src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  26 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.AlignFrame;
  34 import jalview.gui.AlignViewport;
  35 import jalview.gui.Desktop;
  36 import jalview.gui.Jalview2XML;
  37 import jalview.gui.JvOptionPane;
  38 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  39 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  43
  44 import java.io.File;
  45 import java.io.IOException;
  46 import java.util.StringTokenizer;
  47 import java.util.Vector;
  48
  49 import javax.swing.SwingUtilities;
  50
  51 public class FileLoader implements Runnable
  52 {
  53   String file;
  54
  55   DataSourceType protocol;
  56
  57   FileFormatI format;
  58
  59   AlignmentFileReaderI source = null; // alternative specification of where data
  60                                       // comes
  61
  62   // from
  63
  64   AlignViewport viewport;
  65
  66   AlignFrame alignFrame;
  67
  68   long loadtime;
  69
  70   long memused;
  71
  72   boolean raiseGUI = true;
  73
  74   /**
  75    * default constructor always raised errors in GUI dialog boxes
  76    */
  77   public FileLoader()
  78   {
  79     this(true);
  80   }
  81
  82   /**
  83    * construct a Fileloader that may raise errors non-interactively
  84    *
  85    * @param raiseGUI
  86    *          true if errors are to be raised as GUI dialog boxes
  87    */
  88   public FileLoader(boolean raiseGUI)
  89   {
  90     this.raiseGUI = raiseGUI;
  91   }
  92
  93   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file,
  94           DataSourceType protocol, FileFormatI format)
  95   {
  96     this.viewport = viewport;
  97     LoadFile(file, protocol, format);
  98   }
  99
 100   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol,
 101           FileFormatI format)
 102   {
 103     this.file = file;
 104     this.protocol = protocol;
 105     this.format = format;
 106
 107     final Thread loader = new Thread(this);
 108
 109     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 110     {
 111       @Override
 112       public void run()
 113       {
 114         loader.start();
 115       }
 116     });
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Load a (file, protocol) source of unknown type
 121    *
 122    * @param file
 123    * @param protocol
 124    */
 125   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol)
 126   {
 127     LoadFile(file, protocol, null);
 128   }
 129
 130   /**
 131    * Load alignment from (file, protocol) and wait till loaded
 132    *
 133    * @param file
 134    * @param sourceType
 135    * @return alignFrame constructed from file contents
 136    */
 137   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 138           DataSourceType sourceType)
 139   {
 140     return LoadFileWaitTillLoaded(file, sourceType, null);
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 145    *
 146    * @param file
 147    * @param sourceType
 148    * @param format
 149    * @return alignFrame constructed from file contents
 150    */
 151   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 152           DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 153   {
 154     this.file = file;
 155     this.protocol = sourceType;
 156     this.format = format;
 157     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Load alignment from FileParse source of type format and wait till loaded
 162    *
 163    * @param source
 164    * @param format
 165    * @return alignFrame constructed from file contents
 166    */
 167   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(AlignmentFileReaderI source,
 168           FileFormatI format)
 169   {
 170     this.source = source;
 171
 172     file = source.getInFile();
 173     protocol = source.getDataSourceType();
 174     this.format = format;
 175     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 176   }
 177
 178   /**
 179    * start thread and wait until finished, then return the alignFrame that's
 180    * (hopefully) been read.
 181    *
 182    * @return
 183    */
 184   protected AlignFrame _LoadFileWaitTillLoaded()
 185   {
 186     Thread loader = new Thread(this);
 187     loader.start();
 188
 189     while (loader.isAlive())
 190     {
 191       try
 192       {
 193         Thread.sleep(500);
 194       } catch (Exception ex)
 195       {
 196       }
 197     }
 198
 199     return alignFrame;
 200   }
 201
 202   public void LoadFileOntoAlignmentWaitTillLoaded(AlignViewport viewport,
 203           String file, DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 204   {
 205     this.viewport = viewport;
 206     this.file = file;
 207     this.protocol = sourceType;
 208     this.format = format;
 209     _LoadAlignmentFileWaitTillLoaded();
 210   }
 211
 212   protected void _LoadAlignmentFileWaitTillLoaded()
 213   {
 214     Thread loader = new Thread(this);
 215     loader.start();
 216
 217     while (loader.isAlive())
 218     {
 219       try
 220       {
 221         Thread.sleep(500);
 222       } catch (Exception ex)
 223       {
 224       }
 225     }
 226   }
 227
 228   public void updateRecentlyOpened()
 229   {
 230     Vector recent = new Vector();
 231     if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 232     {
 233       // do nothing if the file was pasted in as text... there is no filename to
 234       // refer to it as.
 235       return;
 236     }
 237     if (file != null
 238             && file.indexOf(System.getProperty("java.io.tmpdir")) > -1)
 239     {
 240       // ignore files loaded from the system's temporary directory
 241       return;
 242     }
 243     String type = protocol == DataSourceType.FILE ? "RECENT_FILE"
 244             : "RECENT_URL";
 245
 246     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);
 247
 248     StringTokenizer st;
 249
 250     if (historyItems != null)
 251     {
 252       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 253
 254       while (st.hasMoreTokens())
 255       {
 256         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());
 257       }
 258     }
 259
 260     if (recent.contains(file))
 261     {
 262       recent.remove(file);
 263     }
 264
 265     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 266     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 267     {
 268       newHistory.append("\t");
 269       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 270     }
 271
 272     Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 273
 274     if (protocol == DataSourceType.FILE)
 275     {
 276       Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format.getName());
 277     }
 278   }
 279
 280   @Override
 281   public void run()
 282   {
 283     String title = protocol == DataSourceType.PASTE
 284             ? "Copied From Clipboard"
 285             : file;
 286     Runtime rt = Runtime.getRuntime();
 287     try
 288     {
 289       if (Desktop.instance != null)
 290       {
 291         Desktop.instance.startLoading(file);
 292       }
 293       if (format == null)
 294       {
 295         // just in case the caller didn't identify the file for us
 296         if (source != null)
 297         {
 298           format = new IdentifyFile().identify(source, false);
 299           // identify stream and rewind rather than close
 300         }
 301         else
 302         {
 303           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 304         }
 305
 306       }
 307
 308       if (format == null)
 309       {
 310         Desktop.instance.stopLoading();
 311         System.err.println("The input file \"" + file
 312                 + "\" has null or unidentifiable data content!");
 313         if (!Jalview.isHeadlessMode())
 314         {
 315           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 316                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data")
 317                           + " in " + file + "\n"
 318                           + AppletFormatAdapter.getSupportedFormats(),
 319                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 320                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 321         }
 322         return;
 323       }
 324       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
 325       // retrieved via URL)
 326       if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 327       {
 328         System.gc();
 329         memused = (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // free
 330         // memory
 331         // before
 332         // load
 333       }
 334       loadtime = -System.currentTimeMillis();
 335       AlignmentI al = null;
 336
 337       if (FileFormat.Jalview.equals(format))
 338       {
 339         if (source != null)
 340         {
 341           // Tell the user (developer?) that this is going to cause a problem
 342           System.err.println(
 343                   "IMPLEMENTATION ERROR: Cannot read consecutive Jalview XML projects from a stream.");
 344           // We read the data anyway - it might make sense.
 345         }
 346         alignFrame = new Jalview2XML(raiseGUI).loadJalviewAlign(file);
 347       }
 348       else
 349       {
 350         String error = AppletFormatAdapter.getSupportedFormats();
 351         try
 352         {
 353           if (source != null)
 354           {
 355             // read from the provided source
 356             al = new FormatAdapter().readFromFile(source, format);
 357           }
 358           else
 359           {
 360
 361             // open a new source and read from it
 362             FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
 363             boolean downloadStructureFile = format.isStructureFile()
 364                     && protocol.equals(DataSourceType.URL);
 365             if (downloadStructureFile)
 366             {
 367               String structExt = format.getExtensions().split(",")[0];
 368               String urlLeafName = file.substring(
 369                       file.lastIndexOf(
 370                               System.getProperty("file.separator")),
 371                       file.lastIndexOf("."));
 372               String tempStructureFileStr = createNamedJvTempFile(
 373                       urlLeafName, structExt);
 374               UrlDownloadClient.download(file, tempStructureFileStr);
 375               al = fa.readFile(tempStructureFileStr, DataSourceType.FILE,
 376                       format);
 377               source = fa.getAlignFile();
 378             }
 379             else
 380             {
 381               al = fa.readFile(file, protocol, format);
 382               source = fa.getAlignFile(); // keep reference for later if
 383                                           // necessary.
 384             }
 385           }
 386         } catch (java.io.IOException ex)
 387         {
 388           error = ex.getMessage();
 389         }
 390
 391         if ((al != null) && (al.getHeight() > 0) && al.hasValidSequence())
 392         {
 393           // construct and register dataset sequences
 394           for (SequenceI sq : al.getSequences())
 395           {
 396             while (sq.getDatasetSequence() != null)
 397             {
 398               sq = sq.getDatasetSequence();
 399             }
 400             if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 401             {
 402               for (PDBEntry pdbe : sq.getAllPDBEntries())
 403               {
 404                 // register PDB entries with desktop's structure selection
 405                 // manager
 406                 StructureSelectionManager
 407                         .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 408                         .registerPDBEntry(pdbe);
 409               }
 410             }
 411           }
 412
 413           FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 414                   .getFeatureColourScheme();
 415           if (viewport != null)
 416           {
 417             if (proxyColourScheme != null)
 418             {
 419               viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 420             }
 421             // append to existing alignment
 422             viewport.addAlignment(al, title);
 423             if (source instanceof HMMFile)
 424             {
 425               AlignmentI alignment = viewport.getAlignment();
 426               SequenceI seq = alignment
 427                       .getSequenceAt(alignment.getAbsoluteHeight() - 1);
 428               if (seq.hasHMMProfile())
 429               {
 430                 /*
 431                  * fudge: move HMM consensus sequence from last to first
 432                  */
 433                 alignment.deleteSequence(alignment.getAbsoluteHeight() - 1);
 434                 alignment.insertSequenceAt(0, seq);
 435               }
 436               viewport.getAlignPanel().adjustAnnotationHeight();
 437               viewport.updateSequenceIdColours();
 438             }
 439           }
 440           else
 441           {
 442             // otherwise construct the alignFrame
 443
 444             if (source instanceof ComplexAlignFile)
 445             {
 446               HiddenColumns colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 447                       .getHiddenColumns();
 448               SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 449                       .getHiddenSequences();
 450               String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 451                       .getGlobalColourScheme();
 452               FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 453                       .getDisplayedFeatures();
 454               alignFrame = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 455                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 456               alignFrame.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 457               alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(
 458                       ((ComplexAlignFile) source).isShowSeqFeatures());
 459               ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper
 460                       .getJalviewColourScheme(colourSchemeName, al);
 461               if (cs != null)
 462               {
 463                 alignFrame.changeColour(cs);
 464               }
 465             }
 466             else
 467             {
 468               alignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 469                       AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 470               if (source instanceof FeaturesSourceI)
 471               {
 472                 alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 473               }
 474             }
 475             // add metadata and update ui
 476             if (!(protocol == DataSourceType.PASTE))
 477             {
 478               alignFrame.setFileName(file, format);
 479             }
 480             if (proxyColourScheme != null)
 481             {
 482               alignFrame.getViewport()
 483                       .applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 484             }
 485             alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 486                     "label.successfully_loaded_file", new String[]
 487                     { title }));
 488
 489             if (raiseGUI)
 490             {
 491               // add the window to the GUI
 492               // note - this actually should happen regardless of raiseGUI
 493               // status in Jalview 3
 494               // TODO: define 'virtual desktop' for benefit of headless scripts
 495               // that perform queries to find the 'current working alignment'
 496               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,
 497                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 498             }
 499
 500             try
 501             {
 502               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache
 503                       .getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 504             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 505             {
 506             }
 507           }
 508         }
 509         else
 510         {
 511           if (Desktop.instance != null)
 512           {
 513             Desktop.instance.stopLoading();
 514           }
 515
 516           final String errorMessage = MessageManager.getString(
 517                   "label.couldnt_load_file") + " " + title + "\n" + error;
 518           // TODO: refactor FileLoader to be independent of Desktop / Applet GUI
 519           // bits ?
 520           if (raiseGUI && Desktop.desktop != null)
 521           {
 522             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 523             {
 524               @Override
 525               public void run()
 526               {
 527                 JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 528                         errorMessage,
 529                         MessageManager
 530                                 .getString("label.error_loading_file"),
 531                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 532               }
 533             });
 534           }
 535           else
 536           {
 537             System.err.println(errorMessage);
 538           }
 539         }
 540       }
 541
 542       updateRecentlyOpened();
 543
 544     } catch (Exception er)
 545     {
 546       System.err.println("Exception whilst opening file '" + file);
 547       er.printStackTrace();
 548       if (raiseGUI)
 549       {
 550         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 551         {
 552           @Override
 553           public void run()
 554           {
 555             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 556                     MessageManager.formatMessage(
 557                             "label.problems_opening_file", new String[]
 558                             { file }),
 559                     MessageManager.getString("label.file_open_error"),
 560                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 561           }
 562         });
 563       }
 564       alignFrame = null;
 565     } catch (OutOfMemoryError er)
 566     {
 567
 568       er.printStackTrace();
 569       alignFrame = null;
 570       if (raiseGUI)
 571       {
 572         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 573         {
 574           @Override
 575           public void run()
 576           {
 577             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 578                     MessageManager.formatMessage(
 579                             "warn.out_of_memory_loading_file", new String[]
 580                             { file }),
 581                     MessageManager.getString("label.out_of_memory"),
 582                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 583           }
 584         });
 585       }
 586       System.err.println("Out of memory loading file " + file + "!!");
 587
 588     }
 589     loadtime += System.currentTimeMillis();
 590     // TODO: Estimate percentage of memory used by a newly loaded alignment -
 591     // warn if more memory will be needed to work with it
 592     // System.gc();
 593     memused = memused
 594             - (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // difference
 595     // in free
 596     // memory
 597     // after
 598     // load
 599     if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 600     {
 601       if (alignFrame != null)
 602       {
 603         AlignmentI al = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 604
 605         System.out.println("Loaded '" + title + "' in "
 606                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 607                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0)) + " MB ("
 608                 + al.getHeight() + " seqs by " + al.getWidth() + " cols)");
 609       }
 610       else
 611       {
 612         // report that we didn't load anything probably due to an out of memory
 613         // error
 614         System.out.println("Failed to load '" + title + "' in "
 615                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 616                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0))
 617                 + " MB (alignment is null)");
 618       }
 619     }
 620     // remove the visual delay indicator
 621     if (Desktop.instance != null)
 622     {
 623       Desktop.instance.stopLoading();
 624     }
 625
 626   }
 627
 628   /**
 629    * This method creates the file -
 630    * {tmpdir}/jalview/{current_timestamp}/fileName.exetnsion using the supplied
 631    * file name and extension
 632    *
 633    * @param fileName
 634    *          the name of the temp file to be created
 635    * @param extension
 636    *          the extension of the temp file to be created
 637    * @return
 638    */
 639   private static String createNamedJvTempFile(String fileName,
 640           String extension) throws IOException
 641   {
 642     String seprator = System.getProperty("file.separator");
 643     String jvTempDir = System.getProperty("java.io.tmpdir") + "jalview"
 644             + seprator + System.currentTimeMillis();
 645     File tempStructFile = new File(
 646             jvTempDir + seprator + fileName + "." + extension);
 647     tempStructFile.mkdirs();
 648     return tempStructFile.toString();
 649   }
 650
 651 }