src/jalview/io/FastaFile.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 \r
   6 import java.io.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class FastaFile extends AlignFile {\r
  10 \r
  11   public FastaFile()\r
  12   {}\r
  13 \r
  14   public FastaFile(String inStr) {\r
  15     super(inStr);\r
  16   }\r
  17 \r
  18   public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  19     super(inFile,type);\r
  20   }\r
  21 \r
  22   public void parse() throws IOException\r
  23   {\r
  24 \r
  25     String       id    = "";\r
  26     StringBuffer seq   = new StringBuffer();\r
  27     int          count = 0;\r
  28     boolean      flag  = false;\r
  29 \r
  30     int          sstart = 0;\r
  31     int          send   = 0;\r
  32 \r
  33     String line;\r
  34 \r
  35       while ((line = nextLine()) != null) {\r
  36 \r
  37         if (line.length() > 0) {\r
  38 \r
  39           // Do we have an id line?\r
  40 \r
  41           if (line.substring(0,1).equals(">")) {\r
  42 \r
  43             if (count != 0) {\r
  44               if (sstart != 0) {\r
  45                 seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),sstart,send));\r
  46               } else {\r
  47                 seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),1,seq.length()));\r
  48               }\r
  49             }\r
  50 \r
  51             count++;\r
  52 \r
  53             StringTokenizer str = new StringTokenizer(line," ");\r
  54 \r
  55             id = str.nextToken();\r
  56             id = id.substring(1);\r
  57            if(id.indexOf("UniProt/Swiss-Prot")>-1)\r
  58             {\r
  59               id = id.substring(id.indexOf("UniProt/Swiss-Prot|") + 19);\r
  60               if(id.indexOf("|")>-1)\r
  61                 id = id.substring(id.indexOf("|") + 1);\r
  62             }\r
  63 \r
  64             if (id.indexOf("/") > 0 ) {\r
  65 \r
  66               StringTokenizer st = new StringTokenizer(id,"/");\r
  67               if (st.countTokens() == 2) {\r
  68                 id = st.nextToken();\r
  69                 String tmp = st.nextToken();\r
  70 \r
  71                 st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
  72 \r
  73                 if (st.countTokens() == 2) {\r
  74                   sstart = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
  75                   send   = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
  76                 }\r
  77               }\r
  78             }\r
  79 \r
  80             seq = new StringBuffer();\r
  81 \r
  82           } else {\r
  83             seq = seq.append(line);\r
  84           }\r
  85         }\r
  86       }\r
  87       if (count > 0) {\r
  88 \r
  89         if(!isValidProteinSequence(seq.toString().toUpperCase()))\r
  90           throw new IOException("Invalid protein sequence");\r
  91 \r
  92         if (sstart != 0) {\r
  93           seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),sstart,send));\r
  94         } else {\r
  95           seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),1,seq.length()));\r
  96         }\r
  97       }\r
  98 \r
  99   }\r
 100 \r
 101   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 102     return print(s,72);\r
 103   }\r
 104   public static String print(SequenceI[] s, int len) {\r
 105     return print(s,len,true);\r
 106   }\r
 107 \r
 108   public static String print(SequenceI[] s, int len,boolean gaps) {\r
 109     return print(s,len,gaps,true);\r
 110   }\r
 111 \r
 112   public static String print(SequenceI[] s, int len,boolean gaps, boolean displayId) {\r
 113     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 114     int i = 0;\r
 115     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 116       String seq = "";\r
 117       if (gaps) {\r
 118         seq = s[i].getSequence();\r
 119       } else {\r
 120         seq = AlignSeq.extractGaps("-. ",s[i].getSequence());\r
 121       }\r
 122       // used to always put this here: + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() +\r
 123       out.append(">" + ((displayId) ? s[i].getDisplayId() : s[i].getName())+"\n");\r
 124 \r
 125       int nochunks = seq.length() / len + 1;\r
 126 \r
 127       for (int j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 128         int start = j*len;\r
 129         int end = start + len;\r
 130 \r
 131         if (end < seq.length()) {\r
 132           out.append(seq.substring(start,end) + "\n");\r
 133         } else if (start < seq.length()) {\r
 134           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 135         }\r
 136       }\r
 137       i++;\r
 138     }\r
 139     return out.toString();\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public String print() {\r
 143     return print(getSeqsAsArray());\r
 144   }\r
 145 }\r
 146 \r
 147 \r
 148 \r