src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.gui.AlignFrame;\r
  23 import jalview.gui.Jalview2XML;\r
  24 import javax.swing.JOptionPane;\r
  25 \r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 import java.util.StringTokenizer;\r
  30 \r
  31 public class FileLoader\r
  32 {\r
  33   String file;\r
  34   String protocol;\r
  35   String format;\r
  36   AlignViewport viewport;\r
  37 \r
  38   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file, String protocol, String format)\r
  39   {\r
  40     this.viewport = viewport;\r
  41     LoadFile(file, protocol, format);\r
  42   }\r
  43 \r
  44   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
  45   {\r
  46     this.file = file;\r
  47     this.protocol = protocol;\r
  48     this.format = format;\r
  49 \r
  50     LoadingThread loader = new LoadingThread();\r
  51     loader.start();\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,\r
  55                                                   String format)\r
  56   {\r
  57     this.file = file;\r
  58     this.protocol = protocol;\r
  59     this.format = format;\r
  60 \r
  61     LoadingThread loader = new LoadingThread();\r
  62     loader.start();\r
  63     while (loader.isAlive())\r
  64     {\r
  65       try\r
  66       {\r
  67         Thread.sleep(500);\r
  68       }\r
  69       catch (Exception ex)\r
  70       {}\r
  71     }\r
  72 \r
  73     return loader.af;\r
  74   }\r
  75 \r
  76 \r
  77 \r
  78   public void updateRecentlyOpened()\r
  79   {\r
  80     Vector recent = new Vector();\r
  81 \r
  82     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE)\r
  83         ? "RECENT_FILE" : "RECENT_URL";\r
  84 \r
  85     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);\r
  86 \r
  87     StringTokenizer st;\r
  88 \r
  89     if (historyItems != null)\r
  90     {\r
  91       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");\r
  92 \r
  93       while (st.hasMoreTokens())\r
  94       {\r
  95         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());\r
  96       }\r
  97     }\r
  98 \r
  99     if (recent.contains(file))\r
 100     {\r
 101       recent.remove(file);\r
 102     }\r
 103 \r
 104     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);\r
 105     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)\r
 106     {\r
 107       newHistory.append("\t");\r
 108       newHistory.append(recent.elementAt(i));\r
 109     }\r
 110 \r
 111     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());\r
 112 \r
 113     if(type.equals(FormatAdapter.FILE))\r
 114       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 115   }\r
 116 \r
 117 \r
 118   class LoadingThread\r
 119       extends Thread\r
 120   {\r
 121 \r
 122     AlignFrame af;\r
 123 \r
 124 \r
 125 \r
 126     public void run()\r
 127     {\r
 128       Desktop.instance.startLoading(file);\r
 129 \r
 130       SequenceI[] sequences = null;\r
 131 \r
 132       if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 133       {\r
 134         af = new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(file);\r
 135       }\r
 136       else\r
 137       {\r
 138         String errorMessage = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;\r
 139 \r
 140         if (FormatAdapter.formats.contains(format))\r
 141         {\r
 142           try\r
 143           {\r
 144             sequences = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 145           }\r
 146           catch (java.io.IOException ex)\r
 147           {\r
 148             errorMessage = ex.getMessage();\r
 149           }\r
 150         }\r
 151 \r
 152         if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 153         {\r
 154           if(viewport!=null)\r
 155           {\r
 156             for(int i=0; i<sequences.length; i++)\r
 157               viewport.getAlignment().addSequence(sequences[i]);\r
 158 \r
 159               viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 160           }\r
 161           else\r
 162           {\r
 163             af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));\r
 164             af.currentFileFormat = format;\r
 165             af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 166 \r
 167             Desktop.addInternalFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 168                                      AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 169 \r
 170             try\r
 171             {\r
 172               af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));\r
 173             }\r
 174             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 175             {\r
 176             }\r
 177           }\r
 178         }\r
 179         else\r
 180         {\r
 181           Desktop.instance.stopLoading();\r
 182 \r
 183           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 184                                                 "Couldn't load file " + file +\r
 185                                                 "\n"\r
 186                                                 + errorMessage,\r
 187                                                 "Error loading file",\r
 188                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 189         }\r
 190       }\r
 191 \r
 192       if (af != null)\r
 193       {\r
 194         updateRecentlyOpened();\r
 195       }\r
 196 \r
 197       Desktop.instance.stopLoading();\r
 198 \r
 199     }\r
 200   }\r
 201 \r
 202 }\r