src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.io;
  23
  24 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  29
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.io.StringReader;
  32
  33 import org.jsoup.Jsoup;
  34 import org.jsoup.nodes.Document;
  35 import org.jsoup.nodes.Element;
  36
  37 public class HtmlFile extends AlignFile implements ComplexAlignFile
  38 {
  39   public static final String FILE_EXT = "html";
  40
  41   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  42
  43   private ColourSchemeI colourScheme;
  44
  45   private boolean showSeqFeatures;
  46
  47   private ColumnSelection columnSelection;
  48
  49   private SequenceI[] hiddenSequences;
  50
  51   private FeaturesDisplayedI displayedFeatures;
  52
  53   public HtmlFile()
  54   {
  55     super();
  56   }
  57
  58   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  59   {
  60     super(source);
  61   }
  62
  63   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  64   {
  65     super(inFile, type);
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public void parse() throws IOException
  70   {
  71     Element content = null;
  72     Document doc = null;
  73     try
  74     {
  75       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  76       String currentLine;
  77       while ((currentLine = nextLine()) != null)
  78       {
  79         htmlData.append(currentLine);
  80       }
  81       doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  82     } catch (OutOfMemoryError oom)
  83     {
  84       errormessage = "Not enough memory to process HTML document";
  85       throw new IOException(errormessage);
  86     }
  87
  88     try
  89     {
  90       content = doc.getElementById("seqData");
  91       if (content == null)
  92       {
  93         errormessage = "The html document is not embedded with BioJSON data";
  94         throw new IOException(errormessage);
  95       }
  96       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(new StringReader(content
  97               .val()));
  98       this.seqs = jsonFile.getSeqs();
  99       this.seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
 100       this.annotations = jsonFile.getAnnotations();
 101       this.showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
 102       this.colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
 103       this.hiddenSequences = jsonFile.getHiddenSequences();
 104       this.columnSelection = jsonFile.getColumnSelection();
 105       this.displayedFeatures = jsonFile.getDisplayedFeatures();
 106     } catch (Exception e)
 107     {
 108       throw e;
 109     }
 110   }
 111
 112
 113   @Override
 114   public String print()
 115   {
 116     throw new UnsupportedOperationException(
 117             "Print method of HtmlFile is not supported!");
 118   }
 119
 120   public boolean isShowSeqFeatures()
 121   {
 122     return showSeqFeatures;
 123   }
 124
 125   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 126   {
 127     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 128   }
 129
 130   public ColourSchemeI getColourScheme()
 131   {
 132     return colourScheme;
 133   }
 134
 135   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
 136   {
 137     this.colourScheme = colourScheme;
 138   }
 139
 140   public ColumnSelection getColumnSelection()
 141   {
 142     return columnSelection;
 143   }
 144
 145   public void setColumnSelection(ColumnSelection columnSelection)
 146   {
 147     this.columnSelection = columnSelection;
 148   }
 149
 150   public SequenceI[] getHiddenSequences()
 151   {
 152     return hiddenSequences;
 153   }
 154
 155   public void setHiddenSequences(SequenceI[] hiddenSequences)
 156   {
 157     this.hiddenSequences = hiddenSequences;
 158   }
 159
 160   @Override
 161   public FeaturesDisplayedI getDisplayedFeatures()
 162   {
 163     return displayedFeatures;
 164   }
 165
 166 }