src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.util.StringTokenizer;
  26 import java.util.Vector;
  27
  28 import javax.swing.SwingUtilities;
  29
  30 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  31 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  32 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  33 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  34 import jalview.bin.Cache;
  35 import jalview.bin.Jalview;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  38 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.gui.AlignFrame;
  41 import jalview.gui.AlignViewport;
  42 import jalview.gui.Desktop;
  43 import jalview.gui.JvOptionPane;
  44 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  45 import jalview.project.Jalview2XML;
  46 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  47 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  50
  51 public class FileLoader implements Runnable
  52 {
  53   String file;
  54
  55   DataSourceType protocol;
  56
  57   FileFormatI format;
  58
  59   AlignmentFileReaderI source = null; // alternative specification of where data
  60                                       // comes
  61
  62   // from
  63
  64   AlignViewport viewport;
  65
  66   AlignFrame alignFrame;
  67
  68   long loadtime;
  69
  70   long memused;
  71
  72   boolean raiseGUI = true;
  73
  74   private File selectedFile;
  75
  76   /**
  77    * default constructor always raised errors in GUI dialog boxes
  78    */
  79   public FileLoader()
  80   {
  81     this(true);
  82   }
  83
  84   /**
  85    * construct a Fileloader that may raise errors non-interactively
  86    *
  87    * @param raiseGUI
  88    *          true if errors are to be raised as GUI dialog boxes
  89    */
  90   public FileLoader(boolean raiseGUI)
  91   {
  92     this.raiseGUI = raiseGUI;
  93   }
  94
  95   public void LoadFile(AlignViewport viewport, Object file,
  96           DataSourceType protocol, FileFormatI format)
  97   {
  98     this.viewport = viewport;
  99     if (file instanceof File)
 100     {
 101       this.selectedFile = (File) file;
 102       file = selectedFile.getPath();
 103     }
 104     LoadFile(file.toString(), protocol, format);
 105   }
 106
 107   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol,
 108           FileFormatI format)
 109   {
 110     this.file = file;
 111     this.protocol = protocol;
 112     this.format = format;
 113
 114     final Thread loader = new Thread(this);
 115
 116     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 117     {
 118       @Override
 119       public void run()
 120       {
 121         loader.start();
 122       }
 123     });
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Load a (file, protocol) source of unknown type
 128    *
 129    * @param file
 130    * @param protocol
 131    */
 132   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol)
 133   {
 134     LoadFile(file, protocol, null);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Load alignment from (file, protocol) and wait till loaded
 139    *
 140    * @param file
 141    * @param sourceType
 142    * @return alignFrame constructed from file contents
 143    */
 144   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 145           DataSourceType sourceType)
 146   {
 147     return LoadFileWaitTillLoaded(file, sourceType, null);
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 152    *
 153    * @param file
 154    * @param sourceType
 155    * @param format
 156    * @return alignFrame constructed from file contents
 157    */
 158   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 159           DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 160   {
 161     this.file = file;
 162     this.protocol = sourceType;
 163     this.format = format;
 164     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 165   }
 166
 167   /**
 168    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 169    *
 170    * @param file
 171    * @param sourceType
 172    * @param format
 173    * @return alignFrame constructed from file contents
 174    */
 175   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(File file,
 176           DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 177   {
 178     this.selectedFile = file;
 179     this.file = file.getPath();
 180     this.protocol = sourceType;
 181     this.format = format;
 182     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 183   }
 184
 185   /**
 186    * Load alignment from FileParse source of type format and wait till loaded
 187    *
 188    * @param source
 189    * @param format
 190    * @return alignFrame constructed from file contents
 191    */
 192   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(AlignmentFileReaderI source,
 193           FileFormatI format)
 194   {
 195     this.source = source;
 196
 197     file = source.getInFile();
 198     protocol = source.getDataSourceType();
 199     this.format = format;
 200     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 201   }
 202
 203   /**
 204    * runs the 'run' method (in this thread), then return the alignFrame that's
 205    * (hopefully) been read
 206    *
 207    * @return
 208    */
 209   protected AlignFrame _LoadFileWaitTillLoaded()
 210   {
 211     this.run();
 212
 213     return alignFrame;
 214   }
 215
 216   public void updateRecentlyOpened()
 217   {
 218     Vector<String> recent = new Vector<>();
 219     if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 220     {
 221       // do nothing if the file was pasted in as text... there is no filename to
 222       // refer to it as.
 223       return;
 224     }
 225     if (file != null
 226             && file.indexOf(System.getProperty("java.io.tmpdir")) > -1)
 227     {
 228       // ignore files loaded from the system's temporary directory
 229       return;
 230     }
 231     String type = protocol == DataSourceType.FILE ? "RECENT_FILE"
 232             : "RECENT_URL";
 233
 234     String historyItems = Cache.getProperty(type);
 235
 236     StringTokenizer st;
 237
 238     if (historyItems != null)
 239     {
 240       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 241
 242       while (st.hasMoreTokens())
 243       {
 244         recent.addElement(st.nextToken().trim());
 245       }
 246     }
 247
 248     if (recent.contains(file))
 249     {
 250       recent.remove(file);
 251     }
 252
 253     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 254     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 255     {
 256       newHistory.append("\t");
 257       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 258     }
 259
 260     Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 261
 262     if (protocol == DataSourceType.FILE)
 263     {
 264       Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format.getName());
 265     }
 266   }
 267
 268   @Override
 269   public void run()
 270   {
 271     String title = protocol == DataSourceType.PASTE
 272             ? "Copied From Clipboard"
 273             : file;
 274     Runtime rt = Runtime.getRuntime();
 275
 276     try
 277     {
 278       if (Desktop.instance != null)
 279       {
 280         Desktop.instance.startLoading(file);
 281       }
 282       if (format == null)
 283       {
 284         // just in case the caller didn't identify the file for us
 285         if (source != null)
 286         {
 287           format = new IdentifyFile().identify(source, false);
 288           // identify stream and rewind rather than close
 289         }
 290         else if (selectedFile != null)
 291         {
 292           format = new IdentifyFile().identify(selectedFile, protocol);
 293         }
 294         else
 295         {
 296           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 297         }
 298
 299       }
 300
 301       if (format == null)
 302       {
 303         Desktop.instance.stopLoading();
 304         System.err.println("The input file \"" + file
 305                 + "\" has null or unidentifiable data content!");
 306         if (!Jalview.isHeadlessMode())
 307         {
 308           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 309                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data")
 310                           + " in " + file + "\n"
 311                           + AppletFormatAdapter.getSupportedFormats(),
 312                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 313                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 314         }
 315         return;
 316       }
 317       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
 318       // retrieved via URL)
 319       if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 320       {
 321         System.gc();
 322         memused = (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // free
 323         // memory
 324         // before
 325         // load
 326       }
 327       loadtime = -System.currentTimeMillis();
 328       AlignmentI al = null;
 329
 330       if (FileFormat.Jalview.equals(format))
 331       {
 332         if (source != null)
 333         {
 334           // Tell the user (developer?) that this is going to cause a problem
 335           System.err.println(
 336                   "IMPLEMENTATION ERROR: Cannot read consecutive Jalview XML projects from a stream.");
 337           // We read the data anyway - it might make sense.
 338         }
 339         // BH 2018 switch to File object here instead of filename
 340         alignFrame = new Jalview2XML(raiseGUI).loadJalviewAlign(
 341                 selectedFile == null ? file : selectedFile);
 342       }
 343       else
 344       {
 345         String error = AppletFormatAdapter.getSupportedFormats();
 346         try
 347         {
 348           if (source != null)
 349           {
 350             // read from the provided source
 351             al = new FormatAdapter().readFromFile(source, format);
 352           }
 353           else
 354           {
 355
 356             // open a new source and read from it
 357             FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
 358             boolean downloadStructureFile = format.isStructureFile()
 359                     && protocol.equals(DataSourceType.URL);
 360             if (downloadStructureFile)
 361             {
 362               String structExt = format.getExtensions().split(",")[0];
 363               String urlLeafName = file.substring(
 364                       file.lastIndexOf(
 365                               System.getProperty("file.separator")),
 366                       file.lastIndexOf("."));
 367               String tempStructureFileStr = createNamedJvTempFile(
 368                       urlLeafName, structExt);
 369
 370               // BH - switching to File object here so as to hold
 371               // ._bytes array directly
 372               File tempFile = new File(tempStructureFileStr);
 373               UrlDownloadClient.download(file, tempFile);
 374
 375               al = fa.readFile(tempFile, DataSourceType.FILE, format);
 376               source = fa.getAlignFile();
 377             }
 378             else
 379             {
 380               if (selectedFile == null)
 381               {
 382                 al = fa.readFile(null, file, protocol, format);
 383
 384               }
 385               else
 386               {
 387                 al = fa.readFile(selectedFile, null, protocol, format);
 388               }
 389               source = fa.getAlignFile(); // keep reference for later if
 390
 391               // necessary.
 392             }
 393           }
 394         } catch (java.io.IOException ex)
 395         {
 396           error = ex.getMessage();
 397         }
 398
 399         if ((al != null) && (al.getHeight() > 0) && al.hasValidSequence())
 400         {
 401           // construct and register dataset sequences
 402           for (SequenceI sq : al.getSequences())
 403           {
 404             while (sq.getDatasetSequence() != null)
 405             {
 406               sq = sq.getDatasetSequence();
 407             }
 408             if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 409             {
 410               for (PDBEntry pdbe : sq.getAllPDBEntries())
 411               {
 412                 // register PDB entries with desktop's structure selection
 413                 // manager
 414                 StructureSelectionManager
 415                         .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 416                         .registerPDBEntry(pdbe);
 417               }
 418             }
 419           }
 420
 421           FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 422                   .getFeatureColourScheme();
 423           if (viewport != null)
 424           {
 425             // append to existing alignment
 426             viewport.addAlignment(al, title);
 427             viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 428           }
 429           else
 430           {
 431             // otherwise construct the alignFrame
 432
 433             if (source instanceof ComplexAlignFile)
 434             {
 435               HiddenColumns colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 436                       .getHiddenColumns();
 437               SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 438                       .getHiddenSequences();
 439               String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 440                       .getGlobalColourScheme();
 441               FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 442                       .getDisplayedFeatures();
 443               alignFrame = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 444                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 445               alignFrame.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 446               alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(
 447                       ((ComplexAlignFile) source).isShowSeqFeatures());
 448               ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper
 449                       .getJalviewColourScheme(colourSchemeName, al);
 450               if (cs != null)
 451               {
 452                 alignFrame.changeColour(cs);
 453               }
 454             }
 455             else
 456             {
 457               alignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 458                       AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 459               if (source instanceof FeaturesSourceI)
 460               {
 461                 alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 462               }
 463             }
 464             // add metadata and update ui
 465             if (!(protocol == DataSourceType.PASTE))
 466             {
 467               alignFrame.setFileName(file, format);
 468               alignFrame.setFileObject(selectedFile); // BH 2018 SwingJS
 469               alignFrame.getViewport().setSavedUpToDate(true);
 470             }
 471             if (proxyColourScheme != null)
 472             {
 473               alignFrame.getViewport()
 474                       .applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 475             }
 476             alignFrame.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 477                     "label.successfully_loaded_file", new String[]
 478                     { title }));
 479
 480             if (raiseGUI)
 481             {
 482               // add the window to the GUI
 483               // note - this actually should happen regardless of raiseGUI
 484               // status in Jalview 3
 485               // TODO: define 'virtual desktop' for benefit of headless scripts
 486               // that perform queries to find the 'current working alignment'
 487               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,
 488                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 489
 490               /*
 491                * for an Overview automatically opened with alignment,
 492                * set its title now alignFrame title has been set
 493                */
 494               alignFrame.alignPanel.setOverviewTitle(alignFrame);
 495             }
 496
 497             try
 498             {
 499               alignFrame.setMaximum(
 500                       Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 501             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 502             {
 503             }
 504           }
 505         }
 506         else
 507         {
 508           if (Desktop.instance != null)
 509           {
 510             Desktop.instance.stopLoading();
 511           }
 512
 513           final String errorMessage = MessageManager.getString(
 514                   "label.couldnt_load_file") + " " + title + "\n" + error;
 515           // TODO: refactor FileLoader to be independent of Desktop / Applet GUI
 516           // bits ?
 517           if (raiseGUI && Desktop.desktop != null)
 518           {
 519             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 520             {
 521               @Override
 522               public void run()
 523               {
 524                 JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 525                         errorMessage,
 526                         MessageManager
 527                                 .getString("label.error_loading_file"),
 528                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 529               }
 530             });
 531           }
 532           else
 533           {
 534             System.err.println(errorMessage);
 535           }
 536         }
 537       }
 538
 539       updateRecentlyOpened();
 540
 541     } catch (Exception er)
 542     {
 543       System.err.println("Exception whilst opening file '" + file);
 544       er.printStackTrace();
 545       if (raiseGUI)
 546       {
 547         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 548         {
 549           @Override
 550           public void run()
 551           {
 552             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 553                     MessageManager.formatMessage(
 554                             "label.problems_opening_file", new String[]
 555                             { file }),
 556                     MessageManager.getString("label.file_open_error"),
 557                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 558           }
 559         });
 560       }
 561       alignFrame = null;
 562     } catch (OutOfMemoryError er)
 563     {
 564
 565       er.printStackTrace();
 566       alignFrame = null;
 567       if (raiseGUI)
 568       {
 569         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 570         {
 571           @Override
 572           public void run()
 573           {
 574             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 575                     MessageManager.formatMessage(
 576                             "warn.out_of_memory_loading_file", new String[]
 577                             { file }),
 578                     MessageManager.getString("label.out_of_memory"),
 579                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 580           }
 581         });
 582       }
 583       System.err.println("Out of memory loading file " + file + "!!");
 584
 585     }
 586     loadtime += System.currentTimeMillis();
 587     // TODO: Estimate percentage of memory used by a newly loaded alignment -
 588     // warn if more memory will be needed to work with it
 589     // System.gc();
 590     memused = memused
 591             - (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // difference
 592     // in free
 593     // memory
 594     // after
 595     // load
 596     if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 597     {
 598       if (alignFrame != null)
 599       {
 600         AlignmentI al = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 601
 602         System.out.println("Loaded '" + title + "' in "
 603                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 604                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0)) + " MB ("
 605                 + al.getHeight() + " seqs by " + al.getWidth() + " cols)");
 606       }
 607       else
 608       {
 609         // report that we didn't load anything probably due to an out of memory
 610         // error
 611         System.out.println("Failed to load '" + title + "' in "
 612                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 613                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0))
 614                 + " MB (alignment is null)");
 615       }
 616     }
 617     // remove the visual delay indicator
 618     if (Desktop.instance != null)
 619     {
 620       Desktop.instance.stopLoading();
 621     }
 622
 623   }
 624
 625   /**
 626    * This method creates the file -
 627    * {tmpdir}/jalview/{current_timestamp}/fileName.exetnsion using the supplied
 628    * file name and extension
 629    *
 630    * @param fileName
 631    *          the name of the temp file to be created
 632    * @param extension
 633    *          the extension of the temp file to be created
 634    * @return
 635    */
 636   private static String createNamedJvTempFile(String fileName,
 637           String extension) throws IOException
 638   {
 639     String seprator = System.getProperty("file.separator");
 640     String jvTempDir = System.getProperty("java.io.tmpdir") + "jalview"
 641             + seprator + System.currentTimeMillis();
 642     File tempStructFile = new File(
 643             jvTempDir + seprator + fileName + "." + extension);
 644     tempStructFile.mkdirs();
 645     return tempStructFile.toString();
 646   }
 647
 648 }