src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.gui.*;\r
  28 \r
  29 public class FileLoader\r
  30     implements Runnable\r
  31 {\r
  32   String file;\r
  33   String protocol;\r
  34   String format;\r
  35   AlignViewport viewport;\r
  36   AlignFrame alignFrame;\r
  37 \r
  38   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file, String protocol,\r
  39                        String format)\r
  40   {\r
  41     this.viewport = viewport;\r
  42     LoadFile(file, protocol, format);\r
  43   }\r
  44 \r
  45   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
  46   {\r
  47     this.file = file;\r
  48     this.protocol = protocol;\r
  49     this.format = format;\r
  50 \r
  51     final Thread loader = new Thread(this);\r
  52 \r
  53     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  54     {\r
  55       public void run()\r
  56       {\r
  57         loader.start();\r
  58       }\r
  59     });\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,\r
  63                                            String format)\r
  64   {\r
  65     this.file = file;\r
  66     this.protocol = protocol;\r
  67     this.format = format;\r
  68 \r
  69     Thread loader = new Thread(this);\r
  70     loader.start();\r
  71 \r
  72     while (loader.isAlive())\r
  73     {\r
  74       try\r
  75       {\r
  76         Thread.sleep(500);\r
  77       }\r
  78       catch (Exception ex)\r
  79       {}\r
  80     }\r
  81 \r
  82     return alignFrame;\r
  83   }\r
  84 \r
  85   public void updateRecentlyOpened()\r
  86   {\r
  87     Vector recent = new Vector();\r
  88 \r
  89     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE)\r
  90         ? "RECENT_FILE" : "RECENT_URL";\r
  91 \r
  92     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);\r
  93 \r
  94     StringTokenizer st;\r
  95 \r
  96     if (historyItems != null)\r
  97     {\r
  98       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");\r
  99 \r
 100       while (st.hasMoreTokens())\r
 101       {\r
 102         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());\r
 103       }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     if (recent.contains(file))\r
 107     {\r
 108       recent.remove(file);\r
 109     }\r
 110 \r
 111     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);\r
 112     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)\r
 113     {\r
 114       newHistory.append("\t");\r
 115       newHistory.append(recent.elementAt(i));\r
 116     }\r
 117 \r
 118     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());\r
 119 \r
 120     if (type.equals(FormatAdapter.FILE))\r
 121     {\r
 122       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 123     }\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public void run()\r
 127   {\r
 128     try\r
 129     {\r
 130       if (Desktop.instance != null)\r
 131       {\r
 132         Desktop.instance.startLoading(file);\r
 133       }\r
 134 \r
 135       Alignment al = null;\r
 136 \r
 137       if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 138       {\r
 139         alignFrame = new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(file);\r
 140       }\r
 141       else\r
 142       {\r
 143         String error = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;\r
 144 \r
 145         if (FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
 146         {\r
 147           try\r
 148           {\r
 149             al = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 150           }\r
 151           catch (java.io.IOException ex)\r
 152           {\r
 153             error = ex.getMessage();\r
 154           }\r
 155         }\r
 156 \r
 157         if ( (al != null) && (al.getHeight() > 0))\r
 158         {\r
 159           if (viewport != null)\r
 160           {\r
 161             for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
 162             {\r
 163               viewport.getAlignment().addSequence(al.getSequenceAt(i));\r
 164             }\r
 165             viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 166                                         viewport.getAlignment().getSequences());\r
 167 \r
 168           }\r
 169           else\r
 170           {\r
 171             alignFrame = new AlignFrame(al,\r
 172                                         AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 173                                         AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 174 \r
 175             alignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 176             alignFrame.setFileName(file, format);\r
 177 \r
 178             Desktop.addInternalFrame(alignFrame, file,\r
 179                                      AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 180                                      AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 181 \r
 182             try\r
 183             {\r
 184               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 185                   "SHOW_FULLSCREEN", false));\r
 186             }\r
 187             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 188             {\r
 189             }\r
 190           }\r
 191         }\r
 192         else\r
 193         {\r
 194           if (Desktop.instance != null)\r
 195           {\r
 196             Desktop.instance.stopLoading();\r
 197           }\r
 198 \r
 199           final String errorMessage = "Couldn't load file " + file + "\n" +\r
 200               error;\r
 201 \r
 202           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 203           {\r
 204             public void run()\r
 205             {\r
 206               JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 207                   errorMessage,\r
 208                   "Error loading file",\r
 209                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 210             }\r
 211           });\r
 212         }\r
 213       }\r
 214 \r
 215       updateRecentlyOpened();\r
 216 \r
 217     }\r
 218     catch (OutOfMemoryError er)\r
 219     {\r
 220 \r
 221       er.printStackTrace();\r
 222       alignFrame = null;\r
 223 \r
 224       javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 225       {\r
 226         public void run()\r
 227         {\r
 228           javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 229               "Out of memory loading file " + file + "!!"\r
 230               +\r
 231               "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 232               , "Out of memory",\r
 233               javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 234         }\r
 235       });\r
 236     }\r
 237 \r
 238     System.gc();\r
 239     if (Desktop.instance != null)\r
 240     {\r
 241       Desktop.instance.stopLoading();\r
 242     }\r
 243 \r
 244   }\r
 245 \r
 246 }\r