src/jalview/io/FileFormat.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.IOException;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.ext.jmol.JmolParser;
  29 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  30
  31 public enum FileFormat implements FileFormatI
  32 {
  33   Fasta("Fasta", "fa, fasta, mfa, fastq", true, true)
  34   {
  35     @Override
  36     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  37             throws IOException
  38     {
  39       return new FastaFile(source);
  40     }
  41
  42     @Override
  43     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  44     {
  45       return new FastaFile();
  46     }
  47   },
  48   Pfam("PFAM", "pfam", true, true)
  49   {
  50     @Override
  51     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  52             throws IOException
  53     {
  54       return new PfamFile(source);
  55     }
  56
  57     @Override
  58     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  59     {
  60       return new PfamFile();
  61     }
  62   },
  63   Stockholm("Stockholm", "sto,stk", true, true)
  64   {
  65     @Override
  66     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  67             throws IOException
  68     {
  69       return new StockholmFile(source);
  70     }
  71
  72     @Override
  73     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  74     {
  75       return new StockholmFile(al);
  76     }
  77
  78   },
  79
  80   PIR("PIR", "pir", true, true)
  81   {
  82     @Override
  83     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  84             throws IOException
  85     {
  86       return new PIRFile(source);
  87     }
  88
  89     @Override
  90     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
  91     {
  92       return new PIRFile();
  93     }
  94   },
  95   BLC("BLC", "BLC", true, true)
  96   {
  97     @Override
  98     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
  99             throws IOException
 100     {
 101       return new BLCFile(source);
 102     }
 103
 104     @Override
 105     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 106     {
 107       return new BLCFile();
 108     }
 109   },
 110   AMSA("AMSA", "amsa", true, true)
 111   {
 112     @Override
 113     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 114             throws IOException
 115     {
 116       return new AMSAFile(source);
 117     }
 118
 119     @Override
 120     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 121     {
 122       return new AMSAFile(al);
 123     }
 124   },
 125   Html("HTML", "html", true, false)
 126   {
 127     @Override
 128     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 129             throws IOException
 130     {
 131       return new HtmlFile(source);
 132     }
 133
 134     @Override
 135     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 136     {
 137       return new HtmlFile();
 138     }
 139
 140     @Override
 141     public boolean isComplexAlignFile()
 142     {
 143       return true;
 144     }
 145
 146   },
 147   Rnaml("RNAML", "xml,rnaml", true, false)
 148   {
 149     @Override
 150     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 151             throws IOException
 152     {
 153       return new RnamlFile(source);
 154     }
 155
 156     @Override
 157     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 158     {
 159       return new RnamlFile();
 160     }
 161
 162   },
 163   Json("JSON", "json", true, true)
 164   {
 165     @Override
 166     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 167             throws IOException
 168     {
 169       return new JSONFile(source);
 170     }
 171
 172     @Override
 173     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 174     {
 175       return new JSONFile();
 176     }
 177
 178     @Override
 179     public boolean isComplexAlignFile()
 180     {
 181       return true;
 182     }
 183
 184   },
 185   Pileup("PileUp", "pileup", true, true)
 186   {
 187     @Override
 188     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 189             throws IOException
 190     {
 191       return new PileUpfile(source);
 192     }
 193
 194     @Override
 195     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 196     {
 197       return new PileUpfile();
 198     }
 199
 200   },
 201   MSF("MSF", "msf", true, true)
 202   {
 203     @Override
 204     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 205             throws IOException
 206     {
 207       return new MSFfile(source);
 208     }
 209
 210     @Override
 211     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 212     {
 213       return new MSFfile();
 214     }
 215
 216   },
 217   Clustal("Clustal", "aln", true, true)
 218   {
 219     @Override
 220     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 221             throws IOException
 222     {
 223       return new ClustalFile(source);
 224     }
 225
 226     @Override
 227     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 228     {
 229       return new ClustalFile();
 230     }
 231   },
 232   Phylip("PHYLIP", "phy", true, true)
 233   {
 234     @Override
 235     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 236             throws IOException
 237     {
 238       return new PhylipFile(source);
 239     }
 240
 241     @Override
 242     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 243     {
 244       return new PhylipFile();
 245     }
 246   },
 247   GenBank("GenBank Flatfile", "gb, gbk", true, false)
 248   {
 249     @Override
 250     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 251             throws IOException
 252     {
 253       return new GenBankFile(source, "GenBank");
 254     }
 255
 256     @Override
 257     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 258     {
 259       return null;
 260     }
 261   },
 262   Embl("ENA Flatfile", "txt", true, false)
 263   {
 264     @Override
 265     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 266             throws IOException
 267     {
 268       // Always assume we import from EMBL for now
 269       return new EmblFlatFile(source, DBRefSource.EMBL);
 270     }
 271
 272     @Override
 273     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 274     {
 275       return null;
 276     }
 277   },
 278   Jnet("JnetFile", "", false, false)
 279   {
 280     @Override
 281     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 282             throws IOException
 283     {
 284       JPredFile af = new JPredFile(source);
 285       af.removeNonSequences();
 286       return af;
 287     }
 288
 289     @Override
 290     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 291     {
 292       return null; // todo is this called?
 293     }
 294
 295   },
 296   Features("GFF or Jalview features", "gff2,gff3", true, false)
 297   {
 298     @Override
 299     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 300             throws IOException
 301     {
 302       return new FeaturesFile(source);
 303     }
 304
 305     @Override
 306     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 307     {
 308       return new FeaturesFile();
 309     }
 310   },
 311   ScoreMatrix("Substitution matrix", "", false, false)
 312   {
 313     @Override
 314     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 315             throws IOException
 316     {
 317       return new ScoreMatrixFile(source);
 318     }
 319
 320     @Override
 321     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 322     {
 323       return null;
 324     }
 325   },
 326   PDB("PDB", "pdb,ent", true, false)
 327   {
 328     @Override
 329     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 330             throws IOException
 331     {
 332       boolean isParseWithJMOL = StructureImportSettings
 333               .getDefaultStructureFileFormat() != PDBEntry.Type.PDB;
 334       if (isParseWithJMOL)
 335       {
 336         return new JmolParser(source);
 337       }
 338       else
 339       {
 340         StructureImportSettings.setShowSeqFeatures(true);
 341         return new mc_view.PDBfile(
 342                 StructureImportSettings.isVisibleChainAnnotation(),
 343                 StructureImportSettings.isProcessSecondaryStructure(),
 344                 StructureImportSettings.isExternalSecondaryStructure(),
 345                 source);
 346       }
 347     }
 348
 349     @Override
 350     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 351     {
 352       return new JmolParser(); // todo or null?
 353     }
 354
 355     @Override
 356     public boolean isStructureFile()
 357     {
 358       return true;
 359     }
 360   },
 361   MMCif("mmCIF", "cif", true, false)
 362   {
 363     @Override
 364     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 365             throws IOException
 366     {
 367       return new JmolParser(source);
 368     }
 369
 370     @Override
 371     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 372     {
 373       return new JmolParser(); // todo or null?
 374     }
 375
 376     @Override
 377     public boolean isStructureFile()
 378     {
 379       return true;
 380     }
 381   },
 382   Jalview("Jalview", "jvp, jar", true, true)
 383   {
 384     @Override
 385     public AlignmentFileReaderI getReader(FileParse source)
 386             throws IOException
 387     {
 388       return null;
 389     }
 390
 391     @Override
 392     public AlignmentFileWriterI getWriter(AlignmentI al)
 393     {
 394       return null;
 395     }
 396
 397     @Override
 398     public boolean isTextFormat()
 399     {
 400       return false;
 401     }
 402
 403     @Override
 404     public boolean isIdentifiable()
 405     {
 406       return true;
 407     }
 408   };
 409
 410   private boolean writable;
 411
 412   private boolean readable;
 413
 414   private String extensions;
 415
 416   private String name;
 417
 418   @Override
 419   public boolean isComplexAlignFile()
 420   {
 421     return false;
 422   }
 423
 424   @Override
 425   public boolean isReadable()
 426   {
 427     return readable;
 428   }
 429
 430   @Override
 431   public boolean isWritable()
 432   {
 433     return writable;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * Constructor
 438    *
 439    * @param shortName
 440    * @param extensions
 441    *          comma-separated list of file extensions associated with the format
 442    * @param isReadable - can be recognised by IdentifyFile and imported with the given reader
 443    * @param isWritable - can be exported with the returned writer
 444    */
 445   private FileFormat(String shortName, String extensions,
 446           boolean isReadable, boolean isWritable)
 447   {
 448     this.name = shortName;
 449     this.extensions = extensions;
 450     this.readable = isReadable;
 451     this.writable = isWritable;
 452   }
 453
 454   @Override
 455   public String getExtensions()
 456   {
 457     return extensions;
 458   }
 459
 460   /**
 461    * Answers the display name of the file format (as for example shown in menu
 462    * options). This name should not be locale (language) dependent.
 463    */
 464   @Override
 465   public String getName()
 466   {
 467     return name;
 468   }
 469
 470   @Override
 471   public boolean isTextFormat()
 472   {
 473     return true;
 474   }
 475
 476   @Override
 477   public boolean isStructureFile()
 478   {
 479     return false;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * By default, answers true, indicating the format is one that can be
 484    * identified by IdentifyFile. Formats that cannot be identified should
 485    * override this method to return false.
 486    */
 487   public boolean isIdentifiable()
 488   {
 489     return true;
 490   }
 491 }