src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  26 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.AlignFrame;
  34 import jalview.gui.AlignViewport;
  35 import jalview.gui.Desktop;
  36 import jalview.gui.JvOptionPane;
  37 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  38 import jalview.project.Jalview2XML;
  39 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  40 import jalview.util.MessageManager;
  41 import jalview.util.Platform;
  42 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  43
  44 import java.awt.Dimension;
  45 import java.io.BufferedReader;
  46 import java.io.ByteArrayInputStream;
  47 import java.io.File;
  48 import java.io.FileNotFoundException;
  49 import java.io.FileReader;
  50 import java.io.IOException;
  51 import java.io.InputStreamReader;
  52 import java.util.StringTokenizer;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 import javax.swing.SwingUtilities;
  56
  57 public class FileLoader implements Runnable
  58 {
  59   private File selectedFile;
  60
  61   String file;
  62
  63   DataSourceType protocol;
  64
  65   FileFormatI format;
  66
  67   AlignmentFileReaderI source; // alternative specification of where data
  68                                // comes from
  69
  70   /**
  71    * It is critical that all these fields are set, as this instance is reused.
  72    *
  73    * @param source
  74    * @param file
  75    * @param inFile
  76    * @param dataSourceType
  77    * @param format
  78    */
  79   private void setFileFields(AlignmentFileReaderI source, File file,
  80           String inFile, DataSourceType dataSourceType, FileFormatI format)
  81   {
  82     this.source = source;
  83     this.file = inFile;
  84     this.selectedFile = file;
  85     this.protocol = dataSourceType;
  86     this.format = format;
  87   }
  88
  89   AlignViewport viewport;
  90
  91   AlignFrame alignFrame;
  92
  93   long loadtime;
  94
  95   long memused;
  96
  97   boolean raiseGUI = true;
  98
  99   /**
 100    * default constructor always raised errors in GUI dialog boxes
 101    */
 102   public FileLoader()
 103   {
 104     this(true);
 105   }
 106
 107   /**
 108    * construct a Fileloader that may raise errors non-interactively
 109    *
 110    * @param raiseGUI
 111    *          true if errors are to be raised as GUI dialog boxes
 112    */
 113   public FileLoader(boolean raiseGUI)
 114   {
 115     this.raiseGUI = raiseGUI;
 116   }
 117
 118   public void loadFile(AlignViewport viewport, Object file,
 119           DataSourceType protocol, FileFormatI format)
 120   {
 121     this.viewport = viewport;
 122     if (file instanceof File) {
 123       this.selectedFile = (File) file;
 124       file = selectedFile.getPath();
 125     }
 126     loadFile(file.toString(), protocol, format);
 127   }
 128
 129   public void loadFile(String file, DataSourceType protocol,
 130           FileFormatI format)
 131   {
 132     this.file = file;
 133     this.protocol = protocol;
 134     this.format = format;
 135
 136     final Thread loader = new Thread(this);
 137
 138     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 139     {
 140       @Override
 141       public void run()
 142       {
 143         loader.start();
 144       }
 145     });
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Load a (file, protocol) source of unknown type
 150    *
 151    * @param file
 152    * @param protocol
 153    */
 154   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol)
 155   {
 156     loadFile(file, protocol, null);
 157   }
 158
 159   /**
 160    * Load alignment from (file, protocol) and wait till loaded
 161    *
 162    * @param file
 163    * @param sourceType
 164    * @return alignFrame constructed from file contents
 165    */
 166   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 167           DataSourceType sourceType)
 168   {
 169     return loadFileWaitTillLoaded(file, sourceType, null);
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 174    *
 175    * @param file
 176    * @param sourceType
 177    * @param format
 178    * @return alignFrame constructed from file contents
 179    */
 180   public AlignFrame loadFileWaitTillLoaded(String file,
 181           DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 182   {
 183     setFileFields(null, null, file, sourceType, format);
 184     return _loadFileWaitTillLoaded();
 185   }
 186
 187   /**
 188    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 189    *
 190    * @param file
 191    * @param sourceType
 192    * @param format
 193    * @return alignFrame constructed from file contents
 194    */
 195   public AlignFrame loadFileWaitTillLoaded(File file,
 196           DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 197   {
 198     setFileFields(null, file, null, sourceType, format);
 199     return _loadFileWaitTillLoaded();
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Load alignment from FileParse source of type format and wait till loaded
 204    *
 205    * @param source
 206    * @param format
 207    * @return alignFrame constructed from file contents
 208    */
 209   public AlignFrame loadFileWaitTillLoaded(AlignmentFileReaderI source,
 210           FileFormatI format)
 211   {
 212     setFileFields(source, null, source.getInFile(),
 213             source.getDataSourceType(), format);
 214     return _loadFileWaitTillLoaded();
 215   }
 216
 217   /**
 218    * runs the 'run' method (in this thread), then return the alignFrame that's
 219    * (hopefully) been read
 220    *
 221    * @return
 222    */
 223   private AlignFrame _loadFileWaitTillLoaded()
 224   {
 225     this.run();
 226     return alignFrame;
 227   }
 228
 229   public void updateRecentlyOpened()
 230   {
 231     Vector<String> recent = new Vector<>();
 232     if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 233     {
 234       // do nothing if the file was pasted in as text... there is no filename to
 235       // refer to it as.
 236       return;
 237     }
 238     if (file != null
 239             && file.indexOf(System.getProperty("java.io.tmpdir")) > -1)
 240     {
 241       // ignore files loaded from the system's temporary directory
 242       return;
 243     }
 244     String type = protocol == DataSourceType.FILE ? "RECENT_FILE"
 245             : "RECENT_URL";
 246
 247     String historyItems = Cache.getProperty(type);
 248
 249     StringTokenizer st;
 250
 251     if (historyItems != null)
 252     {
 253       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 254
 255       while (st.hasMoreTokens())
 256       {
 257         recent.addElement(st.nextToken().trim());
 258       }
 259     }
 260
 261     if (recent.contains(file))
 262     {
 263       recent.remove(file);
 264     }
 265
 266     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 267     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 268     {
 269       newHistory.append("\t");
 270       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 271     }
 272
 273     Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 274
 275     if (protocol == DataSourceType.FILE)
 276     {
 277       Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format.getName());
 278     }
 279   }
 280
 281   @Override
 282   public void run()
 283   {
 284     String title = protocol == DataSourceType.PASTE
 285             ? "Copied From Clipboard"
 286             : file;
 287     Runtime rt = Runtime.getRuntime();
 288     try
 289     {
 290       if (Desktop.getInstance() != null)
 291       {
 292         Desktop.getInstance().startLoading(file);
 293       }
 294       if (format == null)
 295       {
 296         // just in case the caller didn't identify the file for us
 297         if (source != null)
 298         {
 299           format = new IdentifyFile().identify(source, false);
 300           // identify stream and rewind rather than close
 301         }
 302         else if (selectedFile != null) {
 303           format = new IdentifyFile().identify(selectedFile, protocol);
 304         }
 305         else
 306         {
 307           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 308         }
 309
 310       }
 311
 312       if (format == null)
 313       {
 314         Desktop.getInstance().stopLoading();
 315         System.err.println("The input file \"" + file
 316                 + "\" has null or unidentifiable data content!");
 317         if (!Jalview.isHeadlessMode())
 318         {
 319           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
 320                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data")
 321                           + " in " + file + "\n"
 322                           + AppletFormatAdapter.getSupportedFormats(),
 323                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 324                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 325         }
 326         return;
 327       }
 328       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
 329       // retrieved via URL)
 330       if (Desktop.getDesktopPane() != null && Desktop.getDesktopPane().isShowMemoryUsage())
 331       {
 332         System.gc();
 333         memused = (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // free
 334         // memory
 335         // before
 336         // load
 337       }
 338       loadtime = -System.currentTimeMillis();
 339       AlignmentI al = null;
 340
 341       if (FileFormat.Jalview.equals(format))
 342       {
 343         if (source != null)
 344         {
 345           // Tell the user (developer?) that this is going to cause a problem
 346           System.err.println(
 347                   "IMPLEMENTATION ERROR: Cannot read consecutive Jalview XML projects from a stream.");
 348           // We read the data anyway - it might make sense.
 349         }
 350         // BH 2018 switch to File object here instead of filename
 351         Platform.timeCheck(null, Platform.TIME_MARK);
 352         alignFrame = new Jalview2XML(raiseGUI).loadJalviewAlign(selectedFile == null ? file : selectedFile);
 353         Platform.timeCheck("JVP loaded", Platform.TIME_MARK);
 354
 355       }
 356       else
 357       {
 358         String error = AppletFormatAdapter.getSupportedFormats();
 359         try
 360         {
 361           if (source != null)
 362           {
 363             // read from the provided source
 364             al = new FormatAdapter().readFromFile(source, format);
 365           }
 366           else
 367           {
 368
 369             // open a new source and read from it
 370             FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
 371             boolean downloadStructureFile = format.isStructureFile()
 372                     && protocol.equals(DataSourceType.URL);
 373             if (downloadStructureFile)
 374             {
 375               String structExt = format.getExtensions().split(",")[0];
 376               int pt = file.lastIndexOf(file.indexOf('/') >= 0 ? "/"
 377                       : System.getProperty("file.separator"));
 378               String urlLeafName = file.substring(pt,
 379                       file.lastIndexOf("."));
 380               String tempStructureFileStr = createNamedJvTempFile(
 381                       urlLeafName, structExt);
 382
 383               // BH - switching to File object here so as to hold
 384               // .秘bytes array directly
 385               File tempFile = new File(tempStructureFileStr);
 386               UrlDownloadClient.download(file, tempFile);
 387
 388               al = fa.readFile(tempFile, DataSourceType.FILE,
 389                       format);
 390               source = fa.getAlignFile();
 391             }
 392             else
 393             {
 394               if (selectedFile == null) {
 395                 al = fa.readFile(file, protocol, format);
 396
 397               } else {
 398                 al = fa.readFile(selectedFile, protocol, format);
 399                              }
 400               source = fa.getAlignFile(); // keep reference for later if
 401
 402                                           // necessary.
 403             }
 404           }
 405         } catch (java.io.IOException ex)
 406         {
 407           error = ex.getMessage();
 408         }
 409
 410         if ((al != null) && (al.getHeight() > 0) && al.hasValidSequence())
 411         {
 412           // construct and register dataset sequences
 413           for (SequenceI sq : al.getSequences())
 414           {
 415             while (sq.getDatasetSequence() != null)
 416             {
 417               sq = sq.getDatasetSequence();
 418             }
 419             if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 420             {
 421               for (PDBEntry pdbe : sq.getAllPDBEntries())
 422               {
 423                 // register PDB entries with desktop's structure selection
 424                 // manager
 425                 Desktop.getStructureSelectionManager()
 426                         .registerPDBEntry(pdbe);
 427               }
 428             }
 429           }
 430
 431           FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 432                   .getFeatureColourScheme();
 433           if (viewport != null)
 434           {
 435             if (proxyColourScheme != null)
 436             {
 437               viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 438             }
 439             // append to existing alignment
 440             viewport.addAlignment(al, title);
 441           }
 442           else
 443           {
 444             // otherwise construct the alignFrame
 445
 446             if (source instanceof ComplexAlignFile)
 447             {
 448               HiddenColumns colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 449                       .getHiddenColumns();
 450               SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 451                       .getHiddenSequences();
 452               String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 453                       .getGlobalColourScheme();
 454               FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 455                       .getDisplayedFeatures();
 456               alignFrame = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 457                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 458               alignFrame.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 459               alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(
 460                       ((ComplexAlignFile) source).isShowSeqFeatures());
 461               ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper
 462                       .getJalviewColourScheme(colourSchemeName, al);
 463               if (cs != null)
 464               {
 465                 alignFrame.changeColour(cs);
 466               }
 467             }
 468             else
 469             {
 470               alignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 471                       AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 472               if (source instanceof FeaturesSourceI)
 473               {
 474                 alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 475               }
 476             }
 477             // add metadata and update ui
 478             if (!(protocol == DataSourceType.PASTE))
 479             {
 480               alignFrame.setFileName(file, format);
 481               alignFrame.setFileObject(selectedFile); // BH 2018 SwingJS
 482             }
 483             if (proxyColourScheme != null)
 484             {
 485               alignFrame.getViewport()
 486                       .applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 487             }
 488             alignFrame.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 489                     "label.successfully_loaded_file", new String[]
 490                     { title }));
 491
 492             if (raiseGUI)
 493             {
 494               // add the window to the GUI
 495               // note - this actually should happen regardless of raiseGUI
 496               // status in Jalview 3
 497               // TODO: define 'virtual desktop' for benefit of headless scripts
 498               // that perform queries to find the 'current working alignment'
 499
 500
 501               Dimension dim = Platform.getDimIfEmbedded(alignFrame,
 502                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 503               alignFrame.setSize(dim);
 504               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title, dim.width,
 505                       dim.height);
 506             }
 507
 508             try
 509             {
 510               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache
 511                       .getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 512             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 513             {
 514             }
 515           }
 516         }
 517         else
 518         {
 519           if (Desktop.getInstance() != null)
 520           {
 521             Desktop.getInstance().stopLoading();
 522           }
 523
 524           final String errorMessage = MessageManager.getString(
 525                   "label.couldnt_load_file") + " " + title + "\n" + error;
 526           // TODO: refactor FileLoader to be independent of Desktop / Applet GUI
 527           // bits ?
 528           if (raiseGUI && Desktop.getDesktopPane() != null)
 529           {
 530             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 531             {
 532               @Override
 533               public void run()
 534               {
 535                 JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
 536                         errorMessage,
 537                         MessageManager
 538                                 .getString("label.error_loading_file"),
 539                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 540               }
 541             });
 542           }
 543           else
 544           {
 545             System.err.println(errorMessage);
 546           }
 547         }
 548       }
 549
 550       updateRecentlyOpened();
 551
 552     } catch (Exception er)
 553     {
 554       System.err.println("Exception whilst opening file '" + file);
 555       er.printStackTrace();
 556       if (raiseGUI)
 557       {
 558         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 559         {
 560           @Override
 561           public void run()
 562           {
 563             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
 564                     MessageManager.formatMessage(
 565                             "label.problems_opening_file", new String[]
 566                             { file }),
 567                     MessageManager.getString("label.file_open_error"),
 568                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 569           }
 570         });
 571       }
 572       alignFrame = null;
 573     } catch (OutOfMemoryError er)
 574     {
 575
 576       er.printStackTrace();
 577       alignFrame = null;
 578       if (raiseGUI)
 579       {
 580         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 581         {
 582           @Override
 583           public void run()
 584           {
 585             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
 586                     MessageManager.formatMessage(
 587                             "warn.out_of_memory_loading_file", new String[]
 588                             { file }),
 589                     MessageManager.getString("label.out_of_memory"),
 590                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 591           }
 592         });
 593       }
 594       System.err.println("Out of memory loading file " + file + "!!");
 595
 596     }
 597     loadtime += System.currentTimeMillis();
 598     // TODO: Estimate percentage of memory used by a newly loaded alignment -
 599     // warn if more memory will be needed to work with it
 600     // System.gc();
 601     memused = memused
 602             - (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // difference
 603     // in free
 604     // memory
 605     // after
 606     // load
 607     if (Desktop.getDesktopPane() != null && Desktop.getDesktopPane().isShowMemoryUsage())
 608     {
 609       if (alignFrame != null)
 610       {
 611         AlignmentI al = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 612
 613         System.out.println("Loaded '" + title + "' in "
 614                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 615                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0)) + " MB ("
 616                 + al.getHeight() + " seqs by " + al.getWidth() + " cols)");
 617       }
 618       else
 619       {
 620         // report that we didn't load anything probably due to an out of memory
 621         // error
 622         System.out.println("Failed to load '" + title + "' in "
 623                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 624                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0))
 625                 + " MB (alignment is null)");
 626       }
 627     }
 628     // remove the visual delay indicator
 629     if (Desktop.getInstance() != null)
 630     {
 631       Desktop.getInstance().stopLoading();
 632     }
 633
 634   }
 635
 636   /**
 637    * This method creates the file -
 638    * {tmpdir}/jalview/{current_timestamp}/fileName.exetnsion using the supplied
 639    * file name and extension
 640    *
 641    * @param fileName
 642    *          the name of the temp file to be created
 643    * @param extension
 644    *          the extension of the temp file to be created
 645    * @return
 646    */
 647   private static String createNamedJvTempFile(String fileName,
 648           String extension) throws IOException
 649   {
 650     String seprator = System.getProperty("file.separator");
 651     String jvTempDir = System.getProperty("java.io.tmpdir") + "jalview"
 652             + seprator + System.currentTimeMillis();
 653     File tempStructFile = new File(
 654             jvTempDir + seprator + fileName + "." + extension);
 655     tempStructFile.mkdirs();
 656     return tempStructFile.toString();
 657   }
 658
 659   /**
 660    *
 661    * @param file a File, or a String which is a name of a file
 662    * @return
 663    * @throws FileNotFoundException
 664    */
 665   public static BufferedReader getBufferedReader(Object file) throws FileNotFoundException {
 666     if (file instanceof String)
 667     {
 668       return new BufferedReader(new FileReader((String) file));
 669     }
 670     byte[] bytes = Platform.getFileBytes((File) file);
 671     if (bytes != null)
 672     {
 673       return new BufferedReader(new InputStreamReader(new ByteArrayInputStream(bytes)));
 674     }
 675     return  new BufferedReader(new FileReader((File) file));
 676   }
 677
 678 }