src/jalview/io/FileParse.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.BufferedInputStream;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.ByteArrayInputStream;
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.FileInputStream;
  28 import java.io.FileNotFoundException;
  29 import java.io.FileReader;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.io.InputStream;
  32 import java.io.InputStreamReader;
  33 import java.io.Reader;
  34 import java.io.StringReader;
  35 import java.net.HttpURLConnection;
  36 import java.net.MalformedURLException;
  37 import java.net.SocketTimeoutException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.net.URLConnection;
  40 import java.net.UnknownHostException;
  41 import java.util.zip.GZIPInputStream;
  42
  43 import jalview.api.AlignExportSettingsI;
  44 import jalview.api.AlignViewportI;
  45 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  46 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  47 import jalview.bin.Console;
  48 import jalview.util.HttpUtils;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.util.Platform;
  51
  52 /**
  53  * implements a random access wrapper around a particular datasource, for
  54  * passing to identifyFile and AlignFile objects.
  55  */
  56 public class FileParse
  57 {
  58   protected static final String SPACE = " ";
  59
  60   protected static final String TAB = "\t";
  61
  62   /**
  63    * text specifying source of data. usually filename or url.
  64    */
  65   private String dataName = "unknown source";
  66
  67   public File inFile = null;
  68
  69   private byte[] bytes; // from JavaScript
  70
  71   public byte[] getBytes()
  72   {
  73     return bytes;
  74   }
  75
  76   /**
  77    * a viewport associated with the current file operation. May be null. May
  78    * move to different object.
  79    */
  80   private AlignViewportI viewport;
  81
  82   /**
  83    * specific settings for exporting data from the current context
  84    */
  85   private AlignExportSettingsI exportSettings;
  86
  87   /**
  88    * sequence counter for FileParse object created from same data source
  89    */
  90   public int index = 1;
  91
  92   /**
  93    * separator for extracting specific 'frame' of a datasource for formats that
  94    * support multiple records (e.g. BLC, Stockholm, etc)
  95    */
  96   protected char suffixSeparator = '#';
  97
  98   /**
  99    * character used to write newlines
 100    */
 101   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
 102
 103   public void setNewlineString(String nl)
 104   {
 105     newline = nl;
 106   }
 107
 108   public String getNewlineString()
 109   {
 110     return newline;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * '#' separated string tagged on to end of filename or url that was clipped
 115    * off to resolve to valid filename
 116    */
 117   protected String suffix = null;
 118
 119   protected DataSourceType dataSourceType = null;
 120
 121   protected BufferedReader dataIn = null;
 122
 123   protected String errormessage = "UNINITIALISED SOURCE";
 124
 125   protected boolean error = true;
 126
 127   protected String warningMessage = null;
 128
 129   /**
 130    * size of readahead buffer used for when initial stream position is marked.
 131    */
 132   final int READAHEAD_LIMIT = 2048;
 133
 134   public FileParse()
 135   {
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Create a new FileParse instance reading from the same datasource starting
 140    * at the current position. WARNING! Subsequent reads from either object will
 141    * affect the read position of the other, but not the error state.
 142    *
 143    * @param from
 144    */
 145   public FileParse(FileParse from) throws IOException
 146   {
 147     if (from == null)
 148     {
 149       throw new Error(MessageManager
 150               .getString("error.implementation_error_null_fileparse"));
 151     }
 152     if (from == this)
 153     {
 154       return;
 155     }
 156     index = ++from.index;
 157     inFile = from.inFile;
 158     suffixSeparator = from.suffixSeparator;
 159     suffix = from.suffix;
 160     errormessage = from.errormessage; // inherit potential error messages
 161     error = false; // reset any error condition.
 162     dataSourceType = from.dataSourceType;
 163     dataIn = from.dataIn;
 164     if (dataIn != null)
 165     {
 166       mark();
 167     }
 168     dataName = from.dataName;
 169   }
 170
 171   /**
 172    * Attempt to open a file as a datasource. Sets error and errormessage if
 173    * fileStr was invalid.
 174    *
 175    * @param fileStr
 176    * @return this.error (true if the source was invalid)
 177    */
 178   private boolean checkFileSource(String fileStr) throws IOException
 179   {
 180     error = false;
 181     this.inFile = new File(fileStr);
 182     // check to see if it's a Jar file in disguise.
 183     if (!inFile.exists())
 184     {
 185       errormessage = "FILE NOT FOUND";
 186       error = true;
 187     }
 188     if (!inFile.canRead())
 189     {
 190       errormessage = "FILE CANNOT BE OPENED FOR READING";
 191       error = true;
 192     }
 193     if (inFile.isDirectory())
 194     {
 195       // this is really a 'complex' filetype - but we don't handle directory
 196       // reads yet.
 197       errormessage = "FILE IS A DIRECTORY";
 198       error = true;
 199     }
 200     if (!error)
 201     {
 202       try
 203       {
 204         dataIn = checkForGzipStream(new FileInputStream(fileStr));
 205         dataName = fileStr;
 206       } catch (Exception x)
 207       {
 208         warningMessage = "Failed to resolve " + fileStr
 209                 + " as a data source. (" + x.getMessage() + ")";
 210         // x.printStackTrace();
 211         error = true;
 212       }
 213       ;
 214     }
 215     return error;
 216   }
 217
 218   /**
 219    * Recognise the 2-byte magic header for gzip streams
 220    *
 221    * https://recalll.co/ask/v/topic/java-How-to-check-if-InputStream-is-Gzipped/555aadd62bd27354438b90f6
 222    *
 223    * @param bytes
 224    *          - at least two bytes
 225    * @return
 226    * @throws IOException
 227    */
 228   public static boolean isGzipStream(InputStream input) throws IOException
 229   {
 230     if (!input.markSupported())
 231     {
 232       Console.error(
 233               "FileParse.izGzipStream: input stream must support mark/reset");
 234       return false;
 235     }
 236     input.mark(4);
 237
 238     // get first 2 bytes or return false
 239     byte[] bytes = new byte[2];
 240     int read = input.read(bytes);
 241     input.reset();
 242     if (read != bytes.length)
 243     {
 244       return false;
 245     }
 246
 247     int header = (bytes[0] & 0xff) | ((bytes[1] << 8) & 0xff00);
 248     return (GZIPInputStream.GZIP_MAGIC == header);
 249   }
 250
 251   /**
 252    * Returns a Reader for the given input after wrapping it in a buffered input
 253    * stream, and then checking if it needs to be wrapped by a GZipInputStream
 254    *
 255    * @param input
 256    * @return
 257    */
 258   private BufferedReader checkForGzipStream(InputStream input)
 259           throws Exception
 260   {
 261     // NB: stackoverflow
 262     // https://stackoverflow.com/questions/4818468/how-to-check-if-inputstream-is-gzipped
 263     // could use a PushBackInputStream rather than a BufferedInputStream
 264     if (!input.markSupported())
 265     {
 266       input = new BufferedInputStream(input, 16);
 267     }
 268     if (isGzipStream(input))
 269     {
 270       return getGzipReader(input);
 271     }
 272     // return a buffered reader for the stream.
 273     InputStreamReader isReader = new InputStreamReader(input);
 274     BufferedReader toReadFrom = new BufferedReader(isReader);
 275     return toReadFrom;
 276   }
 277
 278   /**
 279    * Returns a {@code BufferedReader} which wraps the input stream with a
 280    * GZIPInputStream. Throws a {@code ZipException} if a GZIP format error
 281    * occurs or the compression method used is unsupported.
 282    *
 283    * @param inputStream
 284    * @return
 285    * @throws Exception
 286    */
 287   private BufferedReader getGzipReader(InputStream inputStream)
 288           throws Exception
 289   {
 290     BufferedReader inData = new BufferedReader(
 291             new InputStreamReader(new GZIPInputStream(inputStream)));
 292     inData.mark(2048);
 293     inData.read();
 294     inData.reset();
 295     return inData;
 296   }
 297
 298   /**
 299    * Tries to read from the given URL. If successful, saves a reader to the
 300    * response in field {@code dataIn}, otherwise (on exception, or HTTP response
 301    * status not 200), throws an exception.
 302    * <p>
 303    * If the response status includes
 304    *
 305    * <pre>
 306    * Content-Type : application/x-gzip
 307    * </pre>
 308    *
 309    * then tries to read as gzipped content.
 310    *
 311    * @param urlStr
 312    * @throws IOException
 313    * @throws MalformedURLException
 314    */
 315   private void checkURLSource(String urlStr)
 316           throws IOException, MalformedURLException
 317   {
 318     errormessage = "URL NOT FOUND";
 319     URL url = new URL(urlStr);
 320     URLConnection _conn = HttpUtils.openConnection(url);
 321     if (_conn instanceof HttpURLConnection)
 322     {
 323       HttpURLConnection conn = HttpUtils
 324               .followConnection((HttpURLConnection) _conn);
 325       int rc = conn.getResponseCode();
 326       if (rc != HttpURLConnection.HTTP_OK)
 327       {
 328         throw new FileNotFoundException("Response status from " + urlStr
 329                 + " was " + conn.getResponseCode());
 330       }
 331       _conn = conn;
 332     }
 333     else
 334     {
 335       try
 336       {
 337         dataIn = checkForGzipStream(_conn.getInputStream());
 338         dataName = urlStr;
 339       } catch (IOException ex)
 340       {
 341         throw new IOException("Failed to handle non-HTTP URI stream", ex);
 342       } catch (Exception ex)
 343       {
 344         throw new IOException(
 345                 "Failed to determine type of input stream for given URI",
 346                 ex);
 347       }
 348       return;
 349     }
 350     String encoding = _conn.getContentEncoding();
 351     String contentType = _conn.getContentType();
 352     boolean isgzipped = "application/x-gzip".equalsIgnoreCase(contentType)
 353             || contentType.endsWith("gzip") || "gzip".equals(encoding);
 354     Exception e = null;
 355     InputStream inputStream = _conn.getInputStream();
 356     if (isgzipped)
 357     {
 358       try
 359       {
 360         dataIn = getGzipReader(inputStream);
 361         dataName = urlStr;
 362       } catch (Exception e1)
 363       {
 364         throw new IOException(MessageManager
 365                 .getString("exception.failed_to_resolve_gzip_stream"), e);
 366       }
 367       return;
 368     }
 369
 370     dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(inputStream));
 371     dataName = urlStr;
 372     return;
 373   }
 374
 375   /**
 376    * sets the suffix string (if any) and returns remainder (if suffix was
 377    * detected)
 378    *
 379    * @param fileStr
 380    * @return truncated fileStr or null
 381    */
 382   private String extractSuffix(String fileStr)
 383   {
 384     // first check that there wasn't a suffix string tagged on.
 385     int sfpos = fileStr.lastIndexOf(suffixSeparator);
 386     if (sfpos > -1 && sfpos < fileStr.length() - 1)
 387     {
 388       suffix = fileStr.substring(sfpos + 1);
 389       // jalview.bin.Console.errPrintln("DEBUG: Found Suffix:"+suffix);
 390       return fileStr.substring(0, sfpos);
 391     }
 392     return null;
 393   }
 394
 395   /**
 396    * not for general use, creates a fileParse object for an existing reader with
 397    * configurable values for the origin and the type of the source
 398    */
 399   public FileParse(BufferedReader source, String originString,
 400           DataSourceType sourceType)
 401   {
 402     dataSourceType = sourceType;
 403     error = false;
 404     inFile = null;
 405     dataName = originString;
 406     dataIn = source;
 407     try
 408     {
 409       if (dataIn.markSupported())
 410       {
 411         dataIn.mark(READAHEAD_LIMIT);
 412       }
 413     } catch (IOException q)
 414     {
 415
 416     }
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Create a datasource for input to Jalview. See AppletFormatAdapter for the
 421    * types of sources that are handled.
 422    *
 423    * @param file
 424    *          - datasource locator/content as File or String
 425    * @param sourceType
 426    *          - protocol of source
 427    * @throws MalformedURLException
 428    * @throws IOException
 429    */
 430   public FileParse(Object file, DataSourceType sourceType)
 431           throws MalformedURLException, FileNotFoundException, IOException
 432   {
 433     if (file instanceof File)
 434     {
 435       parse((File) file, ((File) file).getPath(), sourceType, true);
 436     }
 437     else
 438     {
 439       parse(null, file.toString(), sourceType, false);
 440     }
 441   }
 442
 443   private void parse(File file, String fileStr, DataSourceType sourceType,
 444           boolean isFileObject) throws FileNotFoundException, IOException
 445   {
 446     bytes = Platform.getFileBytes(file);
 447     dataSourceType = sourceType;
 448     error = false;
 449     boolean filenotfound = false;
 450
 451     if (sourceType == DataSourceType.FILE)
 452     {
 453
 454       if (bytes != null)
 455       {
 456         // this will be from JavaScript
 457         inFile = file;
 458         dataIn = new BufferedReader(
 459                 new InputStreamReader(new ByteArrayInputStream(bytes)));
 460         dataName = fileStr;
 461       }
 462       else if (checkFileSource(fileStr))
 463       {
 464         String suffixLess = extractSuffix(fileStr);
 465         if (suffixLess != null)
 466         {
 467           if (checkFileSource(suffixLess))
 468           {
 469             throw new IOException(MessageManager.formatMessage(
 470                     "exception.problem_opening_file_also_tried",
 471                     new String[]
 472                     { inFile.getName(), suffixLess, errormessage }));
 473           }
 474         }
 475         else
 476         {
 477           throw new IOException(MessageManager.formatMessage(
 478                   "exception.problem_opening_file", new String[]
 479                   { inFile.getName(), errormessage }));
 480         }
 481       }
 482     }
 483     else if (sourceType == DataSourceType.RELATIVE_URL)
 484     {
 485       // BH 2018 hack for no support for access-origin
 486       bytes = Platform.getFileAsBytes(fileStr);
 487       dataIn = new BufferedReader(
 488               new InputStreamReader(new ByteArrayInputStream(bytes)));
 489       dataName = fileStr;
 490
 491     }
 492     else if (sourceType == DataSourceType.URL)
 493     {
 494       try
 495       {
 496         try
 497         {
 498           checkURLSource(fileStr);
 499           if (suffixSeparator == '#')
 500           {
 501             extractSuffix(fileStr); // URL lref is stored for later reference.
 502           }
 503         } catch (IOException e)
 504         {
 505           String suffixLess = extractSuffix(fileStr);
 506           if (suffixLess == null)
 507           {
 508             if (e instanceof FileNotFoundException
 509                     || e instanceof UnknownHostException
 510                     || e instanceof SocketTimeoutException)
 511             {
 512               errormessage = "File at URL '" + fileStr + "' not found";
 513               filenotfound = true;
 514             }
 515             throw (e);
 516           }
 517           else
 518           {
 519             try
 520             {
 521               checkURLSource(suffixLess);
 522             } catch (IOException e2)
 523             {
 524               errormessage = "BAD URL WITH OR WITHOUT SUFFIX '" + fileStr
 525                       + "'";
 526               if (e instanceof FileNotFoundException
 527                       || e instanceof UnknownHostException
 528                       || e instanceof SocketTimeoutException)
 529               {
 530                 filenotfound = true;
 531               }
 532               throw (e); // just pass back original - everything was wrong.
 533             }
 534           }
 535         }
 536       } catch (Exception e)
 537       {
 538         errormessage = "CANNOT ACCESS DATA AT URL '" + fileStr + "' ("
 539                 + e.getMessage() + ")";
 540         error = true;
 541       }
 542     }
 543     else if (sourceType == DataSourceType.PASTE)
 544     {
 545       errormessage = "PASTE INACCESSIBLE!";
 546       dataIn = new BufferedReader(new StringReader(fileStr));
 547       dataName = "Paste";
 548     }
 549     else if (sourceType == DataSourceType.CLASSLOADER)
 550     {
 551       errormessage = "RESOURCE CANNOT BE LOCATED";
 552       InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + fileStr);
 553       if (is == null)
 554       {
 555         String suffixLess = extractSuffix(fileStr);
 556         if (suffixLess != null)
 557         {
 558           is = getClass().getResourceAsStream("/" + suffixLess);
 559         }
 560       }
 561       if (is != null)
 562       {
 563         dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(is));
 564         dataName = fileStr;
 565       }
 566       else
 567       {
 568         error = true;
 569       }
 570     }
 571     else
 572     {
 573       errormessage = "PROBABLE IMPLEMENTATION ERROR : Datasource Type given as '"
 574               + (sourceType != null ? sourceType : "null") + "'";
 575       error = true;
 576     }
 577     if (dataIn == null || error)
 578     {
 579       // pass up the reason why we have no source to read from
 580       if (filenotfound)
 581       {
 582         throw new FileNotFoundException(MessageManager
 583                 .formatMessage("label.url_not_found", new String[]
 584                 { errormessage }));
 585       }
 586       throw new IOException(MessageManager.formatMessage(
 587               "exception.failed_to_read_data_from_source", new String[]
 588               { errormessage }));
 589     }
 590     error = false;
 591     dataIn.mark(READAHEAD_LIMIT);
 592   }
 593
 594   /**
 595    * mark the current position in the source as start for the purposes of it
 596    * being analysed by IdentifyFile().identify
 597    *
 598    * @throws IOException
 599    */
 600   public void mark() throws IOException
 601   {
 602     if (dataIn != null)
 603     {
 604       dataIn.mark(READAHEAD_LIMIT);
 605     }
 606     else
 607     {
 608       throw new IOException(
 609               MessageManager.getString("exception.no_init_source_stream"));
 610     }
 611   }
 612
 613   public String nextLine() throws IOException
 614   {
 615     if (!error)
 616     {
 617       return dataIn.readLine();
 618     }
 619     throw new IOException(MessageManager
 620             .formatMessage("exception.invalid_source_stream", new String[]
 621             { errormessage }));
 622   }
 623
 624   /**
 625    *
 626    * @return true if this FileParse is configured for Export only
 627    */
 628   public boolean isExporting()
 629   {
 630     return !error && dataIn == null;
 631   }
 632
 633   /**
 634    *
 635    * @return true if the data source is valid
 636    */
 637   public boolean isValid()
 638   {
 639     return !error;
 640   }
 641
 642   /**
 643    * closes the datasource and tidies up. source will be left in an error state
 644    */
 645   public void close() throws IOException
 646   {
 647     errormessage = "EXCEPTION ON CLOSE";
 648     error = true;
 649     dataIn.close();
 650     dataIn = null;
 651     errormessage = "SOURCE IS CLOSED";
 652   }
 653
 654   /**
 655    * Rewinds the datasource to the marked point if possible
 656    *
 657    * @param bytesRead
 658    *
 659    */
 660   public void reset(int bytesRead) throws IOException
 661   {
 662     if (bytesRead >= READAHEAD_LIMIT)
 663     {
 664       jalview.bin.Console.errPrintln(String.format(
 665               "File reset error: read %d bytes but reset limit is %d",
 666               bytesRead, READAHEAD_LIMIT));
 667     }
 668     if (dataIn != null && !error)
 669     {
 670       dataIn.reset();
 671     }
 672     else
 673     {
 674       throw new IOException(MessageManager.getString(
 675               "error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source"));
 676     }
 677   }
 678
 679   /**
 680    *
 681    * @return true if there is a warning for the user
 682    */
 683   public boolean hasWarningMessage()
 684   {
 685     return (warningMessage != null && warningMessage.length() > 0);
 686   }
 687
 688   /**
 689    *
 690    * @return empty string or warning message about file that was just parsed.
 691    */
 692   public String getWarningMessage()
 693   {
 694     return warningMessage;
 695   }
 696
 697   public String getInFile()
 698   {
 699     if (inFile != null)
 700     {
 701       return inFile.getAbsolutePath() + " (" + index + ")";
 702     }
 703     else
 704     {
 705       return "From Paste + (" + index + ")";
 706     }
 707   }
 708
 709   /**
 710    * @return the dataName
 711    */
 712   public String getDataName()
 713   {
 714     return dataName;
 715   }
 716
 717   /**
 718    * set the (human readable) name or URI for this datasource
 719    *
 720    * @param dataname
 721    */
 722   protected void setDataName(String dataname)
 723   {
 724     dataName = dataname;
 725   }
 726
 727   /**
 728    * get the underlying bufferedReader for this data source.
 729    *
 730    * @return null if no reader available
 731    * @throws IOException
 732    */
 733   public Reader getReader()
 734   {
 735     if (dataIn != null) // Probably don't need to test for readiness &&
 736                         // dataIn.ready())
 737     {
 738       return dataIn;
 739     }
 740     return null;
 741   }
 742
 743   public AlignViewportI getViewport()
 744   {
 745     return viewport;
 746   }
 747
 748   public void setViewport(AlignViewportI viewport)
 749   {
 750     this.viewport = viewport;
 751   }
 752
 753   /**
 754    * @return the currently configured exportSettings for writing data.
 755    */
 756   public AlignExportSettingsI getExportSettings()
 757   {
 758     return exportSettings;
 759   }
 760
 761   /**
 762    * Set configuration for export of data.
 763    *
 764    * @param exportSettings
 765    *          the exportSettings to set
 766    */
 767   public void setExportSettings(AlignExportSettingsI exportSettings)
 768   {
 769     this.exportSettings = exportSettings;
 770   }
 771
 772   /**
 773    * method overridden by complex file exporter/importers which support
 774    * exporting visualisation and layout settings for a view
 775    *
 776    * @param avpanel
 777    */
 778   public void configureForView(AlignmentViewPanel avpanel)
 779   {
 780     if (avpanel != null)
 781     {
 782       setViewport(avpanel.getAlignViewport());
 783     }
 784     // could also set export/import settings
 785   }
 786
 787   /**
 788    * Returns the preferred feature colour configuration if there is one, else
 789    * null
 790    *
 791    * @return
 792    */
 793   public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme()
 794   {
 795     return null;
 796   }
 797
 798   public DataSourceType getDataSourceType()
 799   {
 800     return dataSourceType;
 801   }
 802
 803   /**
 804    * Returns a buffered reader for the input object. Returns null, or throws
 805    * IOException, on failure.
 806    *
 807    * @param file
 808    *          a File, or a String which is a name of a file
 809    * @param sourceType
 810    * @return
 811    * @throws IOException
 812    */
 813   public BufferedReader getBufferedReader(Object file,
 814           DataSourceType sourceType) throws IOException
 815   {
 816     BufferedReader in = null;
 817     byte[] bytes;
 818
 819     switch (sourceType)
 820     {
 821     case FILE:
 822       if (file instanceof String)
 823       {
 824         return new BufferedReader(new FileReader((String) file));
 825       }
 826       bytes = Platform.getFileBytes((File) file);
 827       if (bytes != null)
 828       {
 829         return new BufferedReader(
 830                 new InputStreamReader(new ByteArrayInputStream(bytes)));
 831       }
 832       return new BufferedReader(new FileReader((File) file));
 833     case URL:
 834       URL url = new URL(file.toString());
 835       in = new BufferedReader(
 836               new InputStreamReader(HttpUtils.openStream(url)));
 837       break;
 838     case RELATIVE_URL: // JalviewJS only
 839       bytes = Platform.getFileAsBytes(file.toString());
 840       if (bytes != null)
 841       {
 842         in = new BufferedReader(
 843                 new InputStreamReader(new ByteArrayInputStream(bytes)));
 844       }
 845       break;
 846     case PASTE:
 847       in = new BufferedReader(new StringReader(file.toString()));
 848       break;
 849     case CLASSLOADER:
 850       InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
 851       if (is != null)
 852       {
 853         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(is));
 854       }
 855       break;
 856     }
 857
 858     return in;
 859   }
 860 }