src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.io;
  23
  24 import java.io.IOException;
  25
  26 import org.jsoup.Jsoup;
  27 import org.jsoup.nodes.Document;
  28 import org.jsoup.nodes.Element;
  29
  30 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34
  35 public class HtmlFile extends AlignFile implements ComplexAlignFile
  36 {
  37   public static final String FILE_EXT = "html";
  38
  39   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  40
  41   private ColourSchemeI colourScheme;
  42
  43   private boolean showSeqFeatures;
  44
  45   private ColumnSelection columnSelection;
  46
  47   private SequenceI[] hiddenSequences;
  48
  49   public HtmlFile()
  50   {
  51     super();
  52   }
  53
  54   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  55   {
  56     super(source);
  57   }
  58
  59   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  60   {
  61     super(inFile, type);
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public void parse() throws IOException
  66   {
  67     try
  68     {
  69       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  70       String currentLine;
  71       while ((currentLine = nextLine()) != null)
  72       {
  73         htmlData.append(currentLine);
  74       }
  75
  76       Document doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  77       Element content = doc.getElementById("seqData");
  78       String alignmentJsonString = content.val();
  79
  80       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(alignmentJsonString);
  81       this.seqs = jsonFile.getSeqs();
  82       this.seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
  83       this.annotations = jsonFile.getAnnotations();
  84       this.showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
  85       this.colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
  86       this.hiddenSequences = jsonFile.getHiddenSequences();
  87       this.columnSelection = jsonFile.getColumnSelection();
  88     } catch (Exception e)
  89     {
  90       e.printStackTrace();
  91     }
  92   }
  93
  94
  95   @Override
  96   public String print()
  97   {
  98     throw new UnsupportedOperationException(
  99             "Print method of HtmlFile is not supported!");
 100   }
 101
 102   public boolean isShowSeqFeatures()
 103   {
 104     return showSeqFeatures;
 105   }
 106
 107   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 108   {
 109     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 110   }
 111
 112   public ColourSchemeI getColourScheme()
 113   {
 114     return colourScheme;
 115   }
 116
 117   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
 118   {
 119     this.colourScheme = colourScheme;
 120   }
 121
 122   public ColumnSelection getColumnSelection()
 123   {
 124     return columnSelection;
 125   }
 126
 127   public void setColumnSelection(ColumnSelection columnSelection)
 128   {
 129     this.columnSelection = columnSelection;
 130   }
 131
 132   public SequenceI[] getHiddenSequences()
 133   {
 134     return hiddenSequences;
 135   }
 136
 137   public void setHiddenSequences(SequenceI[] hiddenSequences)
 138   {
 139     this.hiddenSequences = hiddenSequences;
 140   }
 141
 142 }