src/jalview/io/FileFormat.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   5 import jalview.ext.jmol.JmolParser;
   6 import jalview.structure.StructureImportSettings;
   7
   8 import java.io.IOException;
   9
  10 public enum FileFormat implements FileFormatI
  11 {
  12   Fasta("Fasta", "fa, fasta, mfa, fastq", true, true)
  13   {
  14     @Override
  15     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  16             throws IOException
  17     {
  18       return new FastaFile(source);
  19     }
  20
  21     @Override
  22     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  23     {
  24       return new FastaFile();
  25     }
  26   },
  27   Pfam("PFAM", "pfam", true, true)
  28   {
  29     @Override
  30     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  31             throws IOException
  32     {
  33       return new PfamFile(source);
  34     }
  35
  36     @Override
  37     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  38     {
  39       return new PfamFile();
  40     }
  41   },
  42   Stockholm("Stockholm", "sto,stk", true, true)
  43   {
  44     @Override
  45     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  46             throws IOException
  47     {
  48       return new StockholmFile(source);
  49     }
  50
  51     @Override
  52     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  53     {
  54       return new StockholmFile(al);
  55     }
  56
  57   },
  58
  59   PIR("PIR", "pir", true, true)
  60   {
  61     @Override
  62     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  63             throws IOException
  64     {
  65       return new PIRFile(source);
  66     }
  67
  68     @Override
  69     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  70     {
  71       return new PIRFile();
  72     }
  73   },
  74   BLC("BLC", "BLC", true, true)
  75   {
  76     @Override
  77     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  78             throws IOException
  79     {
  80       return new BLCFile(source);
  81     }
  82
  83     @Override
  84     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  85     {
  86       return new BLCFile();
  87     }
  88   },
  89   AMSA("AMSA", "amsa", true, true)
  90   {
  91     @Override
  92     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  93             throws IOException
  94     {
  95       return new AMSAFile(source);
  96     }
  97
  98     @Override
  99     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 100     {
 101       return new AMSAFile(al);
 102     }
 103   },
 104   Html("HTML", "html", true, false)
 105   {
 106     @Override
 107     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 108             throws IOException
 109     {
 110       return new HtmlFile(source);
 111     }
 112
 113     @Override
 114     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 115     {
 116       return new HtmlFile();
 117     }
 118
 119     @Override
 120     public boolean isComplexAlignFile()
 121     {
 122       return true;
 123     }
 124
 125   },
 126   Rnaml("RNAML", "xml,rnaml", true, false)
 127   {
 128     @Override
 129     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 130             throws IOException
 131     {
 132       return new RnamlFile(source);
 133     }
 134
 135     @Override
 136     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 137     {
 138       return new RnamlFile();
 139     }
 140
 141   },
 142   Json("JSON", "json", true, true)
 143   {
 144     @Override
 145     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 146             throws IOException
 147     {
 148       return new JSONFile(source);
 149     }
 150
 151     @Override
 152     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 153     {
 154       return new JSONFile();
 155     }
 156
 157     @Override
 158     public boolean isComplexAlignFile()
 159     {
 160       return true;
 161     }
 162
 163   },
 164   Pileup("PileUp", "pileup", true, true)
 165   {
 166     @Override
 167     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 168             throws IOException
 169     {
 170       return new PileUpfile(source);
 171     }
 172
 173     @Override
 174     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 175     {
 176       return new PileUpfile();
 177     }
 178
 179   },
 180   MSF("MSF", "msf", true, true)
 181   {
 182     @Override
 183     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 184             throws IOException
 185     {
 186       return new MSFfile(source);
 187     }
 188
 189     @Override
 190     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 191     {
 192       return new MSFfile();
 193     }
 194
 195   },
 196   Clustal("Clustal", "aln", true, true)
 197   {
 198     @Override
 199     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 200             throws IOException
 201     {
 202       return new ClustalFile(source);
 203     }
 204
 205     @Override
 206     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 207     {
 208       return new ClustalFile();
 209     }
 210   },
 211   Phylip("PHYLIP", "phy", true, true)
 212   {
 213     @Override
 214     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 215             throws IOException
 216     {
 217       return new PhylipFile(source);
 218     }
 219
 220     @Override
 221     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 222     {
 223       return new PhylipFile();
 224     }
 225   },
 226   Jnet("JnetFile", "", false, false)
 227   {
 228     @Override
 229     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 230             throws IOException
 231     {
 232       JPredFile af = new JPredFile(source);
 233       af.removeNonSequences();
 234       return af;
 235     }
 236
 237     @Override
 238     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 239     {
 240       return null; // todo is this called?
 241     }
 242
 243   },
 244   Features("GFF or Jalview features", "gff2,gff3", true, false)
 245   {
 246     @Override
 247     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 248             throws IOException
 249     {
 250       return new FeaturesFile(source);
 251     }
 252
 253     @Override
 254     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 255     {
 256       return new FeaturesFile();
 257     }
 258   },
 259   ScoreMatrix("Substitution matrix", "", false, false)
 260   {
 261     @Override
 262     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 263             throws IOException
 264     {
 265       return new ScoreMatrixFile(source);
 266     }
 267
 268     @Override
 269     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 270     {
 271       return null;
 272     }
 273   },
 274   PDB("PDB", "pdb,ent", true, false)
 275   {
 276     @Override
 277     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 278             throws IOException
 279     {
 280       boolean isParseWithJMOL = StructureImportSettings
 281               .getDefaultStructureFileFormat() != PDBEntry.Type.PDB;
 282       if (isParseWithJMOL)
 283       {
 284         return new JmolParser(source);
 285       }
 286       else
 287       {
 288         StructureImportSettings.setShowSeqFeatures(true);
 289         return new MCview.PDBfile(
 290                 StructureImportSettings.isVisibleChainAnnotation(),
 291                 StructureImportSettings.isProcessSecondaryStructure(),
 292                 StructureImportSettings.isExternalSecondaryStructure(),
 293                 source);
 294       }
 295     }
 296
 297     @Override
 298     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 299     {
 300       return new JmolParser(); // todo or null?
 301     }
 302
 303     @Override
 304     public boolean isStructureFile()
 305     {
 306       return true;
 307     }
 308   },
 309   MMCif("mmCIF", "cif", true, false)
 310   {
 311     @Override
 312     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 313             throws IOException
 314     {
 315       return new JmolParser(source);
 316     }
 317
 318     @Override
 319     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 320     {
 321       return new JmolParser(); // todo or null?
 322     }
 323
 324     @Override
 325     public boolean isStructureFile()
 326     {
 327       return true;
 328     }
 329   },
 330   Jalview("Jalview", "jar,jvp", true, true)
 331   {
 332     @Override
 333     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 334             throws IOException
 335     {
 336       return null;
 337     }
 338
 339     @Override
 340     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 341     {
 342       return null;
 343     }
 344
 345     @Override
 346     public boolean isTextFormat()
 347     {
 348       return false;
 349     }
 350
 351     @Override
 352     public boolean isIdentifiable()
 353     {
 354       return false;
 355     }
 356   };
 357
 358   private boolean writable;
 359
 360   private boolean readable;
 361
 362   private String extensions;
 363
 364   private String name;
 365
 366   @Override
 367   public boolean isComplexAlignFile()
 368   {
 369     return false;
 370   }
 371
 372   @Override
 373   public boolean isReadable()
 374   {
 375     return readable;
 376   }
 377
 378   @Override
 379   public boolean isWritable()
 380   {
 381     return writable;
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Constructor
 386    *
 387    * @param shortName
 388    * @param extensions
 389    *          comma-separated list of file extensions associated with the format
 390    * @param isReadable
 391    * @param isWritable
 392    */
 393   private FileFormat(String shortName, String extensions,
 394           boolean isReadable, boolean isWritable)
 395   {
 396     this.name = shortName;
 397     this.extensions = extensions;
 398     this.readable = isReadable;
 399     this.writable = isWritable;
 400   }
 401
 402   @Override
 403   public String getExtensions()
 404   {
 405     return extensions;
 406   }
 407
 408   /**
 409    * Answers the display name of the file format (as for example shown in menu
 410    * options). This name should not be locale (language) dependent.
 411    */
 412   @Override
 413   public String getName()
 414   {
 415     return name;
 416   }
 417
 418   @Override
 419   public boolean isTextFormat()
 420   {
 421     return true;
 422   }
 423
 424   @Override
 425   public boolean isStructureFile()
 426   {
 427     return false;
 428   }
 429
 430   /**
 431    * By default, answers true, indicating the format is one that can be
 432    * identified by IdentifyFile. Formats that cannot be identified should
 433    * override this method to return false.
 434    */
 435   public boolean isIdentifiable()
 436   {
 437     return true;
 438   }
 439 }