src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19
  20 package jalview.io;
  21
  22 import jalview.gui.AlignFrame;
  23 import jalview.gui.Jalview2XML;
  24 import javax.swing.JOptionPane;
  25
  26 import jalview.gui.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import java.util.Vector;
  29 import java.util.StringTokenizer;
  30
  31 public class FileLoader
  32 {
  33   String file;
  34   String protocol;
  35   String format;
  36   AlignViewport viewport;
  37
  38   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file, String protocol, String format)
  39   {
  40     this.viewport = viewport;
  41     LoadFile(file, protocol, format);
  42   }
  43
  44   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
  45   {
  46     this.file = file;
  47     this.protocol = protocol;
  48     this.format = format;
  49
  50     LoadingThread loader = new LoadingThread();
  51     loader.start();
  52   }
  53
  54   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,
  55                                                   String format)
  56   {
  57     this.file = file;
  58     this.protocol = protocol;
  59     this.format = format;
  60
  61     LoadingThread loader = new LoadingThread();
  62     loader.start();
  63     while (loader.isAlive())
  64     {
  65       try
  66       {
  67         Thread.sleep(500);
  68       }
  69       catch (Exception ex)
  70       {}
  71     }
  72
  73     return loader.af;
  74   }
  75
  76
  77
  78   public void updateRecentlyOpened()
  79   {
  80     Vector recent = new Vector();
  81
  82     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE)
  83         ? "RECENT_FILE" : "RECENT_URL";
  84
  85     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);
  86
  87     StringTokenizer st;
  88
  89     if (historyItems != null)
  90     {
  91       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
  92
  93       while (st.hasMoreTokens())
  94       {
  95         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());
  96       }
  97     }
  98
  99     if (recent.contains(file))
 100     {
 101       recent.remove(file);
 102     }
 103
 104     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 105     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 106     {
 107       newHistory.append("\t");
 108       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 109     }
 110
 111     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 112
 113     if(type.equals(FormatAdapter.FILE))
 114       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 115   }
 116
 117
 118   class LoadingThread
 119       extends Thread
 120   {
 121
 122     AlignFrame af;
 123
 124
 125
 126     public void run()
 127     {
 128       if (Desktop.instance != null)
 129         Desktop.instance.startLoading(file);
 130
 131       SequenceI[] sequences = null;
 132
 133       if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))
 134       {
 135         af = new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(file);
 136       }
 137       else
 138       {
 139         String error = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;
 140
 141         if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 142         {
 143           try
 144           {
 145             sequences = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 146           }
 147           catch (java.io.IOException ex)
 148           {
 149             error = ex.getMessage();
 150           }
 151         }
 152
 153         if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))
 154         {
 155           if(viewport!=null)
 156           {
 157             for(int i=0; i<sequences.length; i++)
 158               viewport.getAlignment().addSequence(sequences[i]);
 159
 160               viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());
 161           }
 162           else
 163           {
 164             af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));
 165             af.currentFileFormat = format;
 166             af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);
 167
 168             Desktop.addInternalFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,
 169                                      AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);
 170
 171             try
 172             {
 173               af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 174             }
 175             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 176             {
 177             }
 178           }
 179         }
 180         else
 181         {
 182           if (Desktop.instance != null)
 183             Desktop.instance.stopLoading();
 184
 185           final String errorMessage = "Couldn't load file "+file+"\n"+error;
 186
 187           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 188           {
 189             public void run()
 190             {
 191               JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 192                                                     errorMessage,
 193                                                     "Error loading file",
 194                                                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 195             }
 196           });
 197         }
 198       }
 199
 200       if (af != null)
 201       {
 202         updateRecentlyOpened();
 203       }
 204
 205       if (Desktop.instance != null)
 206         Desktop.instance.stopLoading();
 207
 208     }
 209   }
 210
 211 }