JAL-1759 corrected syntax for 'atom picked' callback (toggles label
[jalview.git] / src / jalview / io / HtmlFile.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21
22 package jalview.io;
23
24 import jalview.api.ComplexAlignFile;
25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
27 import jalview.datamodel.SequenceI;
28 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
29
30 import java.io.IOException;
31 import java.io.StringReader;
32
33 import org.jsoup.Jsoup;
34 import org.jsoup.nodes.Document;
35 import org.jsoup.nodes.Element;
36
37 public class HtmlFile extends AlignFile implements ComplexAlignFile
38 {
39   public static final String FILE_EXT = "html";
40
41   public static final String FILE_DESC = "HTML";
42
43   private ColourSchemeI colourScheme;
44
45   private boolean showSeqFeatures;
46
47   private ColumnSelection columnSelection;
48
49   private SequenceI[] hiddenSequences;
50
51   private FeaturesDisplayedI displayedFeatures;
52
53   public HtmlFile()
54   {
55     super();
56   }
57
58   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
59   {
60     super(source);
61   }
62
63   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
64   {
65     super(inFile, type);
66   }
67
68   @Override
69   public void parse() throws IOException
70   {
71     Element content = null;
72     Document doc = null;
73     try
74     {
75       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
76       String currentLine;
77       while ((currentLine = nextLine()) != null)
78       {
79         htmlData.append(currentLine);
80       }
81       doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
82     } catch (OutOfMemoryError oom)
83     {
84       errormessage = "Not enough memory to process HTML document";
85       throw new IOException(errormessage);
86     }
87
88     try
89     {
90       content = doc.getElementById("seqData");
91       if (content == null)
92       {
93         errormessage = "The html document is not embedded with BioJSON data";
94         throw new IOException(errormessage);
95       }
96       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(new StringReader(content
97               .val()));
98       this.seqs = jsonFile.getSeqs();
99       this.seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
100       this.annotations = jsonFile.getAnnotations();
101       this.showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
102       this.colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
103       this.hiddenSequences = jsonFile.getHiddenSequences();
104       this.columnSelection = jsonFile.getColumnSelection();
105       this.displayedFeatures = jsonFile.getDisplayedFeatures();
106     } catch (Exception e)
107     {
108       throw e;
109     }
110   }
111
112
113   @Override
114   public String print()
115   {
116     throw new UnsupportedOperationException(
117             "Print method of HtmlFile is not supported!");
118   }
119
120   public boolean isShowSeqFeatures()
121   {
122     return showSeqFeatures;
123   }
124
125   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
126   {
127     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
128   }
129
130   public ColourSchemeI getColourScheme()
131   {
132     return colourScheme;
133   }
134
135   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
136   {
137     this.colourScheme = colourScheme;
138   }
139
140   public ColumnSelection getColumnSelection()
141   {
142     return columnSelection;
143   }
144
145   public void setColumnSelection(ColumnSelection columnSelection)
146   {
147     this.columnSelection = columnSelection;
148   }
149
150   public SequenceI[] getHiddenSequences()
151   {
152     return hiddenSequences;
153   }
154
155   public void setHiddenSequences(SequenceI[] hiddenSequences)
156   {
157     this.hiddenSequences = hiddenSequences;
158   }
159
160   @Override
161   public FeaturesDisplayedI getDisplayedFeatures()
162   {
163     return displayedFeatures;
164   }
165
166 }