src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  26 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  32 import jalview.datamodel.Profile;
  33 import jalview.datamodel.Profiles;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.gui.AlignFrame;
  37 import jalview.gui.AlignViewport;
  38 import jalview.gui.Desktop;
  39 import jalview.gui.Jalview2XML;
  40 import jalview.gui.JvOptionPane;
  41 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  42 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  43 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  46
  47 import java.io.File;
  48 import java.io.IOException;
  49 import java.util.StringTokenizer;
  50 import java.util.Vector;
  51
  52 import javax.swing.SwingUtilities;
  53
  54 public class FileLoader implements Runnable
  55 {
  56   String file;
  57
  58   DataSourceType protocol;
  59
  60   FileFormatI format;
  61
  62   AlignmentFileReaderI source = null; // alternative specification of where data
  63                                       // comes
  64
  65   // from
  66
  67   AlignViewport viewport;
  68
  69   AlignFrame alignFrame;
  70
  71   long loadtime;
  72
  73   long memused;
  74
  75   boolean raiseGUI = true;
  76
  77   /**
  78    * default constructor always raised errors in GUI dialog boxes
  79    */
  80   public FileLoader()
  81   {
  82     this(true);
  83   }
  84
  85   /**
  86    * construct a Fileloader that may raise errors non-interactively
  87    *
  88    * @param raiseGUI
  89    *          true if errors are to be raised as GUI dialog boxes
  90    */
  91   public FileLoader(boolean raiseGUI)
  92   {
  93     this.raiseGUI = raiseGUI;
  94   }
  95
  96   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file,
  97           DataSourceType protocol, FileFormatI format)
  98   {
  99     this.viewport = viewport;
 100     LoadFile(file, protocol, format);
 101   }
 102
 103   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol,
 104           FileFormatI format)
 105   {
 106     this.file = file;
 107     this.protocol = protocol;
 108     this.format = format;
 109
 110     final Thread loader = new Thread(this);
 111
 112     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 113     {
 114       @Override
 115       public void run()
 116       {
 117         loader.start();
 118       }
 119     });
 120   }
 121
 122   /**
 123    * Load a (file, protocol) source of unknown type
 124    *
 125    * @param file
 126    * @param protocol
 127    */
 128   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol)
 129   {
 130     LoadFile(file, protocol, null);
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Load alignment from (file, protocol) and wait till loaded
 135    *
 136    * @param file
 137    * @param sourceType
 138    * @return alignFrame constructed from file contents
 139    */
 140   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 141           DataSourceType sourceType)
 142   {
 143     return LoadFileWaitTillLoaded(file, sourceType, null);
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 148    *
 149    * @param file
 150    * @param sourceType
 151    * @param format
 152    * @return alignFrame constructed from file contents
 153    */
 154   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 155           DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 156   {
 157     this.file = file;
 158     this.protocol = sourceType;
 159     this.format = format;
 160     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 161   }
 162
 163   /**
 164    * Load alignment from FileParse source of type format and wait till loaded
 165    *
 166    * @param source
 167    * @param format
 168    * @return alignFrame constructed from file contents
 169    */
 170   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(AlignmentFileReaderI source,
 171           FileFormatI format)
 172   {
 173     this.source = source;
 174
 175     file = source.getInFile();
 176     protocol = source.getDataSourceType();
 177     this.format = format;
 178     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 179   }
 180
 181   /**
 182    * start thread and wait until finished, then return the alignFrame that's
 183    * (hopefully) been read.
 184    *
 185    * @return
 186    */
 187   protected AlignFrame _LoadFileWaitTillLoaded()
 188   {
 189     Thread loader = new Thread(this);
 190     loader.start();
 191
 192     while (loader.isAlive())
 193     {
 194       try
 195       {
 196         Thread.sleep(500);
 197       } catch (Exception ex)
 198       {
 199       }
 200     }
 201
 202     return alignFrame;
 203   }
 204
 205   public void LoadFileOntoAlignmentWaitTillLoaded(AlignViewport viewport,
 206           String file, DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 207   {
 208     this.viewport = viewport;
 209     this.file = file;
 210     this.protocol = sourceType;
 211     this.format = format;
 212     _LoadAlignmentFileWaitTillLoaded();
 213   }
 214
 215   protected void _LoadAlignmentFileWaitTillLoaded()
 216   {
 217     Thread loader = new Thread(this);
 218     loader.start();
 219
 220     while (loader.isAlive())
 221     {
 222       try
 223       {
 224         Thread.sleep(500);
 225       } catch (Exception ex)
 226       {
 227       }
 228     }
 229   }
 230
 231   public void updateRecentlyOpened()
 232   {
 233     Vector recent = new Vector();
 234     if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 235     {
 236       // do nothing if the file was pasted in as text... there is no filename to
 237       // refer to it as.
 238       return;
 239     }
 240     if (file != null
 241             && file.indexOf(System.getProperty("java.io.tmpdir")) > -1)
 242     {
 243       // ignore files loaded from the system's temporary directory
 244       return;
 245     }
 246     String type = protocol == DataSourceType.FILE ? "RECENT_FILE"
 247             : "RECENT_URL";
 248
 249     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);
 250
 251     StringTokenizer st;
 252
 253     if (historyItems != null)
 254     {
 255       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 256
 257       while (st.hasMoreTokens())
 258       {
 259         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());
 260       }
 261     }
 262
 263     if (recent.contains(file))
 264     {
 265       recent.remove(file);
 266     }
 267
 268     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 269     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 270     {
 271       newHistory.append("\t");
 272       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 273     }
 274
 275     Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 276
 277     if (protocol == DataSourceType.FILE)
 278     {
 279       Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format.getName());
 280     }
 281   }
 282
 283   @Override
 284   public void run()
 285   {
 286     String title = protocol == DataSourceType.PASTE
 287             ? "Copied From Clipboard"
 288             : file;
 289     Runtime rt = Runtime.getRuntime();
 290     try
 291     {
 292       if (Desktop.instance != null)
 293       {
 294         Desktop.instance.startLoading(file);
 295       }
 296       if (format == null)
 297       {
 298         // just in case the caller didn't identify the file for us
 299         if (source != null)
 300         {
 301           format = new IdentifyFile().identify(source, false);
 302           // identify stream and rewind rather than close
 303         }
 304         else
 305         {
 306           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 307         }
 308
 309       }
 310
 311       if (format == null)
 312       {
 313         Desktop.instance.stopLoading();
 314         System.err.println("The input file \"" + file
 315                 + "\" has null or unidentifiable data content!");
 316         if (!Jalview.isHeadlessMode())
 317         {
 318           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 319                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data")
 320                           + " in " + file + "\n"
 321                           + AppletFormatAdapter.getSupportedFormats(),
 322                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 323                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 324         }
 325         return;
 326       }
 327       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
 328       // retrieved via URL)
 329       if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 330       {
 331         System.gc();
 332         memused = (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // free
 333         // memory
 334         // before
 335         // load
 336       }
 337       loadtime = -System.currentTimeMillis();
 338       AlignmentI al = null;
 339
 340       if (FileFormat.Jalview.equals(format))
 341       {
 342         if (source != null)
 343         {
 344           // Tell the user (developer?) that this is going to cause a problem
 345           System.err.println(
 346                   "IMPLEMENTATION ERROR: Cannot read consecutive Jalview XML projects from a stream.");
 347           // We read the data anyway - it might make sense.
 348         }
 349         alignFrame = new Jalview2XML(raiseGUI).loadJalviewAlign(file);
 350       }
 351       else
 352       {
 353         String error = AppletFormatAdapter.getSupportedFormats();
 354         try
 355         {
 356           if (source != null)
 357           {
 358             // read from the provided source
 359             al = new FormatAdapter().readFromFile(source, format);
 360           }
 361           else
 362           {
 363
 364             // open a new source and read from it
 365             FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
 366             boolean downloadStructureFile = format.isStructureFile()
 367                     && protocol.equals(DataSourceType.URL);
 368             if (downloadStructureFile)
 369             {
 370               String structExt = format.getExtensions().split(",")[0];
 371               String urlLeafName = file.substring(
 372                       file.lastIndexOf(
 373                               System.getProperty("file.separator")),
 374                       file.lastIndexOf("."));
 375               String tempStructureFileStr = createNamedJvTempFile(
 376                       urlLeafName, structExt);
 377               UrlDownloadClient.download(file, tempStructureFileStr);
 378               al = fa.readFile(tempStructureFileStr, DataSourceType.FILE,
 379                       format);
 380               source = fa.getAlignFile();
 381             }
 382             else
 383             {
 384               al = fa.readFile(file, protocol, format);
 385               source = fa.getAlignFile(); // keep reference for later if
 386                                           // necessary.
 387             }
 388           }
 389         } catch (java.io.IOException ex)
 390         {
 391           error = ex.getMessage();
 392         }
 393
 394         if ((al != null) && (al.getHeight() > 0) && al.hasValidSequence())
 395         {
 396           // construct and register dataset sequences
 397           for (SequenceI sq : al.getSequences())
 398           {
 399             while (sq.getDatasetSequence() != null)
 400             {
 401               sq = sq.getDatasetSequence();
 402             }
 403             if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 404             {
 405               for (PDBEntry pdbe : sq.getAllPDBEntries())
 406               {
 407                 // register PDB entries with desktop's structure selection
 408                 // manager
 409                 StructureSelectionManager
 410                         .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 411                         .registerPDBEntry(pdbe);
 412               }
 413             }
 414           }
 415
 416           FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 417                   .getFeatureColourScheme();
 418           if (viewport != null)
 419           {
 420             if (proxyColourScheme != null)
 421             {
 422               viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 423             }
 424             // append to existing alignment
 425             viewport.addAlignment(al, title);
 426             if (source instanceof HMMFile)
 427             {
 428               AlignmentI alignment = viewport.getAlignment();
 429               SequenceI seq = alignment
 430                       .getSequenceAt(alignment.getAbsoluteHeight() - 1);
 431               alignment.deleteSequence(alignment.getAbsoluteHeight() - 1);
 432               SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 433               if (sg != null)
 434               {
 435                 seq.insertCharAt(0, sg.getStartRes(), '-');
 436                 seq.insertCharAt(sg.getEndRes() + 1,
 437                         alignment.getWidth() - sg.getEndRes(), '-');
 438                 SequenceI topSeq = sg.getSequencesInOrder(alignment)[0];
 439                 int topIndex = alignment.findIndex(topSeq);
 440                 alignment.insertSequenceAt(topIndex, seq);
 441                 sg.setSeqrep(seq);
 442                 viewport.getSelectionGroup().addSequence(seq, false);
 443               }
 444               else
 445               {
 446                 alignment.insertSequenceAt(0, seq);
 447               }
 448               viewport.initInformation();
 449               viewport.setSequenceInformationHash(
 450                       new Profiles(new Profile[1]), 0);
 451               viewport.updateInformation(viewport.getAlignPanel());
 452               viewport.getAlignPanel().adjustAnnotationHeight();
 453               viewport.updateSequenceIdColours();
 454               if (viewport.getAlignPanel().alignFrame
 455                       .getSelectedHMM() == null)
 456               {
 457                 viewport.getAlignPanel().alignFrame
 458                         .setSelectedHMM(seq.getHMM());
 459               }
 460
 461             }
 462           }
 463           else
 464           {
 465             // otherwise construct the alignFrame
 466
 467             if (source instanceof ComplexAlignFile)
 468             {
 469               HiddenColumns colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 470                       .getHiddenColumns();
 471               SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 472                       .getHiddenSequences();
 473               String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 474                       .getGlobalColourScheme();
 475               FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 476                       .getDisplayedFeatures();
 477               alignFrame = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 478                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 479               alignFrame.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 480               alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(
 481                       ((ComplexAlignFile) source).isShowSeqFeatures());
 482               ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper
 483                       .getJalviewColourScheme(colourSchemeName, al);
 484               if (cs != null)
 485               {
 486                 alignFrame.changeColour(cs);
 487               }
 488             }
 489             else
 490             {
 491               alignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 492                       AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 493               if (source instanceof FeaturesSourceI)
 494               {
 495                 alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 496               }
 497             }
 498             // add metadata and update ui
 499             if (!(protocol == DataSourceType.PASTE))
 500             {
 501               alignFrame.setFileName(file, format);
 502             }
 503             if (proxyColourScheme != null)
 504             {
 505               alignFrame.getViewport()
 506                       .applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 507             }
 508             alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 509                     "label.successfully_loaded_file", new String[]
 510                     { title }));
 511
 512             if (raiseGUI)
 513             {
 514               // add the window to the GUI
 515               // note - this actually should happen regardless of raiseGUI
 516               // status in Jalview 3
 517               // TODO: define 'virtual desktop' for benefit of headless scripts
 518               // that perform queries to find the 'current working alignment'
 519               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,
 520                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 521             }
 522
 523             try
 524             {
 525               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache
 526                       .getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 527             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 528             {
 529             }
 530           }
 531         }
 532         else
 533         {
 534           if (Desktop.instance != null)
 535           {
 536             Desktop.instance.stopLoading();
 537           }
 538
 539           final String errorMessage = MessageManager.getString(
 540                   "label.couldnt_load_file") + " " + title + "\n" + error;
 541           // TODO: refactor FileLoader to be independent of Desktop / Applet GUI
 542           // bits ?
 543           if (raiseGUI && Desktop.desktop != null)
 544           {
 545             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 546             {
 547               @Override
 548               public void run()
 549               {
 550                 JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 551                         errorMessage,
 552                         MessageManager
 553                                 .getString("label.error_loading_file"),
 554                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 555               }
 556             });
 557           }
 558           else
 559           {
 560             System.err.println(errorMessage);
 561           }
 562         }
 563       }
 564
 565       updateRecentlyOpened();
 566
 567     } catch (Exception er)
 568     {
 569       System.err.println("Exception whilst opening file '" + file);
 570       er.printStackTrace();
 571       if (raiseGUI)
 572       {
 573         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 574         {
 575           @Override
 576           public void run()
 577           {
 578             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 579                     MessageManager.formatMessage(
 580                             "label.problems_opening_file", new String[]
 581                             { file }),
 582                     MessageManager.getString("label.file_open_error"),
 583                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 584           }
 585         });
 586       }
 587       alignFrame = null;
 588     } catch (OutOfMemoryError er)
 589     {
 590
 591       er.printStackTrace();
 592       alignFrame = null;
 593       if (raiseGUI)
 594       {
 595         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 596         {
 597           @Override
 598           public void run()
 599           {
 600             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 601                     MessageManager.formatMessage(
 602                             "warn.out_of_memory_loading_file", new String[]
 603                             { file }),
 604                     MessageManager.getString("label.out_of_memory"),
 605                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 606           }
 607         });
 608       }
 609       System.err.println("Out of memory loading file " + file + "!!");
 610
 611     }
 612     loadtime += System.currentTimeMillis();
 613     // TODO: Estimate percentage of memory used by a newly loaded alignment -
 614     // warn if more memory will be needed to work with it
 615     // System.gc();
 616     memused = memused
 617             - (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // difference
 618     // in free
 619     // memory
 620     // after
 621     // load
 622     if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 623     {
 624       if (alignFrame != null)
 625       {
 626         AlignmentI al = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 627
 628         System.out.println("Loaded '" + title + "' in "
 629                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 630                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0)) + " MB ("
 631                 + al.getHeight() + " seqs by " + al.getWidth() + " cols)");
 632       }
 633       else
 634       {
 635         // report that we didn't load anything probably due to an out of memory
 636         // error
 637         System.out.println("Failed to load '" + title + "' in "
 638                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 639                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0))
 640                 + " MB (alignment is null)");
 641       }
 642     }
 643     // remove the visual delay indicator
 644     if (Desktop.instance != null)
 645     {
 646       Desktop.instance.stopLoading();
 647     }
 648
 649   }
 650
 651   /**
 652    * This method creates the file -
 653    * {tmpdir}/jalview/{current_timestamp}/fileName.exetnsion using the supplied
 654    * file name and extension
 655    *
 656    * @param fileName
 657    *          the name of the temp file to be created
 658    * @param extension
 659    *          the extension of the temp file to be created
 660    * @return
 661    */
 662   private static String createNamedJvTempFile(String fileName,
 663           String extension) throws IOException
 664   {
 665     String seprator = System.getProperty("file.separator");
 666     String jvTempDir = System.getProperty("java.io.tmpdir") + "jalview"
 667             + seprator + System.currentTimeMillis();
 668     File tempStructFile = new File(
 669             jvTempDir + seprator + fileName + "." + extension);
 670     tempStructFile.mkdirs();
 671     return tempStructFile.toString();
 672   }
 673
 674   /*
 675    * (non-Javadoc)
 676    *
 677    * @see java.lang.Object#finalize()
 678    */
 679   @Override
 680   protected void finalize() throws Throwable
 681   {
 682     source = null;
 683     alignFrame = null;
 684     viewport = null;
 685     super.finalize();
 686   }
 687
 688 }