src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import org.apache.axis.AxisFault;\r
  22 import org.apache.axis.client.*;\r
  23 import org.apache.axis.encoding.XMLType;\r
  24 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerDeserializerFactory;\r
  25 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerSerializerFactory;\r
  26 \r
  27 import javax.activation.DataHandler;\r
  28 \r
  29 import javax.xml.namespace.QName;\r
  30 import javax.xml.rpc.ParameterMode;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class EBIFetchClient\r
  40 {\r
  41     Call call;\r
  42     String format = "default";\r
  43     String style = "raw";\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * Creates a new EBIFetchClient object.\r
  47      */\r
  48     public EBIFetchClient()\r
  49     {\r
  50         try\r
  51         {\r
  52             call = (Call) new Service().createCall();\r
  53             call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
  54                     "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));\r
  55         }\r
  56         catch (Exception ex)\r
  57         {\r
  58         }\r
  59     }\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * DOCUMENT ME!\r
  63      *\r
  64      * @return DOCUMENT ME!\r
  65      */\r
  66     public String[] getSupportedDBs()\r
  67     {\r
  68         try\r
  69         {\r
  70             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));\r
  71             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  72 \r
  73             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  74         }\r
  75         catch (Exception ex)\r
  76         {\r
  77             return null;\r
  78         }\r
  79     }\r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * DOCUMENT ME!\r
  83      *\r
  84      * @return DOCUMENT ME!\r
  85      */\r
  86     public String[] getSupportedFormats()\r
  87     {\r
  88         try\r
  89         {\r
  90             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));\r
  91             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  92 \r
  93             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  94         }\r
  95         catch (Exception ex)\r
  96         {\r
  97             return null;\r
  98         }\r
  99     }\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * DOCUMENT ME!\r
 103      *\r
 104      * @return DOCUMENT ME!\r
 105      */\r
 106     public String[] getSupportedStyles()\r
 107     {\r
 108         try\r
 109         {\r
 110             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));\r
 111             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 112 \r
 113             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
 114         }\r
 115         catch (Exception ex)\r
 116         {\r
 117             return null;\r
 118         }\r
 119     }\r
 120 \r
 121     /**\r
 122      * DOCUMENT ME!\r
 123      *\r
 124      * @param ids DOCUMENT ME!\r
 125      * @param f DOCUMENT ME!\r
 126      * @param s DOCUMENT ME!\r
 127      *\r
 128      * @return DOCUMENT ME!\r
 129      */\r
 130     public String[] fetchData(String ids, String f, String s)\r
 131     {\r
 132         // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;\r
 133         // max 50 ids can be added at one time\r
 134         try\r
 135         {\r
 136             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));\r
 137             call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 138             call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 139             call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 140             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 141 \r
 142             if (f != null)\r
 143             {\r
 144                 format = f;\r
 145             }\r
 146 \r
 147             if (s != null)\r
 148             {\r
 149                 style = s;\r
 150             }\r
 151 \r
 152             return (String[]) call.invoke(new Object[] { ids, format, style });\r
 153         }\r
 154         catch (Exception ex)\r
 155         {\r
 156             return null;\r
 157         }\r
 158     }\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * DOCUMENT ME!\r
 162      *\r
 163      * @param arg DOCUMENT ME!\r
 164      * @param f DOCUMENT ME!\r
 165      * @param s DOCUMENT ME!\r
 166      *\r
 167      * @return DOCUMENT ME!\r
 168      */\r
 169     public String fetchDataFile(String arg, String f, String s)\r
 170     {\r
 171         if (f != null)\r
 172         {\r
 173             format = f;\r
 174         }\r
 175 \r
 176         if (s != null)\r
 177         {\r
 178             style = s;\r
 179         }\r
 180 \r
 181         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchDataFile"));\r
 182         call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 183         call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 184         call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 185 \r
 186         QName qnameAttachment = new QName("urn:Dbfetch", "DataHandler");\r
 187         call.registerTypeMapping(javax.activation.DataSource.class,\r
 188             qnameAttachment, JAFDataHandlerSerializerFactory.class,\r
 189             JAFDataHandlerDeserializerFactory.class);\r
 190 \r
 191         call.setReturnType(qnameAttachment);\r
 192 \r
 193         try\r
 194         {\r
 195             Object ret = call.invoke(new Object[] { arg, format, style });\r
 196 \r
 197             if (null == ret)\r
 198             {\r
 199                 System.err.println("Received null ");\r
 200                 throw new AxisFault("", "Received null", null, null);\r
 201             }\r
 202 \r
 203             if (ret instanceof String)\r
 204             {\r
 205                 System.err.println("Received problem response from server: " +\r
 206                     ret);\r
 207                 throw new AxisFault("", (String) ret, null, null);\r
 208             }\r
 209 \r
 210             if (!(ret instanceof DataHandler))\r
 211             {\r
 212                 //The wrong type of object that what was expected.\r
 213                 System.err.println("Received problem response from server:" +\r
 214                     ret.getClass().getName());\r
 215                 throw new AxisFault("",\r
 216                     "Received problem response from server:" +\r
 217                     ret.getClass().getName(), null, null);\r
 218             }\r
 219 \r
 220             //Still here, so far so good.\r
 221             DataHandler rdh = (DataHandler) ret;\r
 222 \r
 223             //From here we'll just treat the data resource as file.\r
 224             String receivedfileName = rdh.getName(); //Get the filename.\r
 225 \r
 226             if (receivedfileName == null)\r
 227             {\r
 228                 System.err.println("Could not get the file name.");\r
 229                 throw new AxisFault("", "Could not get the file name.", null,\r
 230                     null);\r
 231             }\r
 232 \r
 233             if (arg.equalsIgnoreCase("medline"))\r
 234             {\r
 235                 return receivedfileName;\r
 236             }\r
 237             else if (arg.equalsIgnoreCase("interpro"))\r
 238             {\r
 239                 return receivedfileName;\r
 240             }\r
 241             else\r
 242             {\r
 243                 System.err.println(receivedfileName);\r
 244             }\r
 245         }\r
 246         catch (Exception ex)\r
 247         {\r
 248             ex.printStackTrace();\r
 249         }\r
 250 \r
 251         return "ERROR";\r
 252     }\r
 253 }\r