src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.AlignFrame;
  29 import jalview.gui.AlignViewport;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.Jalview2XML;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JOptionPane;
  40 import javax.swing.SwingUtilities;
  41
  42 public class FileLoader implements Runnable
  43 {
  44   String file;
  45
  46   String protocol;
  47
  48   String format;
  49
  50   FileParse source = null; // alternative specification of where data comes
  51
  52   // from
  53
  54   AlignViewport viewport;
  55
  56   AlignFrame alignFrame;
  57
  58   long loadtime;
  59
  60   long memused;
  61
  62   boolean raiseGUI = true;
  63
  64   /**
  65    * default constructor always raised errors in GUI dialog boxes
  66    */
  67   public FileLoader()
  68   {
  69     this(true);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * construct a Fileloader that may raise errors non-interactively
  74    *
  75    * @param raiseGUI
  76    *          true if errors are to be raised as GUI dialog boxes
  77    */
  78   public FileLoader(boolean raiseGUI)
  79   {
  80     this.raiseGUI = raiseGUI;
  81   }
  82
  83   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file,
  84           String protocol, String format)
  85   {
  86     this.viewport = viewport;
  87     LoadFile(file, protocol, format);
  88   }
  89
  90   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
  91   {
  92     this.file = file;
  93     this.protocol = protocol;
  94     this.format = format;
  95
  96     final Thread loader = new Thread(this);
  97
  98     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  99     {
 100       public void run()
 101       {
 102         loader.start();
 103       }
 104     });
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Load a (file, protocol) source of unknown type
 109    *
 110    * @param file
 111    * @param protocol
 112    */
 113   public void LoadFile(String file, String protocol)
 114   {
 115     LoadFile(file, protocol, null);
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Load alignment from (file, protocol) and wait till loaded
 120    *
 121    * @param file
 122    * @param protocol
 123    * @return alignFrame constructed from file contents
 124    */
 125   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol)
 126   {
 127     return LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, null);
 128   }
 129
 130   /**
 131    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 132    *
 133    * @param file
 134    * @param protocol
 135    * @param format
 136    * @return alignFrame constructed from file contents
 137    */
 138   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,
 139           String format)
 140   {
 141     this.file = file;
 142     this.protocol = protocol;
 143     this.format = format;
 144     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Load alignment from FileParse source of type format and wait till loaded
 149    *
 150    * @param source
 151    * @param format
 152    * @return alignFrame constructed from file contents
 153    */
 154   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(FileParse source, String format)
 155   {
 156     this.source = source;
 157
 158     file = source.getInFile();
 159     protocol = source.type;
 160     this.format = format;
 161     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 162   }
 163
 164   /**
 165    * start thread and wait until finished, then return the alignFrame that's
 166    * (hopefully) been read.
 167    *
 168    * @return
 169    */
 170   protected AlignFrame _LoadFileWaitTillLoaded()
 171   {
 172     Thread loader = new Thread(this);
 173     loader.start();
 174
 175     while (loader.isAlive())
 176     {
 177       try
 178       {
 179         Thread.sleep(500);
 180       } catch (Exception ex)
 181       {
 182       }
 183     }
 184
 185     return alignFrame;
 186   }
 187
 188   public void updateRecentlyOpened()
 189   {
 190     Vector recent = new Vector();
 191     if (protocol.equals(FormatAdapter.PASTE))
 192     {
 193       // do nothing if the file was pasted in as text... there is no filename to
 194       // refer to it as.
 195       return;
 196     }
 197     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE) ? "RECENT_FILE"
 198             : "RECENT_URL";
 199
 200     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);
 201
 202     StringTokenizer st;
 203
 204     if (historyItems != null)
 205     {
 206       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 207
 208       while (st.hasMoreTokens())
 209       {
 210         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());
 211       }
 212     }
 213
 214     if (recent.contains(file))
 215     {
 216       recent.remove(file);
 217     }
 218
 219     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 220     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 221     {
 222       newHistory.append("\t");
 223       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 224     }
 225
 226     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 227
 228     if (protocol.equals(FormatAdapter.FILE))
 229     {
 230       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 231     }
 232   }
 233
 234   public void run()
 235   {
 236     String title = protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE) ? "Copied From Clipboard"
 237             : file;
 238     Runtime rt = Runtime.getRuntime();
 239     try
 240     {
 241       if (Desktop.instance != null)
 242       {
 243         Desktop.instance.startLoading(file);
 244       }
 245       if (format == null)
 246       {
 247         // just in case the caller didn't identify the file for us
 248         if (source != null)
 249         {
 250           format = new IdentifyFile().Identify(source, false); // identify
 251           // stream and
 252           // rewind rather
 253           // than close
 254         }
 255         else
 256         {
 257           format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 258         }
 259       }
 260       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
 261       // retrieved via URL)
 262       if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 263       {
 264         System.gc();
 265         memused = (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // free
 266         // memory
 267         // before
 268         // load
 269       }
 270       loadtime = -System.currentTimeMillis();
 271       AlignmentI al = null;
 272
 273       if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))
 274       {
 275         if (source != null)
 276         {
 277           // Tell the user (developer?) that this is going to cause a problem
 278           System.err
 279                   .println("IMPLEMENTATION ERROR: Cannot read consecutive Jalview XML projects from a stream.");
 280           // We read the data anyway - it might make sense.
 281         }
 282         alignFrame = new Jalview2XML(raiseGUI).loadJalviewAlign(file);
 283       }
 284       else
 285       {
 286         String error = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;
 287         if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 288         {
 289           try
 290           {
 291             if (source != null)
 292             {
 293               // read from the provided source
 294               al = new FormatAdapter().readFromFile(source, format);
 295             }
 296             else
 297             {
 298
 299               // open a new source and read from it
 300               FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
 301               al = fa.readFile(file, protocol, format);
 302               source = fa.getAlignFile(); // keep reference for later if
 303                                           // necessary.
 304             }
 305           } catch (java.io.IOException ex)
 306           {
 307             error = ex.getMessage();
 308           }
 309         }
 310         else
 311         {
 312           if (format != null && format.length() > 7)
 313           {
 314             // ad hoc message in format.
 315             error = format + "\n" + error;
 316           }
 317         }
 318
 319         if ((al != null) && (al.getHeight() > 0))
 320         {
 321           // construct and register dataset sequences
 322           for (SequenceI sq : al.getSequences())
 323           {
 324             while (sq.getDatasetSequence() != null)
 325             {
 326               sq = sq.getDatasetSequence();
 327             }
 328             if (sq.getPDBId() != null)
 329             {
 330               for (PDBEntry pdbe : sq.getPDBId())
 331               {
 332                 // register PDB entries with desktop's structure selection
 333                 // manager
 334                 StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
 335                         Desktop.instance).registerPDBEntry(pdbe);
 336               }
 337             }
 338           }
 339
 340           if (viewport != null)
 341           {
 342             // append to existing alignment
 343             viewport.addAlignment(al, title);
 344           }
 345           else
 346           {
 347             // otherwise construct the alignFrame
 348
 349             if (source instanceof ComplexAlignFile)
 350             {
 351               ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 352                       .getColumnSelection();
 353               SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 354                       .getHiddenSequences();
 355               boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 356                       .isShowSeqFeatures();
 357               ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source)
 358                       .getColourScheme();
 359               alignFrame = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 360                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 361
 362               alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(
 363                       showSeqFeatures);
 364               alignFrame.changeColour(cs);
 365             }
 366             else
 367             {
 368               alignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 369                       AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 370             }
 371             // add metadata and update ui
 372             if (!protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 373             {
 374               alignFrame.setFileName(file, format);
 375             }
 376
 377             alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 378                     "label.successfully_loaded_file", new String[]
 379                     { title }));
 380
 381             if (raiseGUI)
 382             {
 383               // add the window to the GUI
 384               // note - this actually should happen regardless of raiseGUI
 385               // status in Jalview 3
 386               // TODO: define 'virtual desktop' for benefit of headless scripts
 387               // that perform queries to find the 'current working alignment'
 388               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,
 389                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 390             }
 391
 392             try
 393             {
 394               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(
 395                       "SHOW_FULLSCREEN", false));
 396             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 397             {
 398             }
 399           }
 400         }
 401         else
 402         {
 403           if (Desktop.instance != null)
 404           {
 405             Desktop.instance.stopLoading();
 406           }
 407
 408           final String errorMessage = "Couldn't load file " + title + "\n"
 409                   + error;
 410           // TODO: refactor FileLoader to be independent of Desktop / Applet GUI
 411           // bits ?
 412           if (raiseGUI && Desktop.desktop != null)
 413           {
 414             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 415             {
 416               public void run()
 417               {
 418                 JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 419                         errorMessage, MessageManager
 420                                 .getString("label.error_loading_file"),
 421                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 422               }
 423             });
 424           }
 425           else
 426           {
 427             System.err.println(errorMessage);
 428           }
 429         }
 430       }
 431
 432       updateRecentlyOpened();
 433
 434     } catch (Exception er)
 435     {
 436       System.err.println("Exception whilst opening file '" + file);
 437       er.printStackTrace();
 438       if (raiseGUI)
 439       {
 440         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 441         {
 442           public void run()
 443           {
 444             javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(
 445                     Desktop.desktop, MessageManager.formatMessage(
 446                             "label.problems_opening_file", new String[]
 447                             { file }), MessageManager
 448                             .getString("label.file_open_error"),
 449                     javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 450           }
 451         });
 452       }
 453       alignFrame = null;
 454     } catch (OutOfMemoryError er)
 455     {
 456
 457       er.printStackTrace();
 458       alignFrame = null;
 459       if (raiseGUI)
 460       {
 461         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 462         {
 463           public void run()
 464           {
 465             javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(
 466                     Desktop.desktop, MessageManager.formatMessage(
 467                             "warn.out_of_memory_loading_file", new String[]
 468                             { file }), MessageManager
 469                             .getString("label.out_of_memory"),
 470                     javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 471           }
 472         });
 473       }
 474       System.err.println("Out of memory loading file " + file + "!!");
 475
 476     }
 477     loadtime += System.currentTimeMillis();
 478     // TODO: Estimate percentage of memory used by a newly loaded alignment -
 479     // warn if more memory will be needed to work with it
 480     // System.gc();
 481     memused = memused
 482             - (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // difference
 483     // in free
 484     // memory
 485     // after
 486     // load
 487     if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 488     {
 489       if (alignFrame != null)
 490       {
 491         AlignmentI al = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 492
 493         System.out.println("Loaded '" + title + "' in "
 494                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 495                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0)) + " MB ("
 496                 + al.getHeight() + " seqs by " + al.getWidth() + " cols)");
 497       }
 498       else
 499       {
 500         // report that we didn't load anything probably due to an out of memory
 501         // error
 502         System.out.println("Failed to load '" + title + "' in "
 503                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 504                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0))
 505                 + " MB (alignment is null)");
 506       }
 507     }
 508     // remove the visual delay indicator
 509     if (Desktop.instance != null)
 510     {
 511       Desktop.instance.stopLoading();
 512     }
 513
 514   }
 515
 516   /*
 517    * (non-Javadoc)
 518    *
 519    * @see java.lang.Object#finalize()
 520    */
 521   protected void finalize() throws Throwable
 522   {
 523     source = null;
 524     alignFrame = null;
 525     viewport = null;
 526     super.finalize();
 527   }
 528
 529 }