src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23
  24 /**
  25  * DOCUMENT ME!
  26  *
  27  * @author $author$
  28  * @version $Revision$
  29  */
  30 public class FormatAdapter extends AppletFormatAdapter
  31 {
  32
  33     public String formatSequences(String format,
  34                                   SequenceI [] seqs,
  35                                   String [] omitHiddenColumns)
  36     {
  37       if(omitHiddenColumns!=null)
  38       {
  39         SequenceI [] tmp = new SequenceI[seqs.length];
  40         for(int i=0; i<seqs.length; i++)
  41           tmp [i] = new Sequence(
  42               seqs[i].getName(), omitHiddenColumns[i],
  43               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());
  44
  45         seqs = tmp;
  46       }
  47
  48       return formatSequences(format, seqs);
  49     }
  50
  51
  52     /**
  53      * DOCUMENT ME!
  54      *
  55      * @param format DOCUMENT ME!
  56      * @param seqs DOCUMENT ME!
  57      *
  58      * @return DOCUMENT ME!
  59      */
  60     public String formatSequences(String format,
  61                                   SequenceI [] seqs)
  62     {
  63
  64         try
  65         {
  66             AlignFile afile = null;
  67
  68             if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
  69             {
  70                 afile = new FastaFile();
  71                 afile.addJVSuffix(
  72                     jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
  73             }
  74             else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
  75             {
  76               afile = new MSFfile();
  77               afile.addJVSuffix(
  78                   jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
  79             }
  80             else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
  81             {
  82                 afile = new PileUpfile();
  83                 afile.addJVSuffix(
  84                     jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
  85             }
  86             else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
  87             {
  88                 afile = new ClustalFile();
  89                 afile.addJVSuffix(
  90                     jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
  91             }
  92             else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
  93             {
  94                 afile = new BLCFile();
  95                 afile.addJVSuffix(
  96                     jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
  97             }
  98             else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
  99             {
 100                 afile = new PIRFile();
 101                 afile.addJVSuffix(
 102                     jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 103             }
 104             else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 105             {
 106                 afile = new PfamFile();
 107                 afile.addJVSuffix(
 108                     jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 109             }
 110
 111             afile.setSeqs(seqs);
 112
 113             return afile.print();
 114         }
 115         catch (Exception e)
 116         {
 117             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +
 118                 "' file\n");
 119             e.printStackTrace();
 120         }
 121
 122         return null;
 123     }
 124 }