src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 \r
  28 public class HTMLOutput\r
  29 {\r
  30   AlignViewport av;\r
  31   SequenceRenderer sr;\r
  32   FeatureRenderer fr;\r
  33   Color color;\r
  34 \r
  35   public HTMLOutput(AlignViewport av, SequenceRenderer sr, FeatureRenderer fr)\r
  36   {\r
  37     this.av = av;\r
  38     this.sr = sr;\r
  39     this.fr = fr;\r
  40 \r
  41     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
  42         getProperty(\r
  43             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
  44         {"html"},\r
  45         new String[]\r
  46         {"HTML files"}, "HTML files");\r
  47 \r
  48     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  49     chooser.setDialogTitle("Save as HTML");\r
  50     chooser.setToolTipText("Save");\r
  51 \r
  52     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
  53 \r
  54     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
  55     {\r
  56       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
  57       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
  58                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
  59 \r
  60       try\r
  61       {\r
  62         PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(\r
  63             choice));\r
  64         out.println("<HTML>");\r
  65         out.println("<style type=\"text/css\">");\r
  66         out.println("<!--");\r
  67         out.print("td {font-family: \"" + av.getFont().getFamily() +\r
  68                   "\", \"" + av.getFont().getName() + "\", mono; " +\r
  69                   "font-size: " + av.getFont().getSize() + "px; ");\r
  70 \r
  71         if (av.getFont().getStyle() == Font.BOLD)\r
  72         {\r
  73           out.print("font-weight: BOLD; ");\r
  74         }\r
  75 \r
  76         if (av.getFont().getStyle() == Font.ITALIC)\r
  77         {\r
  78           out.print("font-style: italic; ");\r
  79         }\r
  80 \r
  81         out.println("text-align: center; }");\r
  82 \r
  83         out.println("-->");\r
  84         out.println("</style>");\r
  85         out.println("<BODY>");\r
  86 \r
  87         if (av.getWrapAlignment())\r
  88         {\r
  89           drawWrappedAlignment(out);\r
  90         }\r
  91         else\r
  92         {\r
  93           drawUnwrappedAlignment(out);\r
  94         }\r
  95 \r
  96         out.println("\n</body>\n</html>");\r
  97         out.close();\r
  98         jalview.util.BrowserLauncher.openURL("file:///" + choice);\r
  99       }\r
 100       catch (Exception ex)\r
 101       {\r
 102         ex.printStackTrace();\r
 103       }\r
 104     }\r
 105   }\r
 106 \r
 107   void drawUnwrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 108   {\r
 109     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 110     out.println(\r
 111         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 112 \r
 113     //////////////\r
 114     SequenceI seq;\r
 115     AlignmentI alignment = av.getAlignment();\r
 116 \r
 117     // draws the top row, the measure rule\r
 118     out.println("<tr><td colspan=\"6\"></td>");\r
 119 \r
 120     int i = 0;\r
 121 \r
 122     for (i = 10; i < (alignment.getWidth() - 10); i += 10)\r
 123     {\r
 124       out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 125     }\r
 126 \r
 127     out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +\r
 128                 "<br>|</td>");\r
 129     out.println("</tr>");\r
 130 \r
 131     for (i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)\r
 132     {\r
 133       seq = alignment.getSequenceAt(i);\r
 134 \r
 135       String id = seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 136 \r
 137       out.println("<tr><td nowrap>" + id +\r
 138                     "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 139 \r
 140 \r
 141       for (int res = 0; res < seq.getLength(); res++)\r
 142       {\r
 143         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(res)))\r
 144         {\r
 145           color = sr.getResidueBoxColour(seq, res);\r
 146 \r
 147           color = fr.findFeatureColour(color, seq, res);\r
 148         }\r
 149         else\r
 150             color = Color.white;\r
 151 \r
 152 \r
 153        if (color.getRGB() < -1)\r
 154         {\r
 155           out.println("<td bgcolor=\"#" +\r
 156                       jalview.util.Format.getHexString(color) + "\">" +\r
 157                       seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 158         }\r
 159         else\r
 160         {\r
 161           out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 162         }\r
 163       }\r
 164 \r
 165       out.println("</tr>");\r
 166     }\r
 167 \r
 168     //////////////\r
 169     out.println("</table>");\r
 170     out.println("</td></tr></table>");\r
 171   }\r
 172 \r
 173   void drawWrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 174   {\r
 175     ////////////////////////////////////\r
 176     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 177     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 178     SequenceI seq;\r
 179     String r;\r
 180     String g;\r
 181     String b;\r
 182 \r
 183     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 184     out.println(\r
 185         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 186 \r
 187     for (int startRes = 0; startRes < al.getWidth();\r
 188          startRes += av.getWrappedWidth())\r
 189     {\r
 190       int endRes = startRes + av.getWrappedWidth();\r
 191 \r
 192       if (endRes > al.getWidth())\r
 193       {\r
 194         endRes = al.getWidth();\r
 195       }\r
 196 \r
 197       if(av.getScaleAboveWrapped())\r
 198       {\r
 199         out.println("<tr>");\r
 200 \r
 201         if (av.getScaleLeftWrapped())\r
 202           out.println("<td colspan=\"7\">&nbsp;</td>");\r
 203         else\r
 204           out.println("<td colspan=\"6\">&nbsp;</td>");\r
 205 \r
 206 \r
 207         for (int i = startRes + 10; i < endRes; i += 10)\r
 208         {\r
 209           out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 210         }\r
 211 \r
 212         out.println("</tr>");\r
 213       }\r
 214 \r
 215       int startPos, endPos;\r
 216       for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 217       {\r
 218         out.println("<tr>");\r
 219         seq = al.getSequenceAt(s);\r
 220 \r
 221         startPos = seq.findPosition( startRes );\r
 222         endPos =   seq.findPosition( endRes )-1;\r
 223 \r
 224         String id = seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 225 \r
 226         out.println("<td nowrap>" + id +\r
 227                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 228 \r
 229 \r
 230         if(av.getScaleLeftWrapped())\r
 231         {\r
 232           if(startPos > seq.getEnd() || endPos==0)\r
 233             out.println("<td nowrap>&nbsp;</td>");\r
 234           else\r
 235             out.println("<td nowrap>" + startPos +\r
 236                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 237         }\r
 238 \r
 239 \r
 240         for (int res = startRes; res < endRes; res++)\r
 241         {\r
 242           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(res)))\r
 243           {\r
 244             color = sr.getResidueBoxColour(seq, res);\r
 245 \r
 246             color = fr.findFeatureColour(color, seq, res);\r
 247           }\r
 248           else\r
 249             color = Color.white;\r
 250 \r
 251           if (color.getRGB() < -1)\r
 252           {\r
 253             r = Integer.toHexString(color.getRed());\r
 254 \r
 255             if (r.length() < 2)\r
 256             {\r
 257               r = "0" + r;\r
 258             }\r
 259 \r
 260             g = Integer.toHexString(color.getGreen());\r
 261 \r
 262             if (g.length() < 2)\r
 263             {\r
 264               g = "0" + g;\r
 265             }\r
 266 \r
 267             b = Integer.toHexString(color.getBlue());\r
 268 \r
 269             if (b.length() < 2)\r
 270             {\r
 271               b = "0" + b;\r
 272             }\r
 273 \r
 274             out.println("<td bgcolor=\"#" + r + g + b + "\">" +\r
 275                         seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 276           }\r
 277           else\r
 278           {\r
 279             out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 280           }\r
 281 \r
 282 \r
 283         }\r
 284 \r
 285         if(av.getScaleRightWrapped() &&\r
 286            endRes < startRes + av.getWrappedWidth())\r
 287         {\r
 288          out.println("<td colspan=\""+ (startRes+av.getWrappedWidth()-endRes) +"\">"\r
 289                      +"&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 290        }\r
 291 \r
 292 \r
 293         if(av.getScaleRightWrapped() && startPos<endPos)\r
 294         {\r
 295           out.println("<td nowrap>&nbsp;" + endPos +\r
 296                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 297         }\r
 298 \r
 299 \r
 300         out.println("</tr>");\r
 301       }\r
 302 \r
 303       if (endRes < al.getWidth())\r
 304       {\r
 305         out.println("<tr><td height=\"5\"></td></tr>");\r
 306       }\r
 307     }\r
 308 \r
 309     out.println("</table>");\r
 310     out.println("</table>");\r
 311   }\r
 312 \r
 313   public static String getImageMapHTML()\r
 314   {\r
 315     return new String(\r
 316       "<html>\n"\r
 317       +"<head>\n"\r
 318       +"<script language=\"JavaScript\">\n"\r
 319       +"var ns4 = document.layers;\n"\r
 320       +"var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"\r
 321       +"var ie4 = document.all;\n"\r
 322       +"offsetX = 0;\n"\r
 323       +"offsetY = 20;\n"\r
 324       +"var toolTipSTYLE=\"\";\n"\r
 325       +"function initToolTips()\n"\r
 326       +"{\n"\r
 327       +"  if(ns4||ns6||ie4)\n"\r
 328       +"  {\n"\r
 329       +"    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"\r
 330       +"    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"\r
 331       +"    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"\r
 332       +"    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"\r
 333       +"    else\n"\r
 334       +"    {\n"\r
 335       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 336       +"      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 337       +"    }\n"\r
 338       +"    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n"\r
 339       +"  }\n"\r
 340       +"}\n"\r
 341       +"function toolTip(msg, fg, bg)\n"\r
 342       +"{\n"\r
 343       +"  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n"\r
 344       +"  {\n"\r
 345       +"    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"\r
 346       +"    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 347       +"  }\n"\r
 348       +"  else // show\n"\r
 349       +"  {\n"\r
 350       +"    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"\r
 351       +"    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n"\r
 352       +"    var content =\n"\r
 353       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"\r
 354       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"\r
 355       +"    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"\r
 356       +"    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"\r
 357       +"    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"\r
 358       +"    if(ns4)\n"\r
 359       +"    {\n"\r
 360       +"      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"\r
 361       +"      toolTipSTYLE.document.close();\n"\r
 362       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 363       +"    }\n"\r
 364       +"    if(ns6)\n"\r
 365       +"    {\n"\r
 366       +"      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"\r
 367       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 368       +"    }\n"\r
 369       +"    if(ie4)\n"\r
 370       +"    {\n"\r
 371       +"      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"\r
 372       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 373       +"    }\n"\r
 374       +"  }\n"\r
 375       +"}\n"\r
 376       +"function moveToMouseLoc(e)\n"\r
 377       +"{\n"\r
 378       +"  if(ns4||ns6)\n"\r
 379       +"  {\n"\r
 380       +"    x = e.pageX;\n"\r
 381       +"    y = e.pageY;\n"\r
 382       +"  }\n"\r
 383       +"  else\n"\r
 384       +"  {\n"\r
 385       +"    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"\r
 386       +"    y = event.y + document.body.scrollTop;\n"\r
 387       +"  }\n"\r
 388       +"  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"\r
 389       +"  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n"\r
 390       +"  return true;\n"\r
 391       +"}\n"\r
 392       +"</script>\n"\r
 393       +"</head>\n"\r
 394       +"<body>\n"\r
 395       +"<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"\r
 396       +"<script language=\"JavaScript\"><!--\n"\r
 397       +"initToolTips(); //--></script>\n");\r
 398 \r
 399   }\r
 400 }\r