src/jalview/io/FileLoader.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.gui.AlignFrame;\r
   4 import jalview.gui.Jalview2XML;\r
   5 import javax.swing.JOptionPane;\r
   6 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   7 import jalview.gui.Desktop;\r
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
   9 import jalview.gui.Preferences;\r
  10 \r
  11 public class FileLoader\r
  12 {\r
  13   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
  14   {\r
  15     LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
  16     loader.start();\r
  17   }\r
  18 \r
  19   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,\r
  20                                                   String format)\r
  21   {\r
  22     LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
  23     loader.start();\r
  24     while (loader.isAlive())\r
  25     {\r
  26       try\r
  27       {\r
  28         Thread.sleep(50);\r
  29       }\r
  30       catch (Exception ex)\r
  31       {}\r
  32     }\r
  33 \r
  34     return loader.af;\r
  35   }\r
  36 \r
  37 \r
  38   class LoadingThread\r
  39     extends Thread\r
  40 {\r
  41   String file;\r
  42   String protocol;\r
  43   String format;\r
  44   AlignFrame af;\r
  45 \r
  46   public LoadingThread(String file, String protocol, String format)\r
  47   {\r
  48     this.file = file;\r
  49     this.protocol = protocol;\r
  50     this.format = format;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void run()\r
  54   {\r
  55     SequenceI[] sequences = null;\r
  56 \r
  57     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
  58     {\r
  59       af = Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
  60     }\r
  61     else\r
  62     {\r
  63       if (FormatAdapter.formats.contains(format))\r
  64       {\r
  65         sequences = FormatAdapter.readFile(file, protocol, format);\r
  66       }\r
  67 \r
  68       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
  69       {\r
  70         af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));\r
  71         af.currentFileFormat = format;\r
  72         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
  73 \r
  74         Desktop.addInternalFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
  75                            AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
  76 \r
  77 \r
  78         try\r
  79         {\r
  80           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));\r
  81         }\r
  82         catch (Exception ex)\r
  83         {\r
  84         }\r
  85       }\r
  86       else\r
  87       {\r
  88         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
  89                                               "Couldn't open file.\n" +\r
  90                                               "Formats currently supported are\n" +\r
  91                                               "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM" // JBPNote - message should be generated through FormatAdapter!\r
  92                                               , "Error loading file",\r
  93                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
  94       }\r
  95     }\r
  96   }\r
  97 }\r
  98 \r
  99 }\r