src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.gui.AlignFrame;
   4 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7
   8 import org.jsoup.Jsoup;
   9 import org.jsoup.nodes.Document;
  10 import org.jsoup.nodes.Element;
  11
  12 public class HtmlFile extends AlignFile
  13 {
  14   public static final String FILE_EXT = "html";
  15
  16   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  17
  18   private ColourSchemeI colourScheme;
  19
  20   private boolean showSeqFeatures;
  21
  22   public HtmlFile()
  23   {
  24     super();
  25   }
  26
  27   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  28   {
  29     super(source);
  30   }
  31
  32   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  33   {
  34     super(inFile, type);
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public void parse() throws IOException
  39   {
  40     try
  41     {
  42       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  43       String currentLine;
  44       while ((currentLine = nextLine()) != null)
  45       {
  46         htmlData.append(currentLine);
  47       }
  48
  49       Document doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  50       Element content = doc.getElementById("seqData");
  51       String alignmentJsonString = content.val();
  52
  53       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(alignmentJsonString);
  54       seqs = jsonFile.seqs;
  55       seqGroups = jsonFile.seqGroups;
  56       annotations = jsonFile.annotations;
  57       showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
  58       colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
  59     } catch (Exception e)
  60     {
  61       e.printStackTrace();
  62     }
  63   }
  64
  65   public void applySettingsToAlignFrame(AlignFrame af)
  66   {
  67     af.setShowSeqFeatures(isShowSeqFeatures());
  68     af.changeColour(getColourScheme());
  69     af.setMenusForViewport();
  70   }
  71
  72
  73   @Override
  74   public String print()
  75   {
  76     throw new UnsupportedOperationException(
  77             "Print method of HtmlFile is not supported!");
  78   }
  79
  80   public boolean isShowSeqFeatures()
  81   {
  82     return showSeqFeatures;
  83   }
  84
  85   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
  86   {
  87     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
  88   }
  89
  90   public ColourSchemeI getColourScheme()
  91   {
  92     return colourScheme;
  93   }
  94
  95   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
  96   {
  97     this.colourScheme = colourScheme;
  98   }
  99
 100 }