src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.IOException;
  24
  25 /**
  26  * DOCUMENT ME!
  27  *
  28  * @author $author$
  29  * @version $Revision$
  30  */
  31 public class IdentifyFile
  32 {
  33   public static final String GFF3File = "GFF v2 or v3";
  34
  35   /**
  36    * Identify a datasource's file content.
  37    *
  38    * @note Do not use this method for stream sources - create a FileParse object
  39    *       instead.
  40    *
  41    * @param file
  42    *          DOCUMENT ME!
  43    * @param protocol
  44    *          DOCUMENT ME!
  45    * @return ID String
  46    */
  47   public String Identify(String file, String protocol)
  48   {
  49     String emessage = "UNIDENTIFIED FILE PARSING ERROR";
  50     FileParse parser = null;
  51     try
  52     {
  53       parser = new FileParse(file, protocol);
  54       if (parser.isValid())
  55       {
  56         return Identify(parser);
  57       }
  58     } catch (Exception e)
  59     {
  60       System.err.println("Error whilst identifying");
  61       e.printStackTrace(System.err);
  62       emessage = e.getMessage();
  63     }
  64     if (parser != null)
  65     {
  66       return parser.errormessage;
  67     }
  68     return emessage;
  69   }
  70
  71   public String Identify(FileParse source)
  72   {
  73     return Identify(source, true); // preserves original behaviour prior to
  74     // version 2.3
  75   }
  76
  77   /**
  78    * Identify contents of source, closing it or resetting source to start
  79    * afterwards.
  80    *
  81    * @param source
  82    * @param closeSource
  83    * @return filetype string
  84    */
  85   public String Identify(FileParse source, boolean closeSource)
  86   {
  87     String reply = "PFAM";
  88     String data;
  89     int length = 0;
  90     boolean lineswereskipped = false;
  91     boolean isBinary = false; // true if length is non-zero and non-printable
  92     // characters are encountered
  93     try
  94     {
  95       if (!closeSource)
  96       {
  97         source.mark();
  98       }
  99       while ((data = source.nextLine()) != null)
 100       {
 101         length += data.trim().length();
 102         if (!lineswereskipped)
 103         {
 104           for (int i = 0; !isBinary && i < data.length(); i++)
 105           {
 106             char c = data.charAt(i);
 107             isBinary = (c < 32 && c != '\t' && c != '\n' && c != '\r'
 108                     && c != 5 && c != 27); // nominal binary character filter
 109             // excluding CR, LF, tab,DEL and ^E
 110             // for certain blast ids
 111           }
 112         }
 113         if (isBinary)
 114         {
 115           // jar files are special - since they contain all sorts of random
 116           // characters.
 117           if (source.inFile != null)
 118           {
 119             String fileStr = source.inFile.getName();
 120             // possibly a Jalview archive.
 121             if (fileStr.lastIndexOf(".jar") > -1
 122                     || fileStr.lastIndexOf(".zip") > -1)
 123             {
 124               reply = "Jalview";
 125             }
 126           }
 127           if (!lineswereskipped && data.startsWith("PK"))
 128           {
 129             reply = "Jalview"; // archive.
 130             break;
 131           }
 132         }
 133         data = data.toUpperCase();
 134
 135         if (data.startsWith("##GFF-VERSION"))
 136         {
 137           reply = GFF3File;
 138           break;
 139         }
 140         if (data.indexOf("# STOCKHOLM") > -1)
 141         {
 142           reply = "STH";
 143           break;
 144         }
 145         if (data.indexOf("_ENTRY.ID") > -1
 146                 || data.indexOf("_AUDIT_AUTHOR.NAME") > -1
 147                 || data.indexOf("_ATOM_SITE.") > -1)
 148         {
 149           reply = "mmCIF";
 150           break;
 151         }
 152         // if (data.indexOf(">") > -1)
 153         if (data.startsWith(">"))
 154         {
 155           // FASTA, PIR file or BLC file
 156           boolean checkPIR = false, starterm = false;
 157           if ((data.indexOf(">P1;") > -1) || (data.indexOf(">DL;") > -1))
 158           {
 159             // watch for PIR file attributes
 160             checkPIR = true;
 161             reply = "PIR";
 162           }
 163           // could also be BLC file, read next line to confirm
 164           data = source.nextLine();
 165
 166           if (data.indexOf(">") > -1)
 167           {
 168             reply = "BLC";
 169           }
 170           else
 171           {
 172             // Is this a single line BLC file?
 173             String data1 = source.nextLine();
 174             String data2 = source.nextLine();
 175             int c1;
 176             if (checkPIR)
 177             {
 178               starterm = (data1 != null && data1.indexOf("*") > -1)
 179                       || (data2 != null && data2.indexOf("*") > -1);
 180             }
 181             if (data2 != null && (c1 = data.indexOf("*")) > -1)
 182             {
 183               if (c1 == 0 && c1 == data2.indexOf("*"))
 184               {
 185                 reply = "BLC";
 186               }
 187               else
 188               {
 189                 reply = "FASTA"; // possibly a bad choice - may be recognised as
 190                 // PIR
 191               }
 192               // otherwise can still possibly be a PIR file
 193             }
 194             else
 195             {
 196               reply = "FASTA";
 197               // TODO : AMSA File is indicated if there is annotation in the
 198               // FASTA file - but FASTA will automatically generate this at the
 199               // mo.
 200               if (!checkPIR)
 201               {
 202                 break;
 203               }
 204             }
 205           }
 206           // final check for PIR content. require
 207           // >P1;title\n<blah>\nterminated sequence to occur at least once.
 208
 209           // TODO the PIR/fasta ambiguity may be the use case that is needed to
 210           // have
 211           // a 'Parse as type XXX' parameter for the applet/application.
 212           if (checkPIR)
 213           {
 214             String dta = null;
 215             if (!starterm)
 216             {
 217               do
 218               {
 219                 try
 220                 {
 221                   dta = source.nextLine();
 222                 } catch (IOException ex)
 223                 {
 224                 }
 225                 ;
 226                 if (dta != null && dta.indexOf("*") > -1)
 227                 {
 228                   starterm = true;
 229                 }
 230               } while (dta != null && !starterm);
 231             }
 232             if (starterm)
 233             {
 234               reply = "PIR";
 235               break;
 236             }
 237             else
 238             {
 239               reply = "FASTA"; // probably a bad choice!
 240             }
 241           }
 242           // read as a FASTA (probably)
 243           break;
 244         }
 245         if ((data.indexOf("<") > -1)) // possible Markup Language data i.e HTML,
 246                                       // RNAML, XML
 247         {
 248           boolean identified = false;
 249           do
 250           {
 251             if (data.matches("<(?i)html(\"[^\"]*\"|'[^']*'|[^'\">])*>"))
 252             {
 253               reply = HtmlFile.FILE_DESC;
 254               identified = true;
 255               break;
 256             }
 257
 258             if (data.matches("<(?i)rnaml (\"[^\"]*\"|'[^']*'|[^'\">])*>"))
 259             {
 260               reply = "RNAML";
 261               identified = true;
 262               break;
 263             }
 264           } while ((data = source.nextLine()) != null);
 265
 266           if (identified)
 267           {
 268             break;
 269           }
 270           if (data == null)
 271           {
 272             break;
 273           }
 274         }
 275
 276         if (data.indexOf("{\"") > -1)
 277         {
 278           reply = JSONFile.FILE_DESC;
 279           break;
 280         }
 281         if ((data.length() < 1) || (data.indexOf("#") == 0))
 282         {
 283           lineswereskipped = true;
 284           continue;
 285         }
 286
 287         if (data.indexOf("PILEUP") > -1)
 288         {
 289           reply = "PileUp";
 290
 291           break;
 292         }
 293
 294         if ((data.indexOf("//") == 0)
 295                 || ((data.indexOf("!!") > -1) && (data.indexOf("!!") < data
 296                         .indexOf("_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))
 297         {
 298           reply = "MSF";
 299
 300           break;
 301         }
 302         else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)
 303         {
 304           reply = "CLUSTAL";
 305
 306           break;
 307         }
 308
 309         else if (data.indexOf("HEADER") == 0 || data.indexOf("ATOM") == 0)
 310         {
 311           reply = "PDB";
 312           break;
 313         }
 314         else if (data.matches("\\s*\\d+\\s+\\d+\\s*"))
 315         {
 316           reply = PhylipFile.FILE_DESC;
 317           break;
 318         }
 319
 320         /*
 321          * // TODO comment out SimpleBLAST identification for Jalview 2.4.1 else
 322          * if (!lineswereskipped && data.indexOf("BLAST")<4) { reply =
 323          * "SimpleBLAST"; break;
 324          *
 325          * } // end comments for Jalview 2.4.1
 326          */
 327         else if (!lineswereskipped && data.charAt(0) != '*'
 328                 && data.charAt(0) != ' '
 329                 && data.indexOf(":") < data.indexOf(",")) // &&
 330         // data.indexOf(",")<data.indexOf(",",
 331         // data.indexOf(",")))
 332         {
 333           // file looks like a concise JNet file
 334           reply = "JnetFile";
 335           break;
 336         }
 337
 338         lineswereskipped = true; // this means there was some junk before any
 339         // key file signature
 340       }
 341       if (closeSource)
 342       {
 343         source.close();
 344       }
 345       else
 346       {
 347         source.reset(); // so the file can be parsed from the beginning again.
 348       }
 349     } catch (Exception ex)
 350     {
 351       System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);
 352       return source.errormessage;
 353     }
 354     if (length == 0)
 355     {
 356       System.err
 357               .println("File Identification failed! - Empty file was read.");
 358       return "EMPTY DATA FILE";
 359     }
 360     return reply;
 361   }
 362
 363   public static void main(String[] args)
 364   {
 365
 366     for (int i = 0; args != null && i < args.length; i++)
 367     {
 368       IdentifyFile ider = new IdentifyFile();
 369       String type = ider.Identify(args[i], AppletFormatAdapter.FILE);
 370       System.out.println("Type of " + args[i] + " is " + type);
 371     }
 372     if (args == null || args.length == 0)
 373     {
 374       System.err.println("Usage: <Filename> [<Filename> ...]");
 375     }
 376   }
 377 }