src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.Vector;\r
   5 public class FormatAdapter\r
   6 {\r
   7 \r
   8   public static Vector formats = new Vector();\r
   9   static{\r
  10     formats.addElement("FASTA");\r
  11     formats.addElement("MSF");\r
  12     formats.addElement("PileUp");\r
  13     formats.addElement("CLUSTAL");\r
  14     formats.addElement("BLC");\r
  15     formats.addElement("PIR");\r
  16     formats.addElement("PFAM");\r
  17   }\r
  18 \r
  19   public static SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  20   {\r
  21 \r
  22     try\r
  23     {\r
  24       AlignFile afile = null;\r
  25       if (format.equals("FASTA"))\r
  26         afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  27       else if (format.equals("MSF"))\r
  28         afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  29       else if (format.equals("PileUp"))\r
  30               afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  31       else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  32         afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  33       else if (format.equals("BLC"))\r
  34         afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  35       else if (format.equals("PIR"))\r
  36         afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  37       else if (format.equals("PFAM"))\r
  38         afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  39 \r
  40       return afile.getSeqsAsArray();\r
  41     }\r
  42     catch (Exception e)  {\r
  43     System.err.println("Failed to read alignment using the '"+format+"' reader.");\r
  44     e.printStackTrace();\r
  45     }\r
  46 \r
  47     return null;\r
  48   }\r
  49 \r
  50 \r
  51   public static String formatSequences(String format, Vector seqs)\r
  52   {\r
  53     SequenceI [] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  54 \r
  55     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
  56       s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
  57 \r
  58     try\r
  59     {\r
  60       AlignFile afile = null;\r
  61       if (format.equals("FASTA"))\r
  62         afile = new FastaFile();\r
  63       else if (format.equals("MSF"))\r
  64         afile = new MSFfile();\r
  65       else if (format.equals("PileUp"))\r
  66         afile = new PileUpfile();\r
  67       else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  68         afile = new ClustalFile();\r
  69       else if (format.equals("BLC"))\r
  70         afile = new BLCFile();\r
  71       else if (format.equals("PIR"))\r
  72         afile = new PIRFile();\r
  73       else if (format.equals("PFAM"))\r
  74         afile = new PfamFile();\r
  75 \r
  76       afile.setSeqs(s);\r
  77       return afile.print();\r
  78     }\r
  79     catch (Exception e)  {\r
  80       System.err.println("Failed to write alignment as a '"+format+"' file\n");\r
  81       e.printStackTrace();\r
  82     }\r
  83 \r
  84     return null;\r
  85   }\r
  86 }\r