracket + 1,
 100                                           line.indexOf(" ", abracket + 1));
 101                   }
 102                   else
 103                     line = line.substring(abracket+1);
 104
 105
 106                   Sequence seq = parseId(line);
 107                   ids.addElement(seq.getName());
 108                   starts.addElement(seq.getStart() + "");
 109                   ends.addElement(seq.getEnd() + "");
 110                 }
 111             }
 112             while (!idsFound);
 113
 114             int starCol = line.indexOf("*");
 115             seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];
 116
 117             for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 118             {
 119                 if (seqstrings[i] == null)
 120                 {
 121                     seqstrings[i] = new StringBuffer();
 122                 }
 123             }
 124
 125             while ((line = nextLine()).indexOf("*") == -1)
 126             {
 127                 for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 128                 {
 129                     if (line.length() > (i + starCol))
 130                     {
 131                         seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));
 132                     }
 133                 }
 134             }
 135
 136             for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 137             {
 138               Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 139                                              seqstrings[i].toString(),
 140                                              Integer.parseInt(starts.elementAt(i).
 141                                                               toString()),
 142                                              Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));
 143
 144               if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))
 145               {
 146                 throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS
 147                                +" : "+ newSeq.getName()
 148                                +" : "+invalidCharacter);
 149
 150               }
 151
 152                 seqs.addElement(newSeq);
 153             }
 154
 155     }
 156
 157     /**
 158      * DOCUMENT ME!
 159      *
 160      * @return DOCUMENT ME!
 161      */
 162     public String print()
 163     {
 164         return print(getSeqsAsArray());
 165     }
 166
 167     /**
 168      * DOCUMENT ME!
 169      *
 170      * @param s DOCUMENT ME!
 171      *
 172      * @return DOCUMENT ME!
 173      */
 174     public String print(SequenceI[] s)
 175     {
 176         StringBuffer out = new StringBuffer();
 177         /**
 178          * A general parser for ids. Will look for dbrefs in
 179          * Uniprot format source|id
 180          * And also Jalview /start-end
 181          *
 182          * @String id Id to be parsed
 183      */
 184         int i = 0;
 185         int max = -1;
 186
 187         while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 188         {
 189             out.append(">" + printId(s[i]) +"\n");
 190
 191             if (s[i].getSequence().length() > max)
 192             {
 193                 max = s[i].getSequence().length();
 194             }
 195
 196             i++;
 197         }
 198
 199         out.append("* iteration 1\n");
 200
 201         for (int j = 0; j < max; j++)
 202         {
 203             i = 0;
 204
 205             while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 206             {
 207                 if (s[i].getSequence().length() > j)
 208                 {
 209                     out.append(s[i].getSequence().substring(j, j + 1));
 210                 }
 211                 else
 212                 {
 213                     out.append("-");
 214                 }
 215
 216                 i++;
 217             }
 218
 219             out.append("\n");
 220         }
 221
 222         out.append("*\n");
 223
 224         return out.toString();
 225     }
 226 }