src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * DOCUMENT ME!\r
  26  *\r
  27  * @author $author$\r
  28  * @version $Revision$\r
  29  */\r
  30 public class FormatAdapter extends AppletFormatAdapter\r
  31 {\r
  32 \r
  33     public String formatSequences(String format,\r
  34                                   SequenceI [] seqs,\r
  35                                   String [] omitHiddenColumns)\r
  36     {\r
  37       if(omitHiddenColumns!=null)\r
  38       {\r
  39         for(int i=0; i<seqs.length; i++)\r
  40           seqs [i] = new Sequence(\r
  41               seqs[i].getName(), omitHiddenColumns[i],\r
  42               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
  43       }\r
  44 \r
  45       return formatSequences(format, seqs);\r
  46     }\r
  47 \r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * DOCUMENT ME!\r
  51      *\r
  52      * @param format DOCUMENT ME!\r
  53      * @param seqs DOCUMENT ME!\r
  54      *\r
  55      * @return DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public String formatSequences(String format,\r
  58                                   SequenceI [] seqs)\r
  59     {\r
  60 \r
  61         try\r
  62         {\r
  63             AlignFile afile = null;\r
  64 \r
  65             if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
  66             {\r
  67                 afile = new FastaFile();\r
  68                 afile.addJVSuffix(\r
  69                     jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));\r
  70             }\r
  71             else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
  72             {\r
  73               afile = new MSFfile();\r
  74               afile.addJVSuffix(\r
  75                   jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));\r
  76             }\r
  77             else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
  78             {\r
  79                 afile = new PileUpfile();\r
  80                 afile.addJVSuffix(\r
  81                     jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));\r
  82             }\r
  83             else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
  84             {\r
  85                 afile = new ClustalFile();\r
  86                 afile.addJVSuffix(\r
  87                     jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));\r
  88             }\r
  89             else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
  90             {\r
  91                 afile = new BLCFile();\r
  92                 afile.addJVSuffix(\r
  93                     jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));\r
  94             }\r
  95             else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
  96             {\r
  97                 afile = new PIRFile();\r
  98                 afile.addJVSuffix(\r
  99                     jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));\r
 100             }\r
 101             else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 102             {\r
 103                 afile = new PfamFile();\r
 104                 afile.addJVSuffix(\r
 105                     jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));\r
 106             }\r
 107 \r
 108             afile.setSeqs(seqs);\r
 109 \r
 110             return afile.print();\r
 111         }\r
 112         catch (Exception e)\r
 113         {\r
 114             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 115                 "' file\n");\r
 116             e.printStackTrace();\r
 117         }\r
 118 \r
 119         return null;\r
 120     }\r
 121 }\r