src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22
  23 import org.apache.axis.client.*;
  24 import org.apache.axis.encoding.XMLType;
  25
  26 import javax.xml.namespace.QName;
  27 import javax.xml.rpc.ParameterMode;
  28
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class EBIFetchClient
  37 {
  38     Call call;
  39     String format = "default";
  40     String style = "raw";
  41
  42     /**
  43      * Creates a new EBIFetchClient object.
  44      */
  45     public EBIFetchClient()
  46     {
  47         try
  48         {
  49             call = (Call) new Service().createCall();
  50             call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(
  51                     "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));
  52         }
  53         catch (Exception ex)
  54         {
  55         }
  56     }
  57
  58     /**
  59      * DOCUMENT ME!
  60      *
  61      * @return DOCUMENT ME!
  62      */
  63     public String[] getSupportedDBs()
  64     {
  65         try
  66         {
  67             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));
  68             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);
  69
  70             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });
  71         }
  72         catch (Exception ex)
  73         {
  74             return null;
  75         }
  76     }
  77
  78     /**
  79      * DOCUMENT ME!
  80      *
  81      * @return DOCUMENT ME!
  82      */
  83     public String[] getSupportedFormats()
  84     {
  85         try
  86         {
  87             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));
  88             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);
  89
  90             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });
  91         }
  92         catch (Exception ex)
  93         {
  94             return null;
  95         }
  96     }
  97
  98     /**
  99      * DOCUMENT ME!
 100      *
 101      * @return DOCUMENT ME!
 102      */
 103     public String[] getSupportedStyles()
 104     {
 105         try
 106         {
 107             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));
 108             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);
 109
 110             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });
 111         }
 112         catch (Exception ex)
 113         {
 114             return null;
 115         }
 116     }
 117
 118     public static void main (String [] args)
 119     {
 120       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 121       String[] result = ebi.fetchData("uniprot:25KD_SARPE;G6PD_HUMAN",
 122                            "xml", null);
 123
 124      try{
 125        java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 126       new java.io.FileWriter("out.xml"));
 127
 128
 129        for(int i=0; i<result.length; i++)
 130        {
 131          out.println(result[i]);
 132        }
 133        out.close();
 134      }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}
 135
 136     }
 137
 138
 139     public File fetchDataAsFile(String ids, String f, String s)
 140     {
 141       String [] data = fetchData(ids, f, s);
 142       File outFile = null;
 143       try{
 144         outFile = File.createTempFile("jalview", ".xml");
 145         outFile.deleteOnExit();
 146         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 147         int index=0;
 148         while( index < data.length )
 149         {
 150           out.println(data[index]);
 151           index++;
 152         }
 153         out.close();
 154       }catch(Exception ex){}
 155       return outFile;
 156     }
 157
 158     /**
 159      * DOCUMENT ME!
 160      *
 161      * @param ids DOCUMENT ME!
 162      * @param f DOCUMENT ME!
 163      * @param s DOCUMENT ME!
 164      *
 165      * @return DOCUMENT ME!
 166      */
 167     public String[] fetchData(String ids, String f, String s)
 168     {
 169         // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;
 170         // max 50 ids can be added at one time
 171         try
 172         {
 173             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));
 174             call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);
 175             call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);
 176             call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);
 177             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);
 178
 179             if (f != null)
 180             {
 181                 format = f;
 182             }
 183
 184             if (s != null)
 185             {
 186                 style = s;
 187             }
 188
 189             return (String[]) call.invoke(new Object[] { ids, format, style });
 190         }
 191         catch (Exception ex)
 192         {
 193             return null;
 194         }
 195     }
 196 }