src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class FormatAdapter {\r
  27     public static Vector formats = new Vector();\r
  28 \r
  29     static {\r
  30         formats.addElement("FASTA");\r
  31         formats.addElement("MSF");\r
  32         formats.addElement("PileUp");\r
  33         formats.addElement("CLUSTAL");\r
  34         formats.addElement("BLC");\r
  35         formats.addElement("PIR");\r
  36         formats.addElement("PFAM");\r
  37     }\r
  38 \r
  39     public static SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format) {\r
  40         try {\r
  41             AlignFile afile = null;\r
  42 \r
  43             if (format.equals("FASTA")) {\r
  44                 afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  45             } else if (format.equals("MSF")) {\r
  46                 afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  47             } else if (format.equals("PileUp")) {\r
  48                 afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  49             } else if (format.equals("CLUSTAL")) {\r
  50                 afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  51             } else if (format.equals("BLC")) {\r
  52                 afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  53             } else if (format.equals("PIR")) {\r
  54                 afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  55             } else if (format.equals("PFAM")) {\r
  56                 afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  57             }\r
  58 \r
  59             return afile.getSeqsAsArray();\r
  60         } catch (Exception e) {\r
  61             System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format +\r
  62                 "' reader.");\r
  63             e.printStackTrace();\r
  64         }\r
  65 \r
  66         return null;\r
  67     }\r
  68 \r
  69     public static String formatSequences(String format, Vector seqs) {\r
  70         SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  71 \r
  72         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
  73             s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
  74 \r
  75         try {\r
  76             AlignFile afile = null;\r
  77 \r
  78             if (format.equals("FASTA")) {\r
  79                 afile = new FastaFile();\r
  80             } else if (format.equals("MSF")) {\r
  81                 afile = new MSFfile();\r
  82             } else if (format.equals("PileUp")) {\r
  83                 afile = new PileUpfile();\r
  84             } else if (format.equals("CLUSTAL")) {\r
  85                 afile = new ClustalFile();\r
  86             } else if (format.equals("BLC")) {\r
  87                 afile = new BLCFile();\r
  88             } else if (format.equals("PIR")) {\r
  89                 afile = new PIRFile();\r
  90             } else if (format.equals("PFAM")) {\r
  91                 afile = new PfamFile();\r
  92             }\r
  93 \r
  94             afile.setSeqs(s);\r
  95 \r
  96             return afile.print();\r
  97         } catch (Exception e) {\r
  98             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
  99                 "' file\n");\r
 100             e.printStackTrace();\r
 101         }\r
 102 \r
 103         return null;\r
 104     }\r
 105 }\r