src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.gui.*;
  27
  28 public class HTMLOutput
  29 {
  30   AlignViewport av;
  31   SequenceRenderer sr;
  32   FeatureRenderer fr;
  33   Color color;
  34
  35   public HTMLOutput(AlignViewport av, SequenceRenderer sr, FeatureRenderer fr1)
  36   {
  37     this.av = av;
  38     this.sr = sr;
  39
  40     fr = new FeatureRenderer(av);
  41     fr.transferSettings(fr1);
  42
  43     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
  44         getProperty(
  45             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
  46         {"html"},
  47         new String[]
  48         {"HTML files"}, "HTML files");
  49
  50     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
  51     chooser.setDialogTitle("Save as HTML");
  52     chooser.setToolTipText("Save");
  53
  54     int value = chooser.showSaveDialog(null);
  55
  56     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
  57     {
  58       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
  59       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
  60                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
  61
  62       try
  63       {
  64         PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(
  65             choice));
  66         out.println("<HTML>");
  67         out.println("<style type=\"text/css\">");
  68         out.println("<!--");
  69         out.print("td {font-family: \"" + av.getFont().getFamily() +
  70                   "\", \"" + av.getFont().getName() + "\", mono; " +
  71                   "font-size: " + av.getFont().getSize() + "px; ");
  72
  73         if (av.getFont().getStyle() == Font.BOLD)
  74         {
  75           out.print("font-weight: BOLD; ");
  76         }
  77
  78         if (av.getFont().getStyle() == Font.ITALIC)
  79         {
  80           out.print("font-style: italic; ");
  81         }
  82
  83         out.println("text-align: center; }");
  84
  85         out.println("-->");
  86         out.println("</style>");
  87         out.println("<BODY>");
  88
  89         if (av.getWrapAlignment())
  90         {
  91           drawWrappedAlignment(out);
  92         }
  93         else
  94         {
  95           drawUnwrappedAlignment(out);
  96         }
  97
  98         out.println("\n</body>\n</html>");
  99         out.close();
 100         jalview.util.BrowserLauncher.openURL("file:///" + choice);
 101       }
 102       catch (Exception ex)
 103       {
 104         ex.printStackTrace();
 105       }
 106     }
 107   }
 108
 109   void drawUnwrappedAlignment(PrintWriter out)
 110   {
 111     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");
 112     out.println(
 113         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");
 114
 115     //////////////
 116     SequenceI seq;
 117     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 118
 119     // draws the top row, the measure rule
 120     out.println("<tr><td colspan=\"6\"></td>");
 121
 122     int i = 0;
 123
 124     for (i = 10; i < (alignment.getWidth() - 10); i += 10)
 125     {
 126       out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");
 127     }
 128
 129     out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +
 130                 "<br>|</td>");
 131     out.println("</tr>");
 132
 133     for (i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 134     {
 135       seq = alignment.getSequenceAt(i);
 136
 137       String id = seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 138
 139       out.println("<tr><td nowrap>" + id +
 140                     "&nbsp;&nbsp;</td>");
 141
 142
 143       for (int res = 0; res < seq.getLength(); res++)
 144       {
 145         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(res)))
 146         {
 147           color = sr.getResidueBoxColour(seq, res);
 148
 149           color = fr.findFeatureColour(color, seq, res);
 150         }
 151         else
 152             color = Color.white;
 153
 154
 155        if (color.getRGB() < -1)
 156         {
 157           out.println("<td bgcolor=\"#" +
 158                       jalview.util.Format.getHexString(color) + "\">" +
 159                       seq.getCharAt(res) + "</td>");
 160         }
 161         else
 162         {
 163           out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");
 164         }
 165       }
 166
 167       out.println("</tr>");
 168     }
 169
 170     //////////////
 171     out.println("</table>");
 172     out.println("</td></tr></table>");
 173   }
 174
 175   void drawWrappedAlignment(PrintWriter out)
 176   {
 177     ////////////////////////////////////
 178     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 179     AlignmentI al = av.getAlignment();
 180     SequenceI seq;
 181     String r;
 182     String g;
 183     String b;
 184
 185     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");
 186     out.println(
 187         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");
 188
 189     for (int startRes = 0; startRes < al.getWidth();
 190          startRes += av.getWrappedWidth())
 191     {
 192       int endRes = startRes + av.getWrappedWidth();
 193
 194       if (endRes > al.getWidth())
 195       {
 196         endRes = al.getWidth();
 197       }
 198
 199       if(av.getScaleAboveWrapped())
 200       {
 201         out.println("<tr>");
 202
 203         if (av.getScaleLeftWrapped())
 204           out.println("<td colspan=\"7\">&nbsp;</td>");
 205         else
 206           out.println("<td colspan=\"6\">&nbsp;</td>");
 207
 208
 209         for (int i = startRes + 10; i < endRes; i += 10)
 210         {
 211           out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");
 212         }
 213
 214         out.println("</tr>");
 215       }
 216
 217       int startPos, endPos;
 218       for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)
 219       {
 220         out.println("<tr>");
 221         seq = al.getSequenceAt(s);
 222
 223         startPos = seq.findPosition( startRes );
 224         endPos =   seq.findPosition( endRes )-1;
 225
 226         String id = seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 227
 228         out.println("<td nowrap>" + id +
 229                       "&nbsp;&nbsp;</td>");
 230
 231
 232         if(av.getScaleLeftWrapped())
 233         {
 234           if(startPos > seq.getEnd() || endPos==0)
 235             out.println("<td nowrap>&nbsp;</td>");
 236           else
 237             out.println("<td nowrap>" + startPos +
 238                       "&nbsp;&nbsp;</td>");
 239         }
 240
 241
 242         for (int res = startRes; res < endRes; res++)
 243         {
 244           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(res)))
 245           {
 246             color = sr.getResidueBoxColour(seq, res);
 247
 248             color = fr.findFeatureColour(color, seq, res);
 249           }
 250           else
 251             color = Color.white;
 252
 253           if (color.getRGB() < -1)
 254           {
 255             r = Integer.toHexString(color.getRed());
 256
 257             if (r.length() < 2)
 258             {
 259               r = "0" + r;
 260             }
 261
 262             g = Integer.toHexString(color.getGreen());
 263
 264             if (g.length() < 2)
 265             {
 266               g = "0" + g;
 267             }
 268
 269             b = Integer.toHexString(color.getBlue());
 270
 271             if (b.length() < 2)
 272             {
 273               b = "0" + b;
 274             }
 275
 276             out.println("<td bgcolor=\"#" + r + g + b + "\">" +
 277                         seq.getCharAt(res) + "</td>");
 278           }
 279           else
 280           {
 281             out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");
 282           }
 283
 284
 285         }
 286
 287         if(av.getScaleRightWrapped() &&
 288            endRes < startRes + av.getWrappedWidth())
 289         {
 290          out.println("<td colspan=\""+ (startRes+av.getWrappedWidth()-endRes) +"\">"
 291                      +"&nbsp;&nbsp;</td>");
 292        }
 293
 294
 295         if(av.getScaleRightWrapped() && startPos<endPos)
 296         {
 297           out.println("<td nowrap>&nbsp;" + endPos +
 298                       "&nbsp;&nbsp;</td>");
 299         }
 300
 301
 302         out.println("</tr>");
 303       }
 304
 305       if (endRes < al.getWidth())
 306       {
 307         out.println("<tr><td height=\"5\"></td></tr>");
 308       }
 309     }
 310
 311     out.println("</table>");
 312     out.println("</table>");
 313   }
 314
 315   public static String getImageMapHTML()
 316   {
 317     return new String(
 318       "<html>\n"
 319       +"<head>\n"
 320       +"<script language=\"JavaScript\">\n"
 321       +"var ns4 = document.layers;\n"
 322       +"var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"
 323       +"var ie4 = document.all;\n"
 324       +"offsetX = 0;\n"
 325       +"offsetY = 20;\n"
 326       +"var toolTipSTYLE=\"\";\n"
 327       +"function initToolTips()\n"
 328       +"{\n"
 329       +"  if(ns4||ns6||ie4)\n"
 330       +"  {\n"
 331       +"    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"
 332       +"    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"
 333       +"    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"
 334       +"    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"
 335       +"    else\n"
 336       +"    {\n"
 337       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"
 338       +"      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"
 339       +"    }\n"
 340       +"    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n"
 341       +"  }\n"
 342       +"}\n"
 343       +"function toolTip(msg, fg, bg)\n"
 344       +"{\n"
 345       +"  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n"
 346       +"  {\n"
 347       +"    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"
 348       +"    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"
 349       +"  }\n"
 350       +"  else // show\n"
 351       +"  {\n"
 352       +"    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"
 353       +"    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n"
 354       +"    var content =\n"
 355       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"
 356       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"
 357       +"    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"
 358       +"    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"
 359       +"    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"
 360       +"    if(ns4)\n"
 361       +"    {\n"
 362       +"      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"
 363       +"      toolTipSTYLE.document.close();\n"
 364       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"
 365       +"    }\n"
 366       +"    if(ns6)\n"
 367       +"    {\n"
 368       +"      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"
 369       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"
 370       +"    }\n"
 371       +"    if(ie4)\n"
 372       +"    {\n"
 373       +"      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"
 374       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"
 375       +"    }\n"
 376       +"  }\n"
 377       +"}\n"
 378       +"function moveToMouseLoc(e)\n"
 379       +"{\n"
 380       +"  if(ns4||ns6)\n"
 381       +"  {\n"
 382       +"    x = e.pageX;\n"
 383       +"    y = e.pageY;\n"
 384       +"  }\n"
 385       +"  else\n"
 386       +"  {\n"
 387       +"    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"
 388       +"    y = event.y + document.body.scrollTop;\n"
 389       +"  }\n"
 390       +"  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"
 391       +"  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n"
 392       +"  return true;\n"
 393       +"}\n"
 394       +"</script>\n"
 395       +"</head>\n"
 396       +"<body>\n"
 397       +"<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"
 398       +"<script language=\"JavaScript\"><!--\n"
 399       +"initToolTips(); //--></script>\n");
 400
 401   }
 402 }