src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class BLCFile extends AlignFile\r
  35 {\r
  36     Vector titles;\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Creates a new BLCFile object.\r
  40      */\r
  41     public BLCFile()\r
  42     {\r
  43     }\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * Creates a new BLCFile object.\r
  47      *\r
  48      * @param inStr DOCUMENT ME!\r
  49      */\r
  50     public BLCFile(String inStr)\r
  51     {\r
  52         super(inStr);\r
  53     }\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Creates a new BLCFile object.\r
  57      *\r
  58      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  59      * @param type DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  64     {\r
  65         super(inFile, type);\r
  66     }\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * DOCUMENT ME!\r
  70      */\r
  71     public void initData()\r
  72     {\r
  73         super.initData();\r
  74         titles = new Vector();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * DOCUMENT ME!\r
  79      */\r
  80     public void parse() throws IOException\r
  81     {\r
  82         boolean idsFound = false;\r
  83         Vector ids = new Vector();\r
  84         StringBuffer[] seqstrings;\r
  85         Vector starts = new Vector();\r
  86         Vector ends = new Vector();\r
  87 \r
  88         String line = null;\r
  89 \r
  90             do\r
  91             {\r
  92                 line = nextLine();\r
  93 \r
  94                 // seek end of ids\r
  95                 if (line.indexOf("*") > -1)\r
  96                 {\r
  97                     idsFound = true;\r
  98 \r
  99                     break;\r
 100                 }\r
 101 \r
 102                 int abracket = line.indexOf(">");\r
 103 \r
 104                 if (abracket > -1)\r
 105                 {\r
 106                   if (line.indexOf(" ") > -1) //\r
 107                   {\r
 108                     line = line.substring(abracket + 1,\r
 109                                           line.indexOf(" ", abracket + 1));\r
 110                   }\r
 111                   else\r
 112                     line = line.substring(abracket+1);\r
 113 \r
 114 \r
 115                   Sequence seq = parseId(line);\r
 116                   ids.addElement(seq.getName());\r
 117                   starts.addElement(seq.getStart() + "");\r
 118                   ends.addElement(seq.getEnd() + "");\r
 119                 }\r
 120             }\r
 121             while (!idsFound);\r
 122 \r
 123             int starCol = line.indexOf("*");\r
 124             seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];\r
 125 \r
 126             for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 127             {\r
 128                 if (seqstrings[i] == null)\r
 129                 {\r
 130                     seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 131                 }\r
 132             }\r
 133 \r
 134             while ((line = nextLine()).indexOf("*") == -1)\r
 135             {\r
 136                 for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 137                 {\r
 138                     if (line.length() > (i + starCol))\r
 139                     {\r
 140                         seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 141                     }\r
 142                 }\r
 143             }\r
 144 \r
 145             for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 146             {\r
 147               Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 148                                              seqstrings[i].toString(),\r
 149                                              Integer.parseInt(starts.elementAt(i).\r
 150                                                               toString()),\r
 151                                              Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));\r
 152 \r
 153               if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 154               {\r
 155                 throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
 156                                +" : "+ newSeq.getName()\r
 157                                +" : "+invalidCharacter);\r
 158 \r
 159               }\r
 160 \r
 161                 seqs.addElement(newSeq);\r
 162             }\r
 163 \r
 164     }\r
 165 \r
 166     /**\r
 167      * DOCUMENT ME!\r
 168      *\r
 169      * @return DOCUMENT ME!\r
 170      */\r
 171     public String print()\r
 172     {\r
 173         return print(getSeqsAsArray());\r
 174     }\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * DOCUMENT ME!\r
 178      *\r
 179      * @param s DOCUMENT ME!\r
 180      *\r
 181      * @return DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     public String print(SequenceI[] s)\r
 184     {\r
 185         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 186         /**\r
 187          * A general parser for ids. Will look for dbrefs in\r
 188          * Uniprot format source|id\r
 189          * And also Jalview /start-end\r
 190          *\r
 191          * @String id Id to be parsed\r
 192      */\r
 193         int i = 0;\r
 194         int max = -1;\r
 195 \r
 196         while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 197         {\r
 198             out.append(">" + printId(s[i]) +"\n");\r
 199 \r
 200             if (s[i].getSequence().length() > max)\r
 201             {\r
 202                 max = s[i].getSequence().length();\r
 203             }\r
 204 \r
 205             i++;\r
 206         }\r
 207 \r
 208         out.append("* iteration 1\n");\r
 209 \r
 210         for (int j = 0; j < max; j++)\r
 211         {\r
 212             i = 0;\r
 213 \r
 214             while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 215             {\r
 216                 if (s[i].getSequence().length() > j)\r
 217                 {\r
 218                     out.append(s[i].getSequence().substring(j, j + 1));\r
 219                 }\r
 220                 else\r
 221                 {\r
 222                     out.append("-");\r
 223                 }\r
 224 \r
 225                 i++;\r
 226             }\r
 227 \r
 228             out.append("\n");\r
 229         }\r
 230 \r
 231         out.append("*\n");\r
 232 \r
 233         return out.toString();\r
 234     }\r
 235 }\r