src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * DOCUMENT ME!\r
  28  *\r
  29  * @author $author$\r
  30  * @version $Revision$\r
  31  */\r
  32 public class BLCFile\r
  33     extends AlignFile\r
  34 {\r
  35   Vector titles;\r
  36 \r
  37   /**\r
  38    * Creates a new BLCFile object.\r
  39    */\r
  40   public BLCFile()\r
  41   {\r
  42   }\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Creates a new BLCFile object.\r
  46    *\r
  47    * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  48    * @param type DOCUMENT ME!\r
  49    *\r
  50    * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  51    */\r
  52   public BLCFile(String inFile, String type)\r
  53       throws IOException\r
  54   {\r
  55     super(inFile, type);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   /**\r
  59    * DOCUMENT ME!\r
  60    */\r
  61   public void initData()\r
  62   {\r
  63     super.initData();\r
  64     titles = new Vector();\r
  65   }\r
  66 \r
  67   /**\r
  68    * DOCUMENT ME!\r
  69    */\r
  70   public void parse()\r
  71       throws IOException\r
  72   {\r
  73     boolean idsFound = false;\r
  74     StringBuffer[] seqstrings;\r
  75 \r
  76     String line = null;\r
  77 \r
  78     do\r
  79     {\r
  80       line = nextLine();\r
  81 \r
  82       // seek end of ids\r
  83       if (line.indexOf("*") > -1)\r
  84       {\r
  85         idsFound = true;\r
  86 \r
  87         break;\r
  88       }\r
  89 \r
  90       int abracket = line.indexOf(">");\r
  91 \r
  92       if (abracket > -1)\r
  93       {\r
  94         line = line.substring(abracket + 1);\r
  95 \r
  96         Sequence seq = parseId(line);\r
  97         seqs.addElement(seq);\r
  98       }\r
  99     }\r
 100     while (!idsFound);\r
 101 \r
 102     int starCol = line.indexOf("*");\r
 103     seqstrings = new StringBuffer[seqs.size()];\r
 104 \r
 105     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 106     {\r
 107       if (seqstrings[i] == null)\r
 108       {\r
 109         seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 110       }\r
 111     }\r
 112 \r
 113     while ( (line = nextLine()).indexOf("*") == -1)\r
 114     {\r
 115       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 116       {\r
 117         if (line.length() > (i + starCol))\r
 118         {\r
 119           seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 120         }\r
 121       }\r
 122     }\r
 123 \r
 124     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 125     {\r
 126       Sequence newSeq = (Sequence) seqs.elementAt(i);\r
 127 \r
 128       newSeq.setSequence(seqstrings[i].toString());\r
 129     }\r
 130 \r
 131   }\r
 132 \r
 133   /**\r
 134    * DOCUMENT ME!\r
 135    *\r
 136    * @return DOCUMENT ME!\r
 137    */\r
 138   public String print()\r
 139   {\r
 140     return print(getSeqsAsArray());\r
 141   }\r
 142 \r
 143   /**\r
 144    * DOCUMENT ME!\r
 145    *\r
 146    * @param s DOCUMENT ME!\r
 147    *\r
 148    * @return DOCUMENT ME!\r
 149    */\r
 150   public String print(SequenceI[] s)\r
 151   {\r
 152     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 153     /**\r
 154      * A general parser for ids. Will look for dbrefs in\r
 155      * Uniprot format source|id\r
 156      * And also Jalview /start-end\r
 157      *\r
 158      * @String id Id to be parsed\r
 159      */\r
 160     int i = 0;\r
 161     int max = -1;\r
 162 \r
 163     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 164     {\r
 165       out.append(">" + printId(s[i]));\r
 166       if (s[i].getDescription() != null)\r
 167       {\r
 168         out.append(" " + s[i].getDescription());\r
 169       }\r
 170 \r
 171       out.append("\n");\r
 172 \r
 173       if (s[i].getSequence().length > max)\r
 174       {\r
 175         max = s[i].getSequence().length;\r
 176       }\r
 177 \r
 178       i++;\r
 179     }\r
 180 \r
 181     out.append("* iteration 1\n");\r
 182 \r
 183     for (int j = 0; j < max; j++)\r
 184     {\r
 185       i = 0;\r
 186 \r
 187       while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 188       {\r
 189         if (s[i].getSequence().length > j)\r
 190         {\r
 191           out.append(s[i].getSequenceAsString(j, j + 1));\r
 192         }\r
 193         else\r
 194         {\r
 195           out.append("-");\r
 196         }\r
 197 \r
 198         i++;\r
 199       }\r
 200 \r
 201       out.append("\n");\r
 202     }\r
 203 \r
 204     out.append("*\n");\r
 205 \r
 206     return out.toString();\r
 207   }\r
 208 }\r