src/jalview/io/FastaFile.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import java.io.*;
  24
  25
  26 /**
  27  * DOCUMENT ME!
  28  *
  29  * @author $author$
  30  * @version $Revision$
  31  */
  32 public class FastaFile extends AlignFile
  33 {
  34     /**
  35      * Creates a new FastaFile object.
  36      */
  37     public FastaFile()
  38     {
  39     }
  40
  41     /**
  42      * Creates a new FastaFile object.
  43      *
  44      * @param inFile DOCUMENT ME!
  45      * @param type DOCUMENT ME!
  46      *
  47      * @throws IOException DOCUMENT ME!
  48      */
  49     public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException
  50     {
  51         super(inFile, type);
  52     }
  53
  54     /**
  55      * DOCUMENT ME!
  56      *
  57      * @throws IOException DOCUMENT ME!
  58      */
  59     public void parse() throws IOException
  60     {
  61         StringBuffer sb = new StringBuffer();
  62         int count = 0;
  63
  64         String line;
  65         Sequence seq = null;
  66
  67         while ((line = nextLine()) != null)
  68         {
  69             line = line.trim();
  70             if (line.length() > 0)
  71             {
  72                 if (line.charAt(0)=='>')
  73                 {
  74                     if (count != 0)
  75                     {
  76                       if (!isValidProteinSequence(sb.toString()))
  77                       {
  78                         throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS
  79                                               +" : "+seq.getName()
  80                                               +" : "+invalidCharacter);
  81                       }
  82
  83                        seq.setSequence(sb.toString());
  84                        seqs.addElement(seq);
  85                     }
  86
  87                     seq = parseId(line.substring(1));
  88
  89                     count++;
  90                     sb = new StringBuffer();
  91                 }
  92                 else
  93                 {
  94                     sb.append(line);
  95                 }
  96             }
  97         }
  98
  99         if (count > 0)
 100         {
 101             if (!isValidProteinSequence(sb.toString()))
 102             {
 103                 throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS
 104                                       +" : "+seq.getName()
 105                                       +" : "+invalidCharacter);
 106             }
 107
 108             seq.setSequence(sb.toString());
 109             seqs.addElement(seq);
 110         }
 111     }
 112
 113
 114     /**
 115      * DOCUMENT ME!
 116      *
 117      * @param s DOCUMENT ME!
 118      * @param len DOCUMENT ME!
 119      * @param gaps DOCUMENT ME!
 120      * @param displayId DOCUMENT ME!
 121      *
 122      * @return DOCUMENT ME!
 123      */
 124     public String print(SequenceI[] s)
 125     {
 126         int len = 72;
 127         StringBuffer out = new StringBuffer();
 128         int i = 0;
 129
 130         while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 131         {
 132             out.append(">" + printId(s[i]));
 133             if(s[i].getDescription()!=null)
 134               out.append(" "+s[i].getDescription());
 135
 136             out.append("\n");
 137
 138             int nochunks = (s[i].getLength() / len) + 1;
 139
 140             for (int j = 0; j < nochunks; j++)
 141             {
 142                 int start = j * len;
 143                 int end = start + len;
 144
 145                 if (end < s[i].getLength())
 146                 {
 147                     out.append(s[i].getSequence(start, end) + "\n");
 148                 }
 149                 else if (start < s[i].getLength())
 150                 {
 151                     out.append(s[i].getSequence(start, s[i].getLength()) + "\n");
 152                 }
 153             }
 154
 155             i++;
 156         }
 157
 158         return out.toString();
 159     }
 160
 161     /**
 162      * DOCUMENT ME!
 163      *
 164      * @return DOCUMENT ME!
 165      */
 166     public String print()
 167     {
 168         return print(getSeqsAsArray());
 169     }
 170 }