src/jalview/io/FastaFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * DOCUMENT ME!\r
  28  *\r
  29  * @author $author$\r
  30  * @version $Revision$\r
  31  */\r
  32 public class FastaFile extends AlignFile\r
  33 {\r
  34     /**\r
  35      * Creates a new FastaFile object.\r
  36      */\r
  37     public FastaFile()\r
  38     {\r
  39     }\r
  40 \r
  41     /**\r
  42      * Creates a new FastaFile object.\r
  43      *\r
  44      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  45      * @param type DOCUMENT ME!\r
  46      *\r
  47      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  48      */\r
  49     public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  50     {\r
  51         super(inFile, type);\r
  52     }\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * DOCUMENT ME!\r
  56      *\r
  57      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public void parse() throws IOException\r
  60     {\r
  61         StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
  62         int count = 0;\r
  63 \r
  64         String line;\r
  65         Sequence seq = null;\r
  66 \r
  67         while ((line = nextLine()) != null)\r
  68         {\r
  69             line = line.trim();\r
  70             if (line.length() > 0)\r
  71             {\r
  72                 if (line.charAt(0)=='>')\r
  73                 {\r
  74                     if (count != 0)\r
  75                     {\r
  76                       if (!isValidProteinSequence(sb.toString()))\r
  77                       {\r
  78                         throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
  79                                               +" : "+seq.getName()\r
  80                                               +" : "+invalidCharacter);\r
  81                       }\r
  82 \r
  83                        seq.setSequence(sb.toString());\r
  84                        seqs.addElement(seq);\r
  85                     }\r
  86 \r
  87                     seq = parseId(line.substring(1));\r
  88 \r
  89                     count++;\r
  90                     sb = new StringBuffer();\r
  91                 }\r
  92                 else\r
  93                 {\r
  94                     sb.append(line);\r
  95                 }\r
  96             }\r
  97         }\r
  98 \r
  99         if (count > 0)\r
 100         {\r
 101             if (!isValidProteinSequence(sb.toString()))\r
 102             {\r
 103                 throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
 104                                       +" : "+seq.getName()\r
 105                                       +" : "+invalidCharacter);\r
 106             }\r
 107 \r
 108             seq.setSequence(sb.toString());\r
 109             seqs.addElement(seq);\r
 110         }\r
 111     }\r
 112 \r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * DOCUMENT ME!\r
 116      *\r
 117      * @param s DOCUMENT ME!\r
 118      * @param len DOCUMENT ME!\r
 119      * @param gaps DOCUMENT ME!\r
 120      * @param displayId DOCUMENT ME!\r
 121      *\r
 122      * @return DOCUMENT ME!\r
 123      */\r
 124     public String print(SequenceI[] s)\r
 125     {\r
 126         int len = 72;\r
 127         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 128         int i = 0;\r
 129 \r
 130         while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 131         {\r
 132             out.append(">" + printId(s[i]));\r
 133             if(s[i].getDescription()!=null)\r
 134               out.append(" "+s[i].getDescription());\r
 135 \r
 136             out.append("\n");\r
 137 \r
 138             int nochunks = (s[i].getLength() / len) + 1;\r
 139 \r
 140             for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 141             {\r
 142                 int start = j * len;\r
 143                 int end = start + len;\r
 144 \r
 145                 if (end < s[i].getLength())\r
 146                 {\r
 147                     out.append(s[i].getSequence(start, end) + "\n");\r
 148                 }\r
 149                 else if (start < s[i].getLength())\r
 150                 {\r
 151                     out.append(s[i].getSequence(start, s[i].getLength()) + "\n");\r
 152                 }\r
 153             }\r
 154 \r
 155             i++;\r
 156         }\r
 157 \r
 158         return out.toString();\r
 159     }\r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * DOCUMENT ME!\r
 163      *\r
 164      * @return DOCUMENT ME!\r
 165      */\r
 166     public String print()\r
 167     {\r
 168         return print(getSeqsAsArray());\r
 169     }\r
 170 }\r