src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.io;
  23
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.StringReader;
  26
  27 import org.jsoup.Jsoup;
  28 import org.jsoup.nodes.Document;
  29 import org.jsoup.nodes.Element;
  30
  31 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  32 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35
  36 public class HtmlFile extends AlignFile implements ComplexAlignFile
  37 {
  38   public static final String FILE_EXT = "html";
  39
  40   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  41
  42   private ColourSchemeI colourScheme;
  43
  44   private boolean showSeqFeatures;
  45
  46   private ColumnSelection columnSelection;
  47
  48   private SequenceI[] hiddenSequences;
  49
  50   public HtmlFile()
  51   {
  52     super();
  53   }
  54
  55   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  56   {
  57     super(source);
  58   }
  59
  60   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  61   {
  62     super(inFile, type);
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public void parse() throws IOException
  67   {
  68     try
  69     {
  70       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  71       String currentLine;
  72       while ((currentLine = nextLine()) != null)
  73       {
  74         htmlData.append(currentLine);
  75       }
  76
  77       Document doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  78       Element content = doc.getElementById("seqData");
  79       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(new StringReader(content.val()));
  80       this.seqs = jsonFile.getSeqs();
  81       this.seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
  82       this.annotations = jsonFile.getAnnotations();
  83       this.showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
  84       this.colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
  85       this.hiddenSequences = jsonFile.getHiddenSequences();
  86       this.columnSelection = jsonFile.getColumnSelection();
  87     } catch (Exception e)
  88     {
  89       e.printStackTrace();
  90     }
  91   }
  92
  93
  94   @Override
  95   public String print()
  96   {
  97     throw new UnsupportedOperationException(
  98             "Print method of HtmlFile is not supported!");
  99   }
 100
 101   public boolean isShowSeqFeatures()
 102   {
 103     return showSeqFeatures;
 104   }
 105
 106   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 107   {
 108     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 109   }
 110
 111   public ColourSchemeI getColourScheme()
 112   {
 113     return colourScheme;
 114   }
 115
 116   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
 117   {
 118     this.colourScheme = colourScheme;
 119   }
 120
 121   public ColumnSelection getColumnSelection()
 122   {
 123     return columnSelection;
 124   }
 125
 126   public void setColumnSelection(ColumnSelection columnSelection)
 127   {
 128     this.columnSelection = columnSelection;
 129   }
 130
 131   public SequenceI[] getHiddenSequences()
 132   {
 133     return hiddenSequences;
 134   }
 135
 136   public void setHiddenSequences(SequenceI[] hiddenSequences)
 137   {
 138     this.hiddenSequences = hiddenSequences;
 139   }
 140
 141 }