src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * DOCUMENT ME!\r
  28  *\r
  29  * @author $author$\r
  30  * @version $Revision$\r
  31  */\r
  32 public class IdentifyFile\r
  33 {\r
  34     /**\r
  35      * DOCUMENT ME!\r
  36      *\r
  37      * @param file DOCUMENT ME!\r
  38      * @param protocol DOCUMENT ME!\r
  39      *\r
  40      * @return DOCUMENT ME!\r
  41      */\r
  42     public String Identify(String file, String protocol)\r
  43     {\r
  44         String reply = "PFAM";\r
  45         String error =  "FILE NOT FOUND";\r
  46         try\r
  47         {\r
  48             BufferedReader reader = null;\r
  49 \r
  50             if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
  51             {\r
  52               reader = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
  53             }\r
  54             else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
  55             {\r
  56               error = "URL NOT FOUND";\r
  57               URL url = new URL(file);\r
  58               reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(\r
  59                   url.openStream()));\r
  60 \r
  61             }\r
  62             else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
  63             {\r
  64               reader = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
  65             }\r
  66             else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
  67             {\r
  68               java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" +\r
  69                   file);\r
  70               reader = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
  71             }\r
  72 \r
  73             String data;\r
  74 \r
  75             while ((data = reader.readLine()) != null)\r
  76             {\r
  77                 data = data.toUpperCase();\r
  78 \r
  79                 if ((data.indexOf("#") == 0) || (data.length() < 1))\r
  80                 {\r
  81                     continue;\r
  82                 }\r
  83 \r
  84                 if (data.indexOf("PILEUP") > -1)\r
  85                 {\r
  86                     reply = "PileUp";\r
  87 \r
  88                     break;\r
  89                 }\r
  90 \r
  91                 if ((data.indexOf("//") == 0) ||\r
  92                         ((data.indexOf("!!") > -1) &&\r
  93                         (data.indexOf("!!") < data.indexOf(\r
  94                             "_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))\r
  95                 {\r
  96                     reply = "MSF";\r
  97 \r
  98                     break;\r
  99                 }\r
 100                 else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)\r
 101                 {\r
 102                     reply = "CLUSTAL";\r
 103 \r
 104                     break;\r
 105                 }\r
 106                 else if ((data.indexOf(">P1;") > -1) ||\r
 107                         (data.indexOf(">DL;") > -1))\r
 108                 {\r
 109                     reply = "PIR";\r
 110 \r
 111                     break;\r
 112                 }\r
 113                 else if (data.indexOf(">") > -1)\r
 114                 {\r
 115                     // could be BLC file, read next line to confirm\r
 116                     data = reader.readLine();\r
 117 \r
 118                     if (data.indexOf(">") > -1 || data.indexOf("*") >-1 )\r
 119                     {\r
 120                         reply = "BLC";\r
 121                     }\r
 122                     else\r
 123                     {\r
 124                         reply = "FASTA";\r
 125                     }\r
 126 \r
 127                     break;\r
 128                 }\r
 129                 else if (data.indexOf(":")<data.indexOf(",")) //  && data.indexOf(",")<data.indexOf(",", data.indexOf(",")))\r
 130                 {\r
 131                   // file looks like a concise JNet file\r
 132                   reply="JnetFile";\r
 133                   break;\r
 134                 }\r
 135             }\r
 136 \r
 137             reader.close();\r
 138         }\r
 139         catch (Exception ex)\r
 140         {\r
 141             System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);\r
 142             return error;\r
 143         }\r
 144         return reply;\r
 145     }\r
 146 }\r