src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.Vector;\r
   5 public class FormatAdapter\r
   6 {\r
   7 \r
   8   public static Vector formats = new Vector();\r
   9   static{\r
  10     formats.addElement("FASTA");\r
  11     formats.addElement("MSF");\r
  12     formats.addElement("CLUSTAL");\r
  13     formats.addElement("BLC");\r
  14     formats.addElement("PIR");\r
  15     formats.addElement("PFAM");\r
  16   }\r
  17 \r
  18   public static SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  19   {\r
  20 \r
  21     try\r
  22     {\r
  23       AlignFile afile = null;\r
  24       if (format.equals("FASTA"))\r
  25         afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  26       else if (format.equals("MSF"))\r
  27         afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  28       else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  29         afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  30       else if (format.equals("BLC"))\r
  31         afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  32       else if (format.equals("PIR"))\r
  33         afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  34       else if (format.equals("PFAM"))\r
  35         afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  36 \r
  37       return afile.getSeqsAsArray();\r
  38     }\r
  39     catch (Exception e)  {}\r
  40 \r
  41     return null;\r
  42   }\r
  43 \r
  44 \r
  45   public static String formatSequences(String format, Vector seqs)\r
  46   {\r
  47     SequenceI [] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  48 \r
  49     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
  50       s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
  51 \r
  52     try\r
  53     {\r
  54       AlignFile afile = null;\r
  55       if (format.equals("FASTA"))\r
  56         afile = new FastaFile();\r
  57       else if (format.equals("MSF"))\r
  58         afile = new MSFfile();\r
  59       else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  60         afile = new ClustalFile();\r
  61       else if (format.equals("BLC"))\r
  62         afile = new BLCFile();\r
  63       else if (format.equals("PIR"))\r
  64         afile = new PIRFile();\r
  65       else if (format.equals("PFAM"))\r
  66         afile = new PfamFile();\r
  67 \r
  68       afile.setSeqs(s);\r
  69       return afile.print();\r
  70     }\r
  71     catch (Exception e)  {}\r
  72 \r
  73     return null;\r
  74   }\r
  75 }\r