Check for all gapped seqs
[jalview.git] / src / jalview / io / FormatAdapter.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package jalview.io;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 \r
24 /**\r
25  * DOCUMENT ME!\r
26  *\r
27  * @author $author$\r
28  * @version $Revision$\r
29  */\r
30 public class FormatAdapter extends AppletFormatAdapter\r
31 {\r
32 \r
33     public String formatSequences(String format,\r
34                                   SequenceI [] seqs,\r
35                                   String [] omitHiddenColumns)\r
36     {\r
37       if(omitHiddenColumns!=null)\r
38       {\r
39         for(int i=0; i<seqs.length; i++)\r
40           seqs [i] = new Sequence(\r
41               seqs[i].getName(), omitHiddenColumns[i],\r
42               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
43       }\r
44 \r
45       return formatSequences(format, seqs);\r
46     }\r
47 \r
48 \r
49     /**\r
50      * DOCUMENT ME!\r
51      *\r
52      * @param format DOCUMENT ME!\r
53      * @param seqs DOCUMENT ME!\r
54      *\r
55      * @return DOCUMENT ME!\r
56      */\r
57     public String formatSequences(String format,\r
58                                   SequenceI [] seqs)\r
59     {\r
60 \r
61         try\r
62         {\r
63             AlignFile afile = null;\r
64 \r
65             if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
66             {\r
67                 afile = new FastaFile();\r
68                 afile.addJVSuffix(\r
69                     jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));\r
70             }\r
71             else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
72             {\r
73               afile = new MSFfile();\r
74               afile.addJVSuffix(\r
75                   jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));\r
76             }\r
77             else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
78             {\r
79                 afile = new PileUpfile();\r
80                 afile.addJVSuffix(\r
81                     jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));\r
82             }\r
83             else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
84             {\r
85                 afile = new ClustalFile();\r
86                 afile.addJVSuffix(\r
87                     jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));\r
88             }\r
89             else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
90             {\r
91                 afile = new BLCFile();\r
92                 afile.addJVSuffix(\r
93                     jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));\r
94             }\r
95             else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
96             {\r
97                 afile = new PIRFile();\r
98                 afile.addJVSuffix(\r
99                     jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));\r
100             }\r
101             else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
102             {\r
103                 afile = new PfamFile();\r
104                 afile.addJVSuffix(\r
105                     jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));\r
106             }\r
107 \r
108             afile.setSeqs(seqs);\r
109 \r
110             return afile.print();\r
111         }\r
112         catch (Exception e)\r
113         {\r
114             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
115                 "' file\n");\r
116             e.printStackTrace();\r
117         }\r
118 \r
119         return null;\r
120     }\r
121 }\r