src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentExportData;
  25 import jalview.exceptions.NoFileSelectedException;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.BufferedReader;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.io.InputStreamReader;
  34 import java.net.URL;
  35 import java.util.Objects;
  36
  37 public abstract class HTMLOutput implements Runnable
  38 {
  39   protected AlignmentPanel ap;
  40
  41   protected long pSessionId;
  42
  43   protected IProgressIndicator pIndicator;
  44
  45   protected File generatedFile;
  46
  47   public HTMLOutput(AlignmentPanel ap)
  48   {
  49     if (ap != null)
  50     {
  51       this.ap = ap;
  52       this.pIndicator = ap.alignFrame;
  53     }
  54   }
  55
  56   public String getBioJSONData()
  57   {
  58     return getBioJSONData(null);
  59   }
  60
  61   public String getBioJSONData(AlignExportSettingI exportSettings)
  62   {
  63     if (!isEmbedData())
  64     {
  65       return null;
  66     }
  67     if (exportSettings == null)
  68     {
  69       exportSettings = new AlignExportSettingI()
  70       {
  71         @Override
  72         public boolean isExportHiddenSequences()
  73         {
  74           return true;
  75         }
  76
  77         @Override
  78         public boolean isExportHiddenColumns()
  79         {
  80           return true;
  81         }
  82
  83         @Override
  84         public boolean isExportAnnotations()
  85         {
  86           return true;
  87         }
  88
  89         @Override
  90         public boolean isExportFeatures()
  91         {
  92           return true;
  93         }
  94
  95         @Override
  96         public boolean isExportGroups()
  97         {
  98           return true;
  99         }
 100
 101         @Override
 102         public boolean isCancelled()
 103         {
 104           return false;
 105         }
 106       };
 107     }
 108     AlignmentExportData exportData = jalview.gui.AlignFrame
 109             .getAlignmentForExport(FileFormat.Json, ap.getAlignViewport(),
 110                     exportSettings);
 111     String bioJSON = new FormatAdapter(ap, exportData.getSettings())
 112             .formatSequences(FileFormat.Json, exportData.getAlignment(),
 113                     exportData.getOmitHidden(),
 114                     exportData.getStartEndPostions(), ap.getAlignViewport()
 115                             .getAlignment().getHiddenColumns());
 116     return bioJSON;
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Read a template file content as string
 121    *
 122    * @param file
 123    *          - the file to be read
 124    * @return File content as String
 125    * @throws IOException
 126    */
 127   public static String readFileAsString(File file) throws IOException
 128   {
 129     InputStreamReader isReader = null;
 130     BufferedReader buffReader = null;
 131     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 132     Objects.requireNonNull(file, "File must not be null!");
 133     @SuppressWarnings("deprecation")
 134     URL url = file.toURL();
 135     if (url != null)
 136     {
 137       try
 138       {
 139         isReader = new InputStreamReader(url.openStream());
 140         buffReader = new BufferedReader(isReader);
 141         String line;
 142         String lineSeparator = System.getProperty("line.separator");
 143         while ((line = buffReader.readLine()) != null)
 144         {
 145           sb.append(line).append(lineSeparator);
 146         }
 147
 148       } catch (Exception ex)
 149       {
 150         ex.printStackTrace();
 151       } finally
 152       {
 153         if (isReader != null)
 154         {
 155           isReader.close();
 156         }
 157
 158         if (buffReader != null)
 159         {
 160           buffReader.close();
 161         }
 162       }
 163     }
 164     return sb.toString();
 165   }
 166
 167   public static String getImageMapHTML()
 168   {
 169     return new String("<html>\n" + "<head>\n"
 170             + "<script language=\"JavaScript\">\n"
 171             + "var ns4 = document.layers;\n"
 172             + "var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"
 173             + "var ie4 = document.all;\n" + "offsetX = 0;\n"
 174             + "offsetY = 20;\n" + "var toolTipSTYLE=\"\";\n"
 175             + "function initToolTips()\n" + "{\n" + "  if(ns4||ns6||ie4)\n"
 176             + "  {\n"
 177             + "    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"
 178             + "    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"
 179             + "    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"
 180             + "    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"
 181             + "    else\n" + "    {\n"
 182             + "      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"
 183             + "      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n" + "    }\n"
 184             + "    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n" + "  }\n"
 185             + "}\n" + "function toolTip(msg, fg, bg)\n" + "{\n"
 186             + "  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n" + "  {\n"
 187             + "    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"
 188             + "    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n" + "  }\n"
 189             + "  else // show\n" + "  {\n"
 190             + "    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"
 191             + "    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n" + "    var content =\n"
 192             + "    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"
 193             + "    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"
 194             + "    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"
 195             + "    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"
 196             + "    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"
 197             + "    if(ns4)\n" + "    {\n"
 198             + "      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"
 199             + "      toolTipSTYLE.document.close();\n"
 200             + "      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n" + "    }\n"
 201             + "    if(ns6)\n" + "    {\n"
 202             + "      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"
 203             + "      toolTipSTYLE.display='block'\n" + "    }\n"
 204             + "    if(ie4)\n" + "    {\n"
 205             + "      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"
 206             + "      toolTipSTYLE.display='block'\n" + "    }\n" + "  }\n"
 207             + "}\n" + "function moveToMouseLoc(e)\n" + "{\n"
 208             + "  if(ns4||ns6)\n" + "  {\n" + "    x = e.pageX;\n"
 209             + "    y = e.pageY;\n" + "  }\n" + "  else\n" + "  {\n"
 210             + "    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"
 211             + "    y = event.y + document.body.scrollTop;\n" + "  }\n"
 212             + "  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"
 213             + "  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n" + "  return true;\n"
 214             + "}\n" + "</script>\n" + "</head>\n" + "<body>\n"
 215             + "<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"
 216             + "<script language=\"JavaScript\"><!--\n"
 217             + "initToolTips(); //--></script>\n");
 218
 219   }
 220
 221   public String getOutputFile() throws NoFileSelectedException
 222   {
 223     String selectedFile = null;
 224     if (pIndicator != null && !isHeadless())
 225     {
 226       pIndicator.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 227               "status.waiting_for_user_to_select_output_file", "HTML"),
 228               pSessionId);
 229     }
 230
 231     JalviewFileChooser jvFileChooser = new JalviewFileChooser("html",
 232             "HTML files");
 233     jvFileChooser.setFileView(new JalviewFileView());
 234
 235     jvFileChooser
 236             .setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_as_html"));
 237     jvFileChooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 238
 239     int fileChooserOpt = jvFileChooser.showSaveDialog(null);
 240     if (fileChooserOpt == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 241     {
 242       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 243               jvFileChooser.getSelectedFile().getParent());
 244       selectedFile = jvFileChooser.getSelectedFile().getPath();
 245     }
 246     else
 247     {
 248       throw new NoFileSelectedException("No file was selected.");
 249     }
 250     return selectedFile;
 251   }
 252
 253   protected void setProgressMessage(String message)
 254   {
 255     if (pIndicator != null && !isHeadless())
 256     {
 257       pIndicator.setProgressBar(message, pSessionId);
 258     }
 259     else
 260     {
 261       System.out.println(message);
 262     }
 263   }
 264
 265   /**
 266    * Answers true if HTML export is invoke in headless mode or false otherwise
 267    *
 268    * @return
 269    */
 270   protected boolean isHeadless()
 271   {
 272     return System.getProperty("java.awt.headless") != null
 273             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true");
 274   }
 275
 276   /**
 277    * This method provides implementation of consistent behaviour which should
 278    * occur before a HTML file export. It MUST be called at the start of the
 279    * exportHTML() method implementation.
 280    */
 281   protected void exportStarted()
 282   {
 283     pSessionId = System.currentTimeMillis();
 284   }
 285
 286   /**
 287    * This method provides implementation of consistent behaviour which should
 288    * occur after a HTML file export. It MUST be called at the end of the
 289    * exportHTML() method implementation.
 290    */
 291   protected void exportCompleted()
 292   {
 293     if (isLaunchInBrowserAfterExport() && !isHeadless())
 294     {
 295       try
 296       {
 297         jalview.util.BrowserLauncher
 298                 .openURL("file:///" + getExportedFile());
 299       } catch (IOException e)
 300       {
 301         e.printStackTrace();
 302       }
 303     }
 304   }
 305
 306   /**
 307    * if this answers true then BioJSON data will be embedded to the exported
 308    * HTML file otherwise it won't be embedded.
 309    *
 310    * @return
 311    */
 312   public abstract boolean isEmbedData();
 313
 314   /**
 315    * if this answers true then the generated HTML file is opened for viewing in
 316    * a browser after its generation otherwise it won't be opened in a browser
 317    *
 318    * @return
 319    */
 320   public abstract boolean isLaunchInBrowserAfterExport();
 321
 322   /**
 323    * handle to the generated HTML file
 324    *
 325    * @return
 326    */
 327   public abstract File getExportedFile();
 328
 329   /**
 330    * This is the main method to handle the HTML generation.
 331    *
 332    * @param outputFile
 333    *          the file path of the generated HTML
 334    */
 335   public abstract void exportHTML(String outputFile);
 336 }