src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * DOCUMENT ME!\r
  26  *\r
  27  * @author $author$\r
  28  * @version $Revision$\r
  29  */\r
  30 public class FormatAdapter extends AppletFormatAdapter\r
  31 {\r
  32 \r
  33     public String formatSequences(String format,\r
  34                                   SequenceI [] seqs,\r
  35                                   String [] omitHiddenColumns)\r
  36     {\r
  37       if(omitHiddenColumns!=null)\r
  38       {\r
  39         SequenceI [] tmp = new SequenceI[seqs.length];\r
  40         for(int i=0; i<seqs.length; i++)\r
  41           tmp [i] = new Sequence(\r
  42               seqs[i].getName(), omitHiddenColumns[i],\r
  43               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
  44 \r
  45         seqs = tmp;\r
  46       }\r
  47 \r
  48       return formatSequences(format, seqs);\r
  49     }\r
  50 \r
  51 \r
  52     /**\r
  53      * DOCUMENT ME!\r
  54      *\r
  55      * @param format DOCUMENT ME!\r
  56      * @param seqs DOCUMENT ME!\r
  57      *\r
  58      * @return DOCUMENT ME!\r
  59      */\r
  60     public String formatSequences(String format,\r
  61                                   SequenceI [] seqs)\r
  62     {\r
  63 \r
  64         try\r
  65         {\r
  66             AlignFile afile = null;\r
  67 \r
  68             if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
  69             {\r
  70                 afile = new FastaFile();\r
  71                 afile.addJVSuffix(\r
  72                     jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));\r
  73             }\r
  74             else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
  75             {\r
  76               afile = new MSFfile();\r
  77               afile.addJVSuffix(\r
  78                   jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));\r
  79             }\r
  80             else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
  81             {\r
  82                 afile = new PileUpfile();\r
  83                 afile.addJVSuffix(\r
  84                     jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));\r
  85             }\r
  86             else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
  87             {\r
  88                 afile = new ClustalFile();\r
  89                 afile.addJVSuffix(\r
  90                     jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));\r
  91             }\r
  92             else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
  93             {\r
  94                 afile = new BLCFile();\r
  95                 afile.addJVSuffix(\r
  96                     jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));\r
  97             }\r
  98             else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
  99             {\r
 100                 afile = new PIRFile();\r
 101                 afile.addJVSuffix(\r
 102                     jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));\r
 103             }\r
 104             else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 105             {\r
 106                 afile = new PfamFile();\r
 107                 afile.addJVSuffix(\r
 108                     jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));\r
 109             }\r
 110 \r
 111             afile.setSeqs(seqs);\r
 112 \r
 113             return afile.print();\r
 114         }\r
 115         catch (Exception e)\r
 116         {\r
 117             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 118                 "' file\n");\r
 119             e.printStackTrace();\r
 120         }\r
 121 \r
 122         return null;\r
 123     }\r
 124 }\r