src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 package jalview.io;\r
  19 \r
  20 import jalview.datamodel.*;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 import java.net.*;\r
  25 import java.awt.Font;\r
  26 \r
  27 public class BLCFile extends AlignFile {\r
  28 \r
  29   Vector titles;\r
  30 \r
  31   public BLCFile()\r
  32   {}\r
  33 \r
  34   public BLCFile(String inStr) {\r
  35     super(inStr);\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public void initData() {\r
  39     super.initData();\r
  40     titles = new Vector();\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  44     super(inFile,type);\r
  45   }\r
  46 \r
  47 \r
  48   public void parse()\r
  49   {\r
  50     boolean idsFound=false;\r
  51     Vector ids = new Vector();\r
  52     StringBuffer seqstrings [];\r
  53     Vector starts = new Vector();\r
  54     Vector ends = new Vector();\r
  55 \r
  56    String line=null;\r
  57    try{\r
  58      do{\r
  59       line = nextLine();\r
  60 \r
  61       // seek end of ids\r
  62       if (line.indexOf("*") > -1)\r
  63       {\r
  64         idsFound=true;\r
  65         break;\r
  66       }\r
  67 \r
  68       int abracket = line.indexOf(">");\r
  69 \r
  70       if (abracket > -1)\r
  71       {\r
  72 \r
  73         if(line.indexOf(" ")>-1)\r
  74         {\r
  75           ids.addElement(line.substring(abracket+1, line.indexOf(" ", abracket+1)));\r
  76           starts.addElement("0");\r
  77           ends.addElement("0");\r
  78         }\r
  79         else\r
  80         {\r
  81           ids.addElement( line.substring(abracket + 1, line.indexOf("/")));\r
  82           line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
  83           starts.addElement(line.substring(0, line.indexOf("-")));\r
  84           ends.addElement(line.substring(line.indexOf("-") + 1));\r
  85         }\r
  86       }\r
  87     }while(!idsFound);\r
  88 \r
  89     int starCol = line.indexOf("*");\r
  90     seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];\r
  91     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
  92     {\r
  93       if(seqstrings[i]==null)\r
  94         seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
  95     }\r
  96 \r
  97     while ((line = nextLine()).indexOf("*")==-1)\r
  98     {\r
  99       for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 100       {\r
 101         if(line.length()>i+starCol)\r
 102           seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 103       }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 107     {\r
 108       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 109                                      seqstrings[i].toString(),\r
 110                                      Integer.parseInt(starts.elementAt(i).toString()),\r
 111                                      Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));\r
 112       seqs.addElement(newSeq);\r
 113     }\r
 114 \r
 115    }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public String print() {\r
 119     return print(getSeqsAsArray());\r
 120   }\r
 121   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 122     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 123 \r
 124     int i=0;\r
 125     int max = -1;\r
 126     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 127       out.append(">" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() + "\n");\r
 128       if (s[i].getSequence().length() > max) { max = s[i].getSequence().length();}\r
 129       i++;\r
 130     }\r
 131 \r
 132       out.append("* iteration 1\n");\r
 133       for (int j = 0; j < max; j++) {\r
 134         i=0;\r
 135         while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 136           if(s[i].getSequence().length()>j )\r
 137             out.append(s[i].getSequence().substring(j,j+1));\r
 138           else\r
 139             out.append("-");\r
 140           i++;\r
 141         }\r
 142         out.append("\n");\r
 143       }\r
 144     out.append("*\n");\r
 145     return out.toString();\r
 146 \r
 147   }\r
 148 }\r