src/jalview/io/DBRefFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.io.IOException;
  26
  27 /**
  28  * jalview flatfile for io of sequence ID mapping data
  29  * DATABASE\t<nickname>\t<name>\t<version>... properties?jdbc, url, handler
  30  * DBREF
  31  * <seqID>\tDBID\taccno\t|seqstart,seqend,start,end...|\t|dbstart,dbend,...|
  32  *
  33  */
  34 public class DBRefFile extends AlignFile
  35 {
  36
  37   @Override
  38   public void parse() throws IOException
  39   {
  40     // TODO Auto-generated method stub
  41
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public String print(SequenceI[] sqs, boolean jvsuffix)
  46   {
  47     // TODO Auto-generated method stub
  48     return null;
  49   }
  50
  51 }