src/jalview/io/FastaFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * DOCUMENT ME!\r
  28  *\r
  29  * @author $author$\r
  30  * @version $Revision$\r
  31  */\r
  32 public class FastaFile extends AlignFile\r
  33 {\r
  34     /**\r
  35      * Creates a new FastaFile object.\r
  36      */\r
  37     public FastaFile()\r
  38     {\r
  39     }\r
  40 \r
  41     /**\r
  42      * Creates a new FastaFile object.\r
  43      *\r
  44      * @param inStr DOCUMENT ME!\r
  45      */\r
  46     public FastaFile(String inStr)\r
  47     {\r
  48         super(inStr);\r
  49     }\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * Creates a new FastaFile object.\r
  53      *\r
  54      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  55      * @param type DOCUMENT ME!\r
  56      *\r
  57      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  60     {\r
  61         super(inFile, type);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * DOCUMENT ME!\r
  66      *\r
  67      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  68      */\r
  69     public void parse() throws IOException\r
  70     {\r
  71         StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
  72         int count = 0;\r
  73 \r
  74         String line;\r
  75         Sequence seq = null;\r
  76 \r
  77         while ((line = nextLine()) != null)\r
  78         {\r
  79             line = line.trim();\r
  80             if (line.length() > 0)\r
  81             {\r
  82                 if (line.charAt(0)=='>')\r
  83                 {\r
  84                     if (count != 0)\r
  85                     {\r
  86                       if (!isValidProteinSequence(sb.toString()))\r
  87                       {\r
  88                         throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
  89                                               +" : "+seq.getName()\r
  90                                               +" : "+invalidCharacter);\r
  91                       }\r
  92 \r
  93                        seq.setSequence(sb.toString());\r
  94                        seqs.addElement(seq);\r
  95                     }\r
  96 \r
  97                     seq = parseId(line.substring(1));\r
  98 \r
  99                     count++;\r
 100                     sb = new StringBuffer();\r
 101                 }\r
 102                 else\r
 103                 {\r
 104                     sb.append(line);\r
 105                 }\r
 106             }\r
 107         }\r
 108 \r
 109         if (count > 0)\r
 110         {\r
 111             if (!isValidProteinSequence(sb.toString()))\r
 112             {\r
 113                 throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
 114                                       +" : "+seq.getName()\r
 115                                       +" : "+invalidCharacter);\r
 116             }\r
 117 \r
 118             seq.setSequence(sb.toString());\r
 119             seqs.addElement(seq);\r
 120         }\r
 121     }\r
 122 \r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * DOCUMENT ME!\r
 126      *\r
 127      * @param s DOCUMENT ME!\r
 128      * @param len DOCUMENT ME!\r
 129      * @param gaps DOCUMENT ME!\r
 130      * @param displayId DOCUMENT ME!\r
 131      *\r
 132      * @return DOCUMENT ME!\r
 133      */\r
 134     public String print(SequenceI[] s)\r
 135     {\r
 136         int len = 72;\r
 137         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 138         int i = 0;\r
 139 \r
 140         while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 141         {\r
 142             out.append(">" + printId(s[i]));\r
 143             if(s[i].getDescription()!=null)\r
 144               out.append(" "+s[i].getDescription());\r
 145 \r
 146             out.append("\n");\r
 147 \r
 148             int nochunks = (s[i].getLength() / len) + 1;\r
 149 \r
 150             for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 151             {\r
 152                 int start = j * len;\r
 153                 int end = start + len;\r
 154 \r
 155                 if (end < s[i].getLength())\r
 156                 {\r
 157                     out.append(s[i].getSequence(start, end) + "\n");\r
 158                 }\r
 159                 else if (start < s[i].getLength())\r
 160                 {\r
 161                     out.append(s[i].getSequence(start, s[i].getLength()) + "\n");\r
 162                 }\r
 163             }\r
 164 \r
 165             i++;\r
 166         }\r
 167 \r
 168         return out.toString();\r
 169     }\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * DOCUMENT ME!\r
 173      *\r
 174      * @return DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     public String print()\r
 177     {\r
 178         return print(getSeqsAsArray());\r
 179     }\r
 180 }\r