Show hide cols and rows
[jalview.git] / src / jalview / io / FileParse.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.io;\r
20 \r
21 import java.io.*;\r
22 import java.net.*;\r
23 \r
24 public class FileParse\r
25 {\r
26   public File inFile;\r
27   protected String type;\r
28   protected BufferedReader dataIn;\r
29 \r
30   public FileParse()\r
31   {\r
32   }\r
33 \r
34   public FileParse(String fileStr, String type)\r
35       throws MalformedURLException, IOException\r
36   {\r
37     this.type = type;\r
38 \r
39     if (type.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
40     {\r
41       this.inFile = new File(fileStr);\r
42       dataIn = new BufferedReader(new FileReader(fileStr));\r
43     }\r
44     else if (type.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
45     {\r
46       URL url = new URL(fileStr);\r
47       dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
48     }\r
49    else if (type.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
50     {\r
51       dataIn = new BufferedReader(new StringReader(fileStr));\r
52     }\r
53     else if (type.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
54     {\r
55       java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + fileStr);\r
56       if (is != null)\r
57       {\r
58         dataIn = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
59       }\r
60     }\r
61   }\r
62 \r
63   public String nextLine()\r
64       throws IOException\r
65   {\r
66     return dataIn.readLine();\r
67   }\r
68 }\r