Takes string[] instead of seq[]
[jalview.git] / src / jalview / io / FormatAdapter.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package jalview.io;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import java.util.Vector;\r
24 \r
25 \r
26 /**\r
27  * DOCUMENT ME!\r
28  *\r
29  * @author $author$\r
30  * @version $Revision$\r
31  */\r
32 public class FormatAdapter extends AppletFormatAdapter\r
33 {\r
34     /**\r
35      * DOCUMENT ME!\r
36      *\r
37      * @param format DOCUMENT ME!\r
38      * @param seqs DOCUMENT ME!\r
39      *\r
40      * @return DOCUMENT ME!\r
41      */\r
42     public String formatSequences(String format, Vector seqs)\r
43     {\r
44         SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
45 \r
46         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
47             s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
48 \r
49         try\r
50         {\r
51             AlignFile afile = null;\r
52 \r
53             if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
54             {\r
55                 afile = new FastaFile();\r
56                 afile.addJVSuffix(\r
57                     jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));\r
58             }\r
59             else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
60             {\r
61               afile = new MSFfile();\r
62               afile.addJVSuffix(\r
63                   jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));\r
64             }\r
65             else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
66             {\r
67                 afile = new PileUpfile();\r
68                 afile.addJVSuffix(\r
69                     jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));\r
70             }\r
71             else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
72             {\r
73                 afile = new ClustalFile();\r
74                 afile.addJVSuffix(\r
75                     jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));\r
76             }\r
77             else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
78             {\r
79                 afile = new BLCFile();\r
80                 afile.addJVSuffix(\r
81                     jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));\r
82             }\r
83             else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
84             {\r
85                 afile = new PIRFile();\r
86                 afile.addJVSuffix(\r
87                     jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));\r
88             }\r
89             else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
90             {\r
91                 afile = new PfamFile();\r
92                 afile.addJVSuffix(\r
93                     jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));\r
94             }\r
95 \r
96             afile.setSeqs(s);\r
97 \r
98             return afile.print();\r
99         }\r
100         catch (Exception e)\r
101         {\r
102             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
103                 "' file\n");\r
104             e.printStackTrace();\r
105         }\r
106 \r
107         return null;\r
108     }\r
109 }\r