src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.net.*;
  23
  24 /**
  25  * DOCUMENT ME!
  26  *
  27  * @author $author$
  28  * @version $Revision$
  29  */
  30 public class IdentifyFile
  31 {
  32   /**
  33    * Identify a datasource's file content.
  34    * @note Do not use this method
  35    * for stream sources - create a FileParse object instead.
  36    *
  37    * @param file DOCUMENT ME!
  38    * @param protocol DOCUMENT ME!
  39    * @return ID String
  40    */
  41   public String Identify(String file, String protocol)
  42   {
  43     String emessage = "UNIDENTIFIED FILE PARSING ERROR";
  44     FileParse parser = null;
  45     try {
  46       parser = new FileParse(file, protocol);
  47       if (parser.isValid()) {
  48         return Identify(parser);
  49       }
  50     } catch (Exception e) {
  51       System.err.println("Error whilst identifying");
  52       e.printStackTrace(System.err);
  53       emessage = e.getMessage();
  54     }
  55     if (parser!=null)
  56       return parser.errormessage;
  57     return emessage;
  58   }
  59   public String Identify(FileParse source) {
  60     return Identify(source, true); // preserves original behaviour prior to version 2.3
  61   }
  62   /**
  63    * Identify contents of source, closing it or resetting source to start afterwards.
  64    * @param source
  65    * @param closeSource
  66    * @return filetype string
  67    */
  68   public String Identify(FileParse source, boolean closeSource) {
  69     String reply = "PFAM";
  70     String data;
  71     int length=0;
  72     boolean lineswereskipped=false;
  73     boolean isBinary = false; // true if length is non-zero and non-printable characters are encountered
  74     try {
  75       while ( (data = source.nextLine()) != null)
  76       {
  77         length+=data.length();
  78         if (!lineswereskipped)
  79         {
  80           for (int i=0;!isBinary && i<data.length(); i++)
  81           {
  82             char c = data.charAt(i);
  83             isBinary = (c<32 && c!='\t' && c!='\n' && c!='\r' && c!=5 && c!=27); // nominal binary character filter excluding CR, LF, tab,DEL and ^E for certain blast ids
  84           }
  85         }
  86         if (isBinary)
  87         {
  88           // jar files are special - since they contain all sorts of random characters.
  89           if (source.inFile!=null)
  90           {
  91               String fileStr=source.inFile.getName();
  92               // possibly a Jalview archive.
  93               if (fileStr.lastIndexOf(".jar")>-1 || fileStr.lastIndexOf(".zip")>-1)
  94               {
  95                 reply = "Jalview";
  96               }
  97           }
  98           if (!lineswereskipped && data.startsWith("PK")) {
  99             reply="Jalview"; // archive.
 100             break;
 101           }
 102         }
 103         data = data.toUpperCase();
 104
 105         if ( (data.indexOf("# STOCKHOLM") > -1))
 106         {
 107           reply = "STH";
 108
 109           break;
 110         }
 111
 112         if ((data.length() < 1) || (data.indexOf("#") == 0))
 113         {
 114           lineswereskipped=true;
 115           continue;
 116         }
 117
 118         if (data.indexOf("PILEUP") > -1)
 119         {
 120           reply = "PileUp";
 121
 122           break;
 123         }
 124
 125         if ( (data.indexOf("//") == 0) ||
 126             ( (data.indexOf("!!") > -1) &&
 127              (data.indexOf("!!") < data.indexOf(
 128                  "_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))
 129         {
 130           reply = "MSF";
 131
 132           break;
 133         }
 134         else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)
 135         {
 136           reply = "CLUSTAL";
 137
 138           break;
 139         }
 140         else if ( (data.indexOf(">P1;") > -1) ||
 141                  (data.indexOf(">DL;") > -1))
 142         {
 143           reply = "PIR";
 144
 145           break;
 146         }
 147         else if (data.indexOf(">") > -1)
 148         {
 149           // could be BLC file, read next line to confirm
 150           data = source.nextLine();
 151
 152           if (data.indexOf(">") > -1)
 153           {
 154             reply = "BLC";
 155           }
 156           else
 157           {
 158             //Is this a single line BLC file?
 159             source.nextLine();
 160             String data2 = source.nextLine();
 161             if (data2 != null
 162                 && data.indexOf("*") > -1
 163                 && data.indexOf("*") == data2.indexOf("*"))
 164             {
 165               reply = "BLC";
 166             }
 167             else
 168             {
 169                 reply = "FASTA";
 170                 // TODO : AMSA File is indicated if there is annotation in the FASTA file - but FASTA will automatically generate this at the mo.
 171             }
 172           }
 173           break;
 174         }
 175         else if (data.indexOf("HEADER") == 0 ||
 176                  data.indexOf("ATOM") == 0)
 177         {
 178           reply = "PDB";
 179           break;
 180         }
 181         else if (!lineswereskipped
 182                 && data.charAt(0)!='*'
 183                   && data.charAt(0)!=' '
 184                     && data.indexOf(":") < data.indexOf(",")) //  && data.indexOf(",")<data.indexOf(",", data.indexOf(",")))
 185         {
 186           // file looks like a concise JNet file
 187           reply = "JnetFile";
 188           break;
 189         }
 190
 191         lineswereskipped=true; // this means there was some junk before any key file signature
 192       }
 193       if (closeSource) {
 194         source.close();
 195       } else {
 196         source.reset(); // so the file can be parsed from the beginning again.
 197       }
 198     }
 199     catch (Exception ex)
 200     {
 201       System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);
 202       return source.errormessage;
 203     }
 204     if (length==0)
 205     {
 206       System.err.println("File Identification failed! - Empty file was read.");
 207       return "EMPTY DATA FILE";
 208     }
 209     return reply;
 210   }
 211   public static void main(String[] args) {
 212     for (int i=0; args!=null && i<args.length; i++)
 213     {
 214       IdentifyFile ider = new IdentifyFile();
 215       String type = ider.Identify(args[i], AppletFormatAdapter.FILE);
 216       System.out.println("Type of "+args[i]+" is "+type);
 217     }
 218     if (args==null || args.length==0)
 219     {
 220       System.err.println("Usage: <Filename> [<Filename> ...]");
 221     }
 222   }
 223 }