src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import org.apache.axis.AxisFault;\r
  24 import org.apache.axis.client.*;\r
  25 import org.apache.axis.encoding.XMLType;\r
  26 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerDeserializerFactory;\r
  27 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerSerializerFactory;\r
  28 \r
  29 import javax.activation.DataHandler;\r
  30 \r
  31 import javax.xml.namespace.QName;\r
  32 import javax.xml.rpc.ParameterMode;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class EBIFetchClient\r
  42 {\r
  43     Call call;\r
  44     String format = "default";\r
  45     String style = "raw";\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new EBIFetchClient object.\r
  49      */\r
  50     public EBIFetchClient()\r
  51     {\r
  52         try\r
  53         {\r
  54             call = (Call) new Service().createCall();\r
  55             call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
  56                     "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));\r
  57         }\r
  58         catch (Exception ex)\r
  59         {\r
  60         }\r
  61     }\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * DOCUMENT ME!\r
  65      *\r
  66      * @return DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public String[] getSupportedDBs()\r
  69     {\r
  70         try\r
  71         {\r
  72             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));\r
  73             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  74 \r
  75             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  76         }\r
  77         catch (Exception ex)\r
  78         {\r
  79             return null;\r
  80         }\r
  81     }\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * DOCUMENT ME!\r
  85      *\r
  86      * @return DOCUMENT ME!\r
  87      */\r
  88     public String[] getSupportedFormats()\r
  89     {\r
  90         try\r
  91         {\r
  92             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));\r
  93             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  94 \r
  95             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  96         }\r
  97         catch (Exception ex)\r
  98         {\r
  99             return null;\r
 100         }\r
 101     }\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * DOCUMENT ME!\r
 105      *\r
 106      * @return DOCUMENT ME!\r
 107      */\r
 108     public String[] getSupportedStyles()\r
 109     {\r
 110         try\r
 111         {\r
 112             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));\r
 113             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 114 \r
 115             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
 116         }\r
 117         catch (Exception ex)\r
 118         {\r
 119             return null;\r
 120         }\r
 121     }\r
 122 \r
 123     public static void main (String [] args)\r
 124     {\r
 125       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
 126       String[] result = ebi.fetchData("uniprot:25K89D_SARPE;G6PblobD_HUMAN",\r
 127                            "xml", null);\r
 128 \r
 129      try{\r
 130        java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 131       new java.io.FileWriter("out.xml"));\r
 132 \r
 133 \r
 134        for(int i=0; i<result.length; i++)\r
 135        {\r
 136          out.println(result[i]);\r
 137        }\r
 138        out.close();\r
 139      }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 140 \r
 141     }\r
 142 \r
 143 \r
 144     public File fetchDataAsFile(String ids, String f, String s)\r
 145     {\r
 146       String [] data = fetchData(ids, f, s);\r
 147       File outFile = null;\r
 148       try{\r
 149         outFile = File.createTempFile("jalview", ".xml");\r
 150         outFile.deleteOnExit();\r
 151         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));\r
 152         int index=0;\r
 153         while( index < data.length )\r
 154         {\r
 155           out.println(data[index]);\r
 156           index++;\r
 157         }\r
 158         out.close();\r
 159       }catch(Exception ex){}\r
 160       return outFile;\r
 161     }\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * DOCUMENT ME!\r
 165      *\r
 166      * @param ids DOCUMENT ME!\r
 167      * @param f DOCUMENT ME!\r
 168      * @param s DOCUMENT ME!\r
 169      *\r
 170      * @return DOCUMENT ME!\r
 171      */\r
 172     public String[] fetchData(String ids, String f, String s)\r
 173     {\r
 174         // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;\r
 175         // max 50 ids can be added at one time\r
 176         try\r
 177         {\r
 178             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));\r
 179             call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 180             call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 181             call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 182             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 183 \r
 184             if (f != null)\r
 185             {\r
 186                 format = f;\r
 187             }\r
 188 \r
 189             if (s != null)\r
 190             {\r
 191                 style = s;\r
 192             }\r
 193 \r
 194             return (String[]) call.invoke(new Object[] { ids, format, style });\r
 195         }\r
 196         catch (Exception ex)\r
 197         {\r
 198             return null;\r
 199         }\r
 200     }\r
 201 \r
 202     /**\r
 203      * DOCUMENT ME!\r
 204      *\r
 205      * @param arg DOCUMENT ME!\r
 206      * @param f DOCUMENT ME!\r
 207      * @param s DOCUMENT ME!\r
 208      *\r
 209      * @return DOCUMENT ME!\r
 210      */\r
 211     public String fetchDataFile(String arg, String f, String s)\r
 212     {\r
 213         if (f != null)\r
 214         {\r
 215             format = f;\r
 216         }\r
 217 \r
 218         if (s != null)\r
 219         {\r
 220             style = s;\r
 221         }\r
 222 \r
 223         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchDataFile"));\r
 224         call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 225         call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 226         call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 227 \r
 228         QName qnameAttachment = new QName("urn:Dbfetch", "DataHandler");\r
 229         call.registerTypeMapping(javax.activation.DataSource.class,\r
 230             qnameAttachment, JAFDataHandlerSerializerFactory.class,\r
 231             JAFDataHandlerDeserializerFactory.class);\r
 232 \r
 233         call.setReturnType(qnameAttachment);\r
 234 \r
 235         try\r
 236         {\r
 237             Object ret = call.invoke(new Object[] { arg, format, style });\r
 238 \r
 239             if (null == ret)\r
 240             {\r
 241                 System.err.println("Received null ");\r
 242                 throw new AxisFault("", "Received null", null, null);\r
 243             }\r
 244 \r
 245             if (ret instanceof String)\r
 246             {\r
 247                 System.err.println("Received problem response from server: " +\r
 248                     ret);\r
 249                 throw new AxisFault("", (String) ret, null, null);\r
 250             }\r
 251 \r
 252             if (!(ret instanceof DataHandler))\r
 253             {\r
 254                 //The wrong type of object that what was expected.\r
 255                 System.err.println("Received problem response from server:" +\r
 256                     ret.getClass().getName());\r
 257                 throw new AxisFault("",\r
 258                     "Received problem response from server:" +\r
 259                     ret.getClass().getName(), null, null);\r
 260             }\r
 261 \r
 262             //Still here, so far so good.\r
 263             DataHandler rdh = (DataHandler) ret;\r
 264 \r
 265             //From here we'll just treat the data resource as file.\r
 266             String receivedfileName = rdh.getName(); //Get the filename.\r
 267 \r
 268             if (receivedfileName == null)\r
 269             {\r
 270                 System.err.println("Could not get the file name.");\r
 271                 throw new AxisFault("", "Could not get the file name.", null,\r
 272                     null);\r
 273             }\r
 274 \r
 275             if (arg.equalsIgnoreCase("medline"))\r
 276             {\r
 277                 return receivedfileName;\r
 278             }\r
 279             else if (arg.equalsIgnoreCase("interpro"))\r
 280             {\r
 281                 return receivedfileName;\r
 282             }\r
 283             else\r
 284             {\r
 285                 System.err.println(receivedfileName);\r
 286             }\r
 287         }\r
 288         catch (Exception ex)\r
 289         {\r
 290             ex.printStackTrace();\r
 291         }\r
 292 \r
 293         return "ERROR";\r
 294     }\r
 295 }\r