src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import org.apache.axis.AxisFault;\r
  24 import org.apache.axis.client.*;\r
  25 import org.apache.axis.encoding.XMLType;\r
  26 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerDeserializerFactory;\r
  27 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerSerializerFactory;\r
  28 \r
  29 import javax.activation.DataHandler;\r
  30 \r
  31 import javax.xml.namespace.QName;\r
  32 import javax.xml.rpc.ParameterMode;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class EBIFetchClient\r
  42 {\r
  43     Call call;\r
  44     String format = "default";\r
  45     String style = "raw";\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new EBIFetchClient object.\r
  49      */\r
  50     public EBIFetchClient()\r
  51     {\r
  52         try\r
  53         {\r
  54             call = (Call) new Service().createCall();\r
  55             call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
  56                     "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));\r
  57         }\r
  58         catch (Exception ex)\r
  59         {\r
  60         }\r
  61     }\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * DOCUMENT ME!\r
  65      *\r
  66      * @return DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public String[] getSupportedDBs()\r
  69     {\r
  70         try\r
  71         {\r
  72             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));\r
  73             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  74 \r
  75             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  76         }\r
  77         catch (Exception ex)\r
  78         {\r
  79             return null;\r
  80         }\r
  81     }\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * DOCUMENT ME!\r
  85      *\r
  86      * @return DOCUMENT ME!\r
  87      */\r
  88     public String[] getSupportedFormats()\r
  89     {\r
  90         try\r
  91         {\r
  92             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));\r
  93             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  94 \r
  95             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  96         }\r
  97         catch (Exception ex)\r
  98         {\r
  99             return null;\r
 100         }\r
 101     }\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * DOCUMENT ME!\r
 105      *\r
 106      * @return DOCUMENT ME!\r
 107      */\r
 108     public String[] getSupportedStyles()\r
 109     {\r
 110         try\r
 111         {\r
 112             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));\r
 113             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 114 \r
 115             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
 116         }\r
 117         catch (Exception ex)\r
 118         {\r
 119             return null;\r
 120         }\r
 121     }\r
 122 \r
 123     public static void main (String [] args)\r
 124     {\r
 125       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
 126       String[] result = ebi.fetchData("uniprot:25K89D_SARPE;G6PblobD_HUMAN",\r
 127                            "xml", null);\r
 128 \r
 129      try{\r
 130        java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 131       new java.io.FileWriter("out.xml"));\r
 132 \r
 133 \r
 134        for(int i=0; i<result.length; i++)\r
 135        {\r
 136          out.println(result[i]);\r
 137        }\r
 138        out.close();\r
 139      }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 140 \r
 141     }\r
 142 \r
 143 \r
 144     public File fetchDataAsFile(String ids, String f, String s)\r
 145     {\r
 146       String [] data = fetchData(ids, f, s);\r
 147       File outFile = null;\r
 148       try{\r
 149         outFile = File.createTempFile("jalview", ".xml");\r
 150         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));\r
 151         int index=0;\r
 152         while( index < data.length )\r
 153         {\r
 154           out.println(data[index]);\r
 155           index++;\r
 156         }\r
 157         out.close();\r
 158       }catch(Exception ex){}\r
 159       return outFile;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * DOCUMENT ME!\r
 164      *\r
 165      * @param ids DOCUMENT ME!\r
 166      * @param f DOCUMENT ME!\r
 167      * @param s DOCUMENT ME!\r
 168      *\r
 169      * @return DOCUMENT ME!\r
 170      */\r
 171     public String[] fetchData(String ids, String f, String s)\r
 172     {\r
 173         // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;\r
 174         // max 50 ids can be added at one time\r
 175         try\r
 176         {\r
 177             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));\r
 178             call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 179             call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 180             call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 181             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 182 \r
 183             if (f != null)\r
 184             {\r
 185                 format = f;\r
 186             }\r
 187 \r
 188             if (s != null)\r
 189             {\r
 190                 style = s;\r
 191             }\r
 192 \r
 193             return (String[]) call.invoke(new Object[] { ids, format, style });\r
 194         }\r
 195         catch (Exception ex)\r
 196         {\r
 197             return null;\r
 198         }\r
 199     }\r
 200 \r
 201     /**\r
 202      * DOCUMENT ME!\r
 203      *\r
 204      * @param arg DOCUMENT ME!\r
 205      * @param f DOCUMENT ME!\r
 206      * @param s DOCUMENT ME!\r
 207      *\r
 208      * @return DOCUMENT ME!\r
 209      */\r
 210     public String fetchDataFile(String arg, String f, String s)\r
 211     {\r
 212         if (f != null)\r
 213         {\r
 214             format = f;\r
 215         }\r
 216 \r
 217         if (s != null)\r
 218         {\r
 219             style = s;\r
 220         }\r
 221 \r
 222         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchDataFile"));\r
 223         call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 224         call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 225         call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 226 \r
 227         QName qnameAttachment = new QName("urn:Dbfetch", "DataHandler");\r
 228         call.registerTypeMapping(javax.activation.DataSource.class,\r
 229             qnameAttachment, JAFDataHandlerSerializerFactory.class,\r
 230             JAFDataHandlerDeserializerFactory.class);\r
 231 \r
 232         call.setReturnType(qnameAttachment);\r
 233 \r
 234         try\r
 235         {\r
 236             Object ret = call.invoke(new Object[] { arg, format, style });\r
 237 \r
 238             if (null == ret)\r
 239             {\r
 240                 System.err.println("Received null ");\r
 241                 throw new AxisFault("", "Received null", null, null);\r
 242             }\r
 243 \r
 244             if (ret instanceof String)\r
 245             {\r
 246                 System.err.println("Received problem response from server: " +\r
 247                     ret);\r
 248                 throw new AxisFault("", (String) ret, null, null);\r
 249             }\r
 250 \r
 251             if (!(ret instanceof DataHandler))\r
 252             {\r
 253                 //The wrong type of object that what was expected.\r
 254                 System.err.println("Received problem response from server:" +\r
 255                     ret.getClass().getName());\r
 256                 throw new AxisFault("",\r
 257                     "Received problem response from server:" +\r
 258                     ret.getClass().getName(), null, null);\r
 259             }\r
 260 \r
 261             //Still here, so far so good.\r
 262             DataHandler rdh = (DataHandler) ret;\r
 263 \r
 264             //From here we'll just treat the data resource as file.\r
 265             String receivedfileName = rdh.getName(); //Get the filename.\r
 266 \r
 267             if (receivedfileName == null)\r
 268             {\r
 269                 System.err.println("Could not get the file name.");\r
 270                 throw new AxisFault("", "Could not get the file name.", null,\r
 271                     null);\r
 272             }\r
 273 \r
 274             if (arg.equalsIgnoreCase("medline"))\r
 275             {\r
 276                 return receivedfileName;\r
 277             }\r
 278             else if (arg.equalsIgnoreCase("interpro"))\r
 279             {\r
 280                 return receivedfileName;\r
 281             }\r
 282             else\r
 283             {\r
 284                 System.err.println(receivedfileName);\r
 285             }\r
 286         }\r
 287         catch (Exception ex)\r
 288         {\r
 289             ex.printStackTrace();\r
 290         }\r
 291 \r
 292         return "ERROR";\r
 293     }\r
 294 }\r