src/jalview/io/FastaFile.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 \r
   6 import java.io.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class FastaFile extends AlignFile {\r
  10 \r
  11   public FastaFile()\r
  12   {}\r
  13 \r
  14   public FastaFile(String inStr) {\r
  15     super(inStr);\r
  16   }\r
  17 \r
  18   public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  19     super(inFile,type);\r
  20   }\r
  21 \r
  22   public void parse() throws IOException\r
  23   {\r
  24 \r
  25     String       id    = "";\r
  26     StringBuffer seq   = new StringBuffer();\r
  27     int          count = 0;\r
  28     boolean      flag  = false;\r
  29 \r
  30     int          sstart = 0;\r
  31     int          send   = 0;\r
  32 \r
  33     String line;\r
  34 \r
  35       while ((line = nextLine()) != null) {\r
  36 \r
  37         if (line.length() > 0) {\r
  38 \r
  39           // Do we have an id line?\r
  40 \r
  41           if (line.substring(0,1).equals(">")) {\r
  42 \r
  43             if (count != 0) {\r
  44               if (sstart != 0) {\r
  45                 seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),sstart,send));\r
  46               } else {\r
  47                 seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),1,seq.length()));\r
  48               }\r
  49             }\r
  50 \r
  51             count++;\r
  52 \r
  53             StringTokenizer str = new StringTokenizer(line," ");\r
  54 \r
  55             id = str.nextToken();\r
  56             id = id.substring(1);\r
  57 \r
  58             if (id.indexOf("/") > 0 ) {\r
  59 \r
  60               StringTokenizer st = new StringTokenizer(id,"/");\r
  61               if (st.countTokens() == 2) {\r
  62                 id = st.nextToken();\r
  63                 String tmp = st.nextToken();\r
  64 \r
  65                 st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
  66 \r
  67                 if (st.countTokens() == 2) {\r
  68                   sstart = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
  69                   send   = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
  70                 }\r
  71               }\r
  72             }\r
  73 \r
  74             seq = new StringBuffer();\r
  75 \r
  76           } else {\r
  77             seq = seq.append(line);\r
  78           }\r
  79         }\r
  80       }\r
  81       if (count > 0) {\r
  82 \r
  83         if(!isValidProteinSequence(seq.toString().toUpperCase()))\r
  84           throw new IOException("Invalid protein sequence");\r
  85 \r
  86         if (sstart != 0) {\r
  87           seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),sstart,send));\r
  88         } else {\r
  89           seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),1,seq.length()));\r
  90         }\r
  91       }\r
  92 \r
  93   }\r
  94 \r
  95   public static String print(SequenceI[] s) {\r
  96     return print(s,72);\r
  97   }\r
  98   public static String print(SequenceI[] s, int len) {\r
  99     return print(s,len,true);\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public static String print(SequenceI[] s, int len,boolean gaps) {\r
 103     return print(s,len,gaps,true);\r
 104   }\r
 105 \r
 106   public static String print(SequenceI[] s, int len,boolean gaps, boolean displayId) {\r
 107     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 108     int i = 0;\r
 109     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 110       String seq = "";\r
 111       if (gaps) {\r
 112         seq = s[i].getSequence();\r
 113       } else {\r
 114         seq = AlignSeq.extractGaps("-. ",s[i].getSequence());\r
 115       }\r
 116       // used to always put this here: + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() +\r
 117       out.append(">" + ((displayId) ? s[i].getDisplayId() : s[i].getName())+"\n");\r
 118 \r
 119       int nochunks = seq.length() / len + 1;\r
 120 \r
 121       for (int j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 122         int start = j*len;\r
 123         int end = start + len;\r
 124 \r
 125         if (end < seq.length()) {\r
 126           out.append(seq.substring(start,end) + "\n");\r
 127         } else if (start < seq.length()) {\r
 128           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 129         }\r
 130       }\r
 131       i++;\r
 132     }\r
 133     return out.toString();\r
 134   }\r
 135 \r
 136   public String print() {\r
 137     return print(getSeqsAsArray());\r
 138   }\r
 139 }\r
 140 \r
 141 \r
 142 \r