src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.io;
  23
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.StringReader;
  26
  27 import org.jsoup.Jsoup;
  28 import org.jsoup.nodes.Document;
  29 import org.jsoup.nodes.Element;
  30
  31 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  32 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35
  36 public class HtmlFile extends AlignFile implements ComplexAlignFile
  37 {
  38   public static final String FILE_EXT = "html";
  39
  40   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  41
  42   private ColourSchemeI colourScheme;
  43
  44   private boolean showSeqFeatures;
  45
  46   private ColumnSelection columnSelection;
  47
  48   private SequenceI[] hiddenSequences;
  49
  50   public HtmlFile()
  51   {
  52     super();
  53   }
  54
  55   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  56   {
  57     super(source);
  58   }
  59
  60   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  61   {
  62     super(inFile, type);
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public void parse() throws IOException
  67   {
  68     try
  69     {
  70       Element content = null;
  71       Document doc = null;
  72       try {
  73           StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  74           String currentLine;
  75           while ((currentLine = nextLine()) != null)
  76           {
  77             htmlData.append(currentLine);
  78           }
  79
  80           doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  81       } catch (OutOfMemoryError oom) {
  82           errormessage = "Not enough memory to process HTML document";
  83           throw new IOException(errormessage);
  84       }
  85       content = doc.getElementById("seqData");
  86
  87       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(new StringReader(content.val()));
  88       this.seqs = jsonFile.getSeqs();
  89       this.seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
  90       this.annotations = jsonFile.getAnnotations();
  91       this.showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
  92       this.colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
  93       this.hiddenSequences = jsonFile.getHiddenSequences();
  94       this.columnSelection = jsonFile.getColumnSelection();
  95     } catch (Exception e)
  96     {
  97       errormessage = "Failed to extract data from HTML document.";
  98       throw new IOException("Unexpected exception whilst extracting JSon from HTML.",e);
  99     }
 100   }
 101
 102
 103   @Override
 104   public String print()
 105   {
 106     throw new UnsupportedOperationException(
 107             "Print method of HtmlFile is not supported!");
 108   }
 109
 110   public boolean isShowSeqFeatures()
 111   {
 112     return showSeqFeatures;
 113   }
 114
 115   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 116   {
 117     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 118   }
 119
 120   public ColourSchemeI getColourScheme()
 121   {
 122     return colourScheme;
 123   }
 124
 125   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
 126   {
 127     this.colourScheme = colourScheme;
 128   }
 129
 130   public ColumnSelection getColumnSelection()
 131   {
 132     return columnSelection;
 133   }
 134
 135   public void setColumnSelection(ColumnSelection columnSelection)
 136   {
 137     this.columnSelection = columnSelection;
 138   }
 139
 140   public SequenceI[] getHiddenSequences()
 141   {
 142     return hiddenSequences;
 143   }
 144
 145   public void setHiddenSequences(SequenceI[] hiddenSequences)
 146   {
 147     this.hiddenSequences = hiddenSequences;
 148   }
 149
 150 }