src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.gui.AlignFrame;\r
  23 import jalview.gui.Jalview2XML;\r
  24 import javax.swing.JOptionPane;\r
  25 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  26 import jalview.gui.Desktop;\r
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  28 \r
  29 public class FileLoader\r
  30 {\r
  31   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
  32   {\r
  33     LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
  34     loader.start();\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,\r
  38                                                   String format)\r
  39   {\r
  40     LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
  41     loader.start();\r
  42     while (loader.isAlive())\r
  43     {\r
  44       try\r
  45       {\r
  46         Thread.sleep(500);\r
  47       }\r
  48       catch (Exception ex)\r
  49       {}\r
  50     }\r
  51 \r
  52     return loader.af;\r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56   class LoadingThread\r
  57     extends Thread\r
  58 {\r
  59   String file;\r
  60   String protocol;\r
  61   String format;\r
  62   AlignFrame af;\r
  63 \r
  64   public LoadingThread(String file, String protocol, String format)\r
  65   {\r
  66     this.file = file;\r
  67     this.protocol = protocol;\r
  68     this.format = format;\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void run()\r
  72   {\r
  73     SequenceI[] sequences = null;\r
  74 \r
  75     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
  76     {\r
  77       af = Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
  78     }\r
  79     else\r
  80     {\r
  81       if (FormatAdapter.formats.contains(format))\r
  82       {\r
  83         sequences = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
  84       }\r
  85 \r
  86       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
  87       {\r
  88         af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));\r
  89         af.currentFileFormat = format;\r
  90         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
  91 \r
  92         Desktop.addInternalFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
  93                            AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
  94 \r
  95 \r
  96         try\r
  97         {\r
  98           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));\r
  99         }\r
 100         catch (Exception ex)\r
 101         {\r
 102         }\r
 103       }\r
 104       else\r
 105       {\r
 106         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 107                                               "Couldn't open file.\n" +\r
 108                                               "Formats currently supported are\n" +\r
 109                                               "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM" // JBPNote - message should be generated through FormatAdapter!\r
 110                                               , "Error loading file",\r
 111                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 112       }\r
 113     }\r
 114   }\r
 115 }\r
 116 \r
 117 }\r